【】本發(fā)明涉及分子標記，特別涉及基于施氏獺蛤基因組的indel標記開發(fā)的引物組及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

0、
背景技術(shù)：

1、施氏獺蛤(lutraria?sieboldii)屬于瓣鰓綱、異齒亞綱、簾蛤目、蛤蜊總科、蛤蜊科、獺蛤?qū)伲追Q象鼻螺，是一種埋棲型雙殼經(jīng)濟貝。施氏獺蛤主要生活在潮間帶至水深10m的沙層或沙泥中，有潛沙習(xí)性，足部和水管極其發(fā)達，成貝殼長10～12cm。施氏獺蛤最適生長水溫為20～28℃，生長速度快，大致養(yǎng)殖一年半即可達到理想的商品規(guī)格，具有較高的經(jīng)濟價值。近年，在高額利潤的誘惑下，人們對施氏獺蛤商品貝的需求量不斷增大,當?shù)貪O民通過潛水作業(yè)的方式，對海底成片分布的施氏獺蛤進行大肆采捕，遠遠超過了其資源的再生能力，致使北部灣海域的施氏獺蛤天然資源量銳減。目前，施氏獺蛤的研究主要集中在生態(tài)觀察、中間培育、性腺及胚胎發(fā)育、人工養(yǎng)殖方面，在遺傳方面，尤其是共顯性分子標記的開發(fā)和應(yīng)用方面的研究鮮見報道，且indel標記在施氏獺蛤中尚未開發(fā)。

2、indel是指在近緣種或同一物種不同個體之間基因組同一位點的序列發(fā)生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion-deletion)，是同源序列比對產(chǎn)生空位(gap)的現(xiàn)象。indel的產(chǎn)生來源于基因組序列本身特征、dna復(fù)制錯誤、移動元件插入、轉(zhuǎn)座子復(fù)制和插入、同類重讀拷貝不等交換和序列異常重組等各種因素。indel在基因組中分布廣泛、數(shù)目眾多，而且其分布密度僅次于snp。indel標記具有以下優(yōu)點：(1)廣泛分布在基因組、變異穩(wěn)定；(2)密度相對較高、易于檢測；(3)多態(tài)性高、重復(fù)性好；(4)操作簡單、對設(shè)備要求較低。因此，indel標記在種質(zhì)資源分析與分子輔助遺傳育種、群體遺傳分析、圖位克隆、基因定位及遺傳圖譜的構(gòu)建等領(lǐng)域發(fā)揮著巨大的作用。目前，indel標記在施氏獺蛤中尚未開發(fā)。為進一步做好施氏獺蛤的選育工作，提高施氏獺蛤的品質(zhì)，本研究擬利用施氏獺蛤重測序開發(fā)indel分子標記并驗證；進一步利用開發(fā)indel標記對北部灣的4個施氏獺蛤群體進行遺傳多樣性分析。

技術(shù)實現(xiàn)思路

0、
技術(shù)實現(xiàn)要素：

1、鑒于上述內(nèi)容，有必要針對施氏獺蛤基因組的indel標記進行開發(fā)，并對分子標記進行驗證；利用開發(fā)indel標記對北部灣的4個施氏獺蛤群體進行遺傳多樣性和聚類分析，能為施氏獺蛤的分子輔助遺傳育種、群體遺傳分析、圖位克隆、基因定位及遺傳圖譜的構(gòu)建等領(lǐng)域發(fā)揮著巨大的作用。

2、為達到上述目的，本發(fā)明所采用的技術(shù)方案是：

3、基于施氏獺蛤基因組indel標記開發(fā)的引物組，所述引物組包括核苷酸序列如seqid?no.1-24所示的12對indel引物。

4、本發(fā)明還包括包含所述的引物組的試劑盒。

5、進一步的，其還包括進行pcr反應(yīng)和/或電泳所需的試劑。

6、本發(fā)明還包括所述的引物組或者所述的試劑盒在施氏獺蛤聚類分析和/或遺傳多樣性分析中的應(yīng)用。

7、本發(fā)明還包括所述的引物組或者所述的試劑盒在區(qū)分不同地域施氏獺蛤種質(zhì)中的應(yīng)用。

8、進一步的，所述不同地域為廣西壯族自治區(qū)北海市、廣西壯族自治區(qū)北海市合浦縣、廣西壯族自治區(qū)防城港市和廣東省湛江市。

9、本發(fā)明具有如下有益效果：

10、1、本發(fā)明基于施氏獺蛤基因組indel標記開發(fā)出12對indel引物對，使用該indel標記的施氏獺蛤群體的平均等位基因17.500；平均香農(nóng)信息指數(shù)1.928，高于現(xiàn)有技術(shù)；多態(tài)信息含量(pic)的平均值為0.764，11個indel位點的多態(tài)信息含量(pic)均大于0.5，具有高多態(tài)性的特點，能有效的對施氏獺蛤進行遺傳分析和聚類分析，能為后期提高對施氏獺蛤種質(zhì)資源的利用奠定了堅實基礎(chǔ)和理論基礎(chǔ)。

技術(shù)特征：

1.基于施氏獺蛤基因組indel標記開發(fā)的引物組，其特征在于，所述引物組包括核苷酸序列如seq?id?no.1-24所示的12對indel引物。

2.包含權(quán)利要求1所述的引物組的試劑盒。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑盒，其特征在于，其還包括進行pcr反應(yīng)和/或電泳所需的試劑。

4.如權(quán)利要求1所述的引物組或者權(quán)利要求2或3所述的試劑盒在施氏獺蛤聚類分析和/或遺傳多樣性分析中的應(yīng)用。

5.如權(quán)利要求1所述的引物組或者權(quán)利要求2或3所述的試劑盒在區(qū)分不同地域施氏獺蛤種質(zhì)中的應(yīng)用。

6.如權(quán)利要求5所述的應(yīng)用，其特征在于，所述不同地域為廣西壯族自治區(qū)北海市、廣西壯族自治區(qū)北海市合浦縣、廣西壯族自治區(qū)防城港市和廣東省湛江市。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及分子標記技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及基于施氏獺蛤基因組的InDel標記開發(fā)的引物組及其應(yīng)用，本發(fā)明基于施氏獺蛤基因組InDel標記開發(fā)出12對InDel引物對，使用該InDel標記的施氏獺蛤群體的平均等位基因17.500；平均香農(nóng)信息指數(shù)1.928，高于現(xiàn)有技術(shù)；多態(tài)信息含量(PIC)的平均值為0.764，11個InDel位點的多態(tài)信息含量(PIC)均大于0.5，具有高多態(tài)性的特點，能有效的對施氏獺蛤進行遺傳分析和聚類分析，能為后期提高對施氏獺蛤種質(zhì)資源的利用奠定了堅實基礎(chǔ)和理論基礎(chǔ)。

技術(shù)研發(fā)人員：楊果豪,王鵬良,韓春麗
受保護的技術(shù)使用者：北部灣大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/9/26