1.制備至少一種鼠李糖脂的方法,該方法包括:
-使重組細(xì)胞與包含碳源的培養(yǎng)基相接觸;和
-在對(duì)于由所述細(xì)胞從所述碳源制備所述鼠李糖脂來說合適的條件下培養(yǎng)所述細(xì)胞,
其中所述重組細(xì)胞已經(jīng)如此地進(jìn)行了基因工程改造,從而所述細(xì)胞具有相比于所述細(xì)胞的野生型而言增加的酶E1、E2和E3中至少一種的活性,其中酶E1為α/β水解酶,酶E2為鼠李糖基轉(zhuǎn)移酶I,和酶E3為鼠李糖基轉(zhuǎn)移酶II,并且
其中所述碳源為C4分子。
2.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,其中所述C4分子選自由下列各項(xiàng)組成的組:丁烷、1-丁醇、2-丁醇、1-丁醛、丁酮、丁酸及其組合。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2的方法,其中所述細(xì)胞已經(jīng)如此地進(jìn)行了基因工程改造,從而所述細(xì)胞具有相比于所述細(xì)胞的野生型而言增加的氧化還原酶的活性。
4.根據(jù)權(quán)利要求3的方法,其中所述氧化還原酶選自由下列各項(xiàng)組成的組:alkB類型的氧化還原酶、單加氧酶和NAD(P)H依賴性醇脫氫酶(ADH)。
5.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中所述重組細(xì)胞具有相比于所述細(xì)胞的野生型而言增加的酶E1、酶E2、酶E3和氧化還原酶的活性,并且其中所述C4分子為丁烷。
6.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中所述培養(yǎng)基包含所述培養(yǎng)基中總碳含量的至少40重量%的C4分子。
7.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中
-酶E1能夠催化3-羥基鏈烷酰基-ACP經(jīng)由3-羥基鏈烷?;?3-羥基鏈烷酸-ACP轉(zhuǎn)化為羥基鏈烷酰基-3-羥基鏈烷酸,
-酶E2能夠催化dTDP-鼠李糖和3-羥基鏈烷?;?3-羥基鏈烷酸酯轉(zhuǎn)化為α-L-吡喃型鼠李糖基-3-羥基鏈烷酰基-3-羥基鏈烷酸酯;和
-酶E3能夠催化dTDP-鼠李糖和α-L-吡喃型鼠李糖基-3-羥基鏈烷?;?3-羥基鏈烷酸酯轉(zhuǎn)化為α-L-吡喃型鼠李糖基-(1-2)-α-L-吡喃型鼠李糖基-3-羥基鏈烷酰基-3-羥基鏈烷酸酯。
8.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中:
-酶E1包含從由下列各項(xiàng)組成的組中選擇的氨基酸序列:SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6及其片段,
-酶E2選自由下列各項(xiàng)組成的組:SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11及其片段,和
-酶E3選自由下列各項(xiàng)組成的組:SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15及其片段,
其中所述片段包含這樣的多肽序列,在所述多肽序列中相比于各自酶的序列而言至多25%的氨基酸基團(tuán)通過缺失、插入、置換或其組合而被修飾,并且所述片段包含各自酶的酶活性的至少10%。
9.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中所述細(xì)胞從由下列各項(xiàng)組成的組中的屬之中選擇:曲霉屬(Aspergillus)、棒桿菌屬(Corynebacterium)、短桿菌屬(Brevibacterium)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter)、產(chǎn)堿菌屬(Alcaligenes)、乳桿菌屬(Lactobacillus)、副球菌屬(Paracoccus)、乳球菌屬(Lactococcus)、假絲酵母屬(Candida)、畢赤酵母屬(Pichia)、漢遜酵母屬(Hansenula)、克魯維酵母屬(Kluyveromyces)、糖酵母屬(Saccharomyces)、埃希氏菌屬(Escherichia)、發(fā)酵單胞菌屬(Zymomonas)、耶氏酵母屬(Yarrowia)、甲基桿菌屬(Methylobacterium)、羅爾斯通氏菌屬(Ralstonia)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、紅螺菌屬(Rhodospirillum)、紅細(xì)菌屬(Rhodobacter)、伯克霍爾德氏菌屬(Burkholderia)、梭菌屬(Clostridium)和貪銅菌屬(Cupriavidus)。
10.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中所述細(xì)胞選自由下列各項(xiàng)組成的組:惡臭假單胞菌(P.putida)GPp121、惡臭假單胞菌GPp122、惡臭假單胞菌GPp123、惡臭假單胞菌GPp124和惡臭假單胞菌GPp104、惡臭假單胞菌KT42C1、惡臭假單胞菌KTOY01或惡臭假單胞菌KTOY02。
11.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的方法,其中所述鼠李糖脂包含通式(I),
其中
m=2、1或0,特別地1或0,
n=1或0,特別地1,
R1和R2=相互獨(dú)立地,相同或不同的、具有2至24個(gè)碳原子的有機(jī)基團(tuán),任選地支化的,任選地經(jīng)取代的,經(jīng)羥基取代的,任選地不飽和的,或任選地單不飽和、雙不飽和或三不飽和的烷基基團(tuán)。
12.能夠從C4分子形成至少一種鼠李糖脂的細(xì)胞,其中所述細(xì)胞已經(jīng)如此地進(jìn)行了基因工程改造,從而所述細(xì)胞具有相比于所述細(xì)胞的野生型而言增加的氧化還原酶以及酶E1、E2和E3中至少一種的活性,其中酶E1為α/β水解酶,酶E2為鼠李糖基轉(zhuǎn)移酶I,和酶E3為鼠李糖基轉(zhuǎn)移酶II。
13.根據(jù)權(quán)利要求12的細(xì)胞,其中所述C4分子選自由下列各項(xiàng)組成的組:丁烷、1-丁醇、2-丁醇、1-丁醛、丁酮、丁酸及其組合。
14.根據(jù)權(quán)利要求12或13的細(xì)胞,其中
-所述氧化還原酶選自由下列各項(xiàng)組成的組:alkB類型的氧化還原酶、單加氧酶和NAD(P)H依賴性醇脫氫酶(ADH),
-酶E1包含從由下列各項(xiàng)組成的組中選擇的氨基酸序列:SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6及其片段,
-酶E2選自由下列各項(xiàng)組成的組:SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11及其片段,和
-酶E3選自由下列各項(xiàng)組成的組:SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15,
并且其中所述片段包含這樣的多肽序列,在所述多肽序列中相比于各自酶的序列而言至多25%的氨基酸基團(tuán)通過缺失、插入、置換或其組合而被修飾,并且所述片段包含各自酶的酶活性的至少10%。
15.根據(jù)權(quán)利要求12至14中任一項(xiàng)的細(xì)胞,其中所述細(xì)胞從由下列各項(xiàng)組成的組中的屬之中選擇:曲霉屬、棒桿菌屬、短桿菌屬、芽孢桿菌屬、不動(dòng)桿菌屬、產(chǎn)堿菌屬、乳桿菌屬、副球菌屬、乳球菌屬、假絲酵母屬、畢赤酵母屬、漢遜酵母屬、克魯維酵母屬、糖酵母屬、埃希氏菌屬、發(fā)酵單胞菌屬、耶氏酵母屬、甲基桿菌屬、羅爾斯通氏菌屬、假單胞菌屬、紅螺菌屬、紅細(xì)菌屬、伯克霍爾德氏菌屬、梭菌屬和貪銅菌屬。