專利名稱：用于生物分子靶標(biāo)識別的固定的n－取代的三環(huán)3－氨基吡唑類的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及固定的N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物的合成和生物學(xué)應(yīng)用，其作為工具用于在有治療重要性細胞中識別生物分子靶標(biāo)，描述化合物的選擇性，預(yù)測可能的相關(guān)毒性以及在生物系統(tǒng)中探測與化合物有關(guān)的治療適應(yīng)癥的作用機理。
背景技術(shù)：
對化合物的分子/細胞靶標(biāo)進行表征是理解該化合物如何在生物系統(tǒng)中作用以及確定潛在的治療適應(yīng)癥的第一步。
迄今為止，使用固定化合物作為調(diào)查性研究工具包括下列用于靶標(biāo)識別的固定化抗細胞凋亡化合物CGP 3466(Zimmermann等Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 8，1998，1195-1200)；使用瓊脂糖基質(zhì)進行固定化嘌呤CDK抑制劑的胞內(nèi)靶標(biāo)識別(Knockaert等Chemistry & Biology 2000，vol 7No 6，411-422)；使用固定化Paullones(使用瓊脂糖基質(zhì))用于識別作為細胞靶標(biāo)(潛在抗增殖活性)的蘋果酸脫氫酶(Knockaert等JBC 2002，vol 277，No 28，25493-25501)；生物素化的葡萄糖衍生物(其在紅細胞中探測葡萄糖轉(zhuǎn)運蛋白)的合成和結(jié)合(Hashimoto等，Carbohydrate Research，2001，331(2)，119-127)；使用磁性顆粒作為結(jié)合介質(zhì)用于細胞和生物分子的磁分離技術(shù)(Applications of magnetic nanoparticles in biomedicine.Pankhurst等，J.of Physics DApplied Physics，2003，36(13)，R167-R181)。此外，參見Knockaert等(Intracellular Targets of Paullones，J.Biol.Chem.2002，277(28)25493-25501)(公開了瓊脂糖基質(zhì)固定的paullone化合物，gwennpaullone)；(Schnier等Identification of cytosolic aldehydedehydrogenase-1 from non-small cell lung carcinomas as aflavopirirdol-binding protein，F(xiàn)EBS Letters 1999，454，100-104)(證實公知的CDK抑制劑flavopiridol與另一種不在CDK家族中的蛋白通過固定實驗的相互作用；分離和鑒定的蛋白包括胞液醛脫氫酶-1(ALDH-1))。
文獻中的其它實例包括，在Immobilized Biomolecules inAnalysis(1998)，15-34.Editor(s)Cass，Tony；Ligler，F(xiàn)rances S.PublisherOxford University Press，Oxford，UK CODEN67NBANConference中提供的那些；以英文撰寫的一般性綜述CAN 13141599AN 1999214232，其中幾乎任何生物學(xué)活性化合物包括抗體、受體、酶、抑制劑、激素、核酸、藥物和毒素都被生物素化，與抗生物素蛋白表面結(jié)合，然后該表面被用于各種分離目的，包括可通過與固定生物素化分子(結(jié)合劑)的相互作用分離的靶分子的發(fā)現(xiàn)。此外，還公開了固定化抗生物素蛋白作為簡單俘獲系統(tǒng)的用途在與它的配合體(靶標(biāo))的絡(luò)合物中捕捉生物素化的結(jié)合劑用于分離。
