本發(fā)明涉及分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，特別是涉及一種與和田黑雞體重相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、家禽是畜禽遺傳資源基因庫中必不可少的組成部分，也是最重要的分支之一。中國家禽業(yè)自8000多年前的新石器時代早期發(fā)展以來，經(jīng)過漫長的進(jìn)化以及各地對家禽的選擇和利用，形成了表型特征豐富、用途廣泛的家禽遺傳資源，尤其是在體重上表現(xiàn)出不同的變異模式，映射到基因組信息上即為基因組上留下的選擇信號，通過對選擇特征的研究可更好地理解雞體重表型背后的遺傳機(jī)制以及鑒定特定種群的優(yōu)勢基因。

2、雞體重性狀是一種受多基因調(diào)控的典型復(fù)雜數(shù)量性狀，在實踐生產(chǎn)以及選育過程中根據(jù)需求不同會出現(xiàn)體重大小差異較大的種群。按照活重，將成年公雞體重大于3000g，成年母雞體重在2000-3000g之間的種群分為大體重種群；成年公雞體重小于2000g，成年母雞體重小于1500g的種群分為小體重種群，中體重種群介于大體重和小體重種群之間。近些年已經(jīng)有許多與體重相關(guān)的qtls被鑒定。

3、和田黑雞屬我國禽類品種中的一個優(yōu)良地方品種，具有耐粗飼、抗病力強(qiáng)、遺傳性穩(wěn)定等特點，經(jīng)濟(jì)利用價值較高。2008年由新疆維吾爾自治區(qū)畜牧廳測得和田黑雞成年公雞體重為1930±200g，成年母雞體重1720±120g，上述數(shù)據(jù)表明和田黑雞在當(dāng)時屬于體型較小的雞種。隨著時間的變化，其體重也因當(dāng)?shù)鼐用竦倪x育以及自身的進(jìn)化而增大，2023年測得成年公雞體重3675±184g，成年母雞體重2633±270g。為了進(jìn)一步檢測在定向選擇過程中留下來的基因組足跡，本研究運用比較基因組學(xué)和選擇信號分析，比較lbw(和田黑雞)與sbw(藏雞、元寶雞)的全基因組數(shù)據(jù)，鑒定體重表型性狀的遺傳選擇特征，為和田黑雞的品種資源保護(hù)以及遺傳選育提供信息，并為進(jìn)一步研究體重性狀的調(diào)控機(jī)制提供理論依據(jù)。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是提供一種與和田黑雞體重相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用，以解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，通過篩選得到與和田黑雞體重相關(guān)的thsd4基因，該基因可以作為分子標(biāo)記篩選和田黑雞體重性狀。

2、為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了如下方案：

3、本發(fā)明提供一種與和田黑雞體重相關(guān)的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記為雞基因組10號染色體上的thsd4基因，所述thsd4基因在ncbi上的登錄號為nc_006097.5：6,758,530-7,068,486，所述thsd4基因中存在3個snps，位點信息如下所示：

4、

5、

6、優(yōu)選的是，所述snp2為純合子時，利用所述分子標(biāo)記即能從和田黑雞、藏雞和元寶雞中鑒定區(qū)分出大體重的和田黑雞。

7、本發(fā)明還提供所述的分子標(biāo)記在篩選和田黑雞體重性狀中的應(yīng)用。

8、本發(fā)明還提供所述的分子標(biāo)記在區(qū)分不同體重雞品種中的應(yīng)用，所述不同體重雞品種為和田黑雞、藏雞和元寶雞。

9、優(yōu)選的是，所述和田黑雞中snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞，且snp2為純合子時，即為體重較大的和田黑雞。

10、本發(fā)明還提供一種區(qū)分不同雞品種體重性狀的方法，包括以下步驟：

11、提取待測雞全基因組dna，測序，根據(jù)測序結(jié)果區(qū)分具有不同體重雞品種；

12、其中，所述不同雞品種為和田黑雞、藏雞和元寶雞。

13、優(yōu)選的是，當(dāng)所述待測雞全基因組dna的snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞，且snp2為純合子時，所述待測雞為體重較大的和田黑雞。

14、本發(fā)明公開了以下技術(shù)效果：

15、本發(fā)明采用比較群體基因組學(xué)方法，基于3個品種(和田黑雞、藏雞和元寶雞)的74個全基因組，對和田黑雞體型大的遺傳基礎(chǔ)進(jìn)行了研究，結(jié)果表明，thsd4基因是與和田黑雞體重性狀強(qiáng)相關(guān)的選擇信號。這一結(jié)果闡明了和田黑雞體重性狀基于人工選育和自然選擇的基因足跡，并為地方雞的品種資源保護(hù)以及遺傳選育提供指導(dǎo)。

技術(shù)特征：

1.一種與和田黑雞體重相關(guān)的分子標(biāo)記，其特征在于，所述分子標(biāo)記為雞基因組10號染色體上的thsd4基因，所述thsd4基因在ncbi上的登錄號為nc_006097.5：6,758,530-7,068,486，所述thsd4基因中存在的3個snps，位點信息如下所示：

2.如權(quán)利要求1所述的與和田黑雞體重相關(guān)的分子標(biāo)記，其特征在于，所述snp2為純合子時，利用所述分子標(biāo)記即能從和田黑雞、藏雞和元寶雞中鑒定區(qū)分出大體重的和田黑雞。

3.如權(quán)利要求1或2所述的分子標(biāo)記在篩選和田黑雞體重性狀中的應(yīng)用。

4.如權(quán)利要求1或2所述的分子標(biāo)記在區(qū)分不同體重雞品種中的應(yīng)用，其特征在于，所述不同體重雞品種為和田黑雞、藏雞和元寶雞。

5.如權(quán)利要求4所述的應(yīng)用，其特征在于，所述和田黑雞中snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞，且snp2為純合子時，即為體重較大的和田黑雞。

6.一種區(qū)分不同雞品種體重性狀的方法，其特征在于，包括以下步驟：

7.如權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，當(dāng)所述待測雞全基因組dna的snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞，且snp2為純合子時，所述待測雞為體重較大的和田黑雞。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種與和田黑雞體重相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用，屬于分子遺傳學(xué)領(lǐng)域。本發(fā)明運用比較基因組學(xué)和選擇信號分析，比較LBW(和田黑雞)與SBW(藏雞、元寶雞)的全基因組數(shù)據(jù)，鑒定體重表型性狀的遺傳選擇特征，結(jié)果篩選得到THSD4與和田黑雞體重性狀相關(guān)，可以作為篩選和田黑雞體重性狀的分子標(biāo)記。本發(fā)明為和田黑雞的品種資源保護(hù)以及遺傳選育提供信息，并為進(jìn)一步研究體重性狀的調(diào)控機(jī)制提供理論依據(jù)。

技術(shù)研發(fā)人員：王惠娥,王成倩,格明古麗·木哈臺,曲魯江,李海英
受保護(hù)的技術(shù)使用者：塔里木大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/21