2003年5月14日提交的美國專利申請序列號10/438,152和2003年5月13日提交的PCT/US/03/15193，名稱為″N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑類作為治療細胞增殖性疾病的抑制劑″，這兩篇文獻在此全文引入，公開了一系列新的N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物，除已證實對血小板衍生生長因子(PDGF)受體酪氨酸激酶(RTK)具有抑制活性外，其對人腫瘤細胞也具有直接的抗增殖活性。
抗血管形成治療作為一種阻礙腫瘤生長的吸引人的新方法出現(xiàn)。確實，在動物模型中的大量研究已經(jīng)證實通過將血管形成生長因子如血管內(nèi)皮細胞生長因子(VEGF)、酸性和堿性成纖維細胞生長因子(aFGF、bFGF)和PDGF作為靶向，在抑制腫瘤生長中表現(xiàn)出驚人的效果。VEGF和PDGF受體屬于RTK的特異性超家族(受體酪氨酸激酶)。因此，除它們在治療其它細胞增殖性疾病中的作用外，臨床上有用的PDGF-RTK抑制劑可高度有根據(jù)地用于抗血管形成治療以及用于某些類型腫瘤的直接抑制。
受體酪氨酸激酶的小分子抑制劑構(gòu)成一類新的強效藥物(Druker和Lydon，J.Clin.Invest，1053-7，2000及其中的參考文獻)。自1995年以來，已鑒定出許多對PDGF受體自磷酸化作用的小分子抑制劑。下面列出一些實例。
JP 06087834(Zimmermann)公開了具有腫瘤抑制活性的N-苯基-2-嘧啶-胺衍生物，其可用于治療溫血動物包括人類的腫瘤。這組化合物的衍生物，化合物CGP53716(Buchdunger等，PNAS，922558-2562，1995)和化合物STI-571(Buchdunger等，Cancer Res，56100-4，1996)，已經(jīng)顯示出可抑制PDGF-R自磷酸化作用。
JP 11158149(Kubo等)公開了用于治療諸如腫瘤和糖尿病性視網(wǎng)膜病的喹啉衍生物。這組化合物的衍生物，化合物Ki6783(Yagi等，Exp.Cell Res.243285-292，1997)和化合物Ki6896(Yagi等，Gen.Pharmacol.31765-773，1998)，已經(jīng)顯示出可抑制PDGF-R自磷酸化作用。
US5932580(Levitzki等)公開了喹喔啉家族的PDGF受體激酶抑制化合物，包括酪氨酸磷酸化抑制劑、所述受體激酶的ATP-競爭性抑制劑。
US5409930(Spada等)公開了表現(xiàn)出蛋白酪氨酸激酶抑制活性的雙單環(huán)-和/或二環(huán)芳基和/或雜芳基化合物?；衔颮PR101511A，這組化合物的衍生物，已經(jīng)顯示出可抑制PDGF-R自磷酸化作用(Bilder等，Circulation.99(25)3292-9.1999)。
US 5563173(Yatsu等)公開了一種通過丁酸鈉(其可抑制PDGF-R激酶活性)抑制平滑肌細胞增殖的方法。
US5476851(Myers等)公開了作為PDGF受體蛋白酪氨酸激酶抑制劑的吡唑并[3，4-g]喹喔啉化合物。
已經(jīng)顯示化合物SU-6668，一種ATP競爭性抑制劑，可抑制PDGF-R自磷酸化作用(Laird等，Cancer Res.604152-4160，2000]。
WO01/79198(Reich等)公開了調(diào)節(jié)和/或抑制蛋白激酶活性的具有下式的氨基-吡唑化合物。
WO0212242(Fancelli等)公開了可用于治療與蛋白激酶失調(diào)有關(guān)的疾病的雙環(huán)-吡唑化合物。
一些取代的三環(huán)吡唑衍生物包括公開使用的那些衍生物的參考資料有酪氨酸激酶活性的抑制劑(WO 99/17769，WO 99/17770)；細胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑(WO 99/54308)；選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑(WO 00/07996)；鎮(zhèn)痛藥(U.S.4,420,476)；由鼻病毒所引起的疾病的預(yù)防和治療(U.S.4,220,776；U.S.4,140,785)；鎮(zhèn)痛藥/抗炎活性(U.S.3,928,378；Schenone，Silvia等Farmaco(2000)，55(5)，383-388)；照相用染料的青色成色劑(EP 0620489、JP 8022109)；作為藥物的喹啉類和萘啶類(JP6092963)；免疫調(diào)節(jié)劑(JP 6100561)；和降血糖藥(Reddy，R.Raja等，Indian Journal of Heterocyclic Chemistry(1998)，7(3)，189-192)。
迄今為止，STI-571(GLEEVEC)為已經(jīng)上市的唯一具有顯著PDGFR活性的化合物，雖然它不是該酶的選擇性抑制劑。PDGF-R仍然是設(shè)計有效的和選擇性小分子抑制劑的一個非常有吸引力的目標(biāo)，所述抑制劑作為藥物可用于治療腫瘤以及其它細胞增殖性疾病。因此，同樣存在令人感興趣的需要作為研究工具用于開發(fā)PDGF-RTK抑制劑，其在有治療重要性細胞中用于生物分子靶標(biāo)的識別，描述化合物的選擇性，預(yù)測可能的相關(guān)毒性以及探索與臨床感興趣的化合物有關(guān)的治療適應(yīng)癥，包括PDGF-RTK抑制劑化合物。
發(fā)明概述本發(fā)明提供固定的式1的N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物，作為工具用于識別有治療重要性的細胞中的生物分子靶標(biāo)，描述化合物的選擇性，預(yù)測可能的相關(guān)毒性以及在生物系統(tǒng)中探索與化合物有關(guān)的治療適應(yīng)癥的作用機理。這些藥劑可用于識別與固定化試劑有潛在性相互作用的生物分子。然后，所述識別的生物分子可被作為治療靶標(biāo)，用作藥物作用的標(biāo)記，或者描述固定化試劑的不利的或有毒的潛在性。
附圖的簡要說明

圖1描述了一種本發(fā)明識別蛋白的方法，該蛋白與含生物素取代基的式1化合物之間有共價或非共價相互作用。
圖2描述了一種本發(fā)明識別蛋白的方法，該蛋白與式1化合物形成一種可逆的、非共價絡(luò)合物。
圖3描述了一種本發(fā)明識別蛋白的方法，該蛋白與含生物素取代基的式1化合物形成一種可逆的、非共價絡(luò)合物。
圖4描述了一種本發(fā)明識別蛋白的方法，該蛋白與結(jié)合芯片(chip)系統(tǒng)的式1化合物形成一種可逆的、非共價絡(luò)合物。
圖5A和5B描述了一種本發(fā)明識別蛋白的方法，該蛋白與含使用蛋白芯片系統(tǒng)的生物素取代基的式1化合物形成一種可逆的、非共價絡(luò)合物。圖5A俘獲(CATCH)步驟在捕捉(TRAP)步驟前進行。圖5B捕捉步驟在俘獲步驟前進行。
圖6表示當(dāng)PS10芯片-結(jié)合的化合物(本發(fā)明的化合物6)用來俘獲相關(guān)蛋白時，pH 9.0級分的唯一峰。
圖7表示使用ATP親和柱(上圖)和PS10芯片-結(jié)合的化合物(下圖)獲得的結(jié)果的比較。
圖8說明本發(fā)明的化合物124與聚合微管蛋白形成一種可逆的、非共價絡(luò)合物實心條(化合物124)；空心條(對照化合物)。
發(fā)明的詳細說明本發(fā)明包括一套研究工具和方法，其中美國專利申請序列號10/438,152和PCT/US/03/15193中公開的N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物被固定，并且被用來表征PDGF-RTK抑制劑，用來識別細胞中有治療重要性的生物分子靶標(biāo)，描述化合物的選擇性，預(yù)測可能的相關(guān)毒性以及在生物系統(tǒng)中探索與臨床感興趣的化合物有關(guān)的治療適應(yīng)癥的作用機理，包括PDGF-RTK抑制劑化合物或具有一般性抗增殖作用或其它生物作用的化合物。
1.本發(fā)明的化合物1.A定義和命名法除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″烷基″，不管單獨使用或作為取代基團的一部分，包括具有1-10個碳原子(或在此范圍內(nèi)的任何數(shù)字)的直鏈和支鏈烷基。例如，烷基包括甲基、乙基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、3-(2-甲基)丁基、2-戊基、2-甲基丁基、新戊基、正己基、2-己基、2-甲基戊基等。除非另有說明，低級烷基包括具有1-4個碳原子(或在此范圍內(nèi)的任何數(shù)字)的直鏈和支鏈烷基。
除非另有說明，術(shù)語″烷氧基″或″烷基氧基″在本文中作為同義詞使用，并且在此使用時，不管單獨使用或作為取代基團的一部分，表示上述直鏈或支鏈烷基的氧醚基。例如，烷氧基包括甲氧基、乙氧基、正丙氧基、仲丁氧基、叔丁氧基、正己氧基等。相對于烷基部分的氧原子的具體位置以下列方式指明，″-O烷基″或″-烷基O-″分別描述-OCH3和-CH2O-(其中烷基的例子是甲基)。
除非另有說明，″芳基″單獨使用或與其他術(shù)語結(jié)合(例如，芳氧基、芳硫基(arylthioxy)、芳烷基)時，應(yīng)是指包含碳原子的芳環(huán)結(jié)構(gòu)，例如，苯基、萘基、芴基等。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″芳烷基″應(yīng)是指被芳基如苯基、萘基等取代的任何低級烷基，例如，芐基、苯基乙基、苯基丙基、萘甲基等。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″環(huán)烷基″，不管單獨使用或作為取代基團的一部分，應(yīng)是指任何穩(wěn)定的3-10元的飽和環(huán)系，例如，環(huán)丙基、環(huán)丁基、環(huán)戊基、環(huán)己基、環(huán)庚基和環(huán)辛基。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″部分不飽和的碳環(huán)″，不管單獨使用或作為取代基團的一部分，應(yīng)是指任何穩(wěn)定的5-10元的部分不飽和環(huán)系，其中所述的碳環(huán)含有至少一個不飽和鍵，例如，環(huán)戊烯基、環(huán)己烯基、環(huán)庚烯基等。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″雜芳基″，不管單獨使用或作為取代基團的一部分，應(yīng)表示任何5-10元單環(huán)或二環(huán)芳環(huán)結(jié)構(gòu)，其含有碳原子和至少一個選自O(shè)、N和S的雜原子，任選含有1-4個獨立地選自O(shè)、N和S的另外的雜原子。所述的雜芳基可以連接于所述環(huán)的任何雜原子或碳原子上，以產(chǎn)生一種穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。合適的雜芳基的例子包括，但不局限于，吡咯基、呋喃基、噻吩基、唑基、咪唑基、吡唑基、異唑基、異噻唑基、三唑基、噻二唑基、吡啶基、噠嗪基、嘧啶基、吡嗪基、吡喃基、呋咱基、中氮茚基、吲哚基、異二氫氮茚基、吲唑基、苯并呋喃基、苯并噻吩基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、嘌呤基、喹嗪基、喹啉基、異喹啉基、異噻唑基、噌啉基、2，3-二氮雜萘基、喹唑啉基、喹喔啉基、萘啶基、蝶啶基等。
在此所使用的術(shù)語″雜環(huán)烷基″應(yīng)表示任何5-10元單環(huán)或二環(huán)、飽和或部分不飽和的環(huán)結(jié)構(gòu)，其含有C原子和至少一個選自O(shè)、N和S的雜原子，任選含有1-4個獨立地選自O(shè)、N和S的另外的雜原子。所述的單環(huán)或二環(huán)雜烷基可以連接于所述環(huán)的任何雜原子或碳原子上，以產(chǎn)生一種穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。合適的單環(huán)或二環(huán)雜烷基的例子包括，但不局限于，吡咯啉基、吡咯烷基、二氧戊環(huán)基、咪唑啉基、咪唑烷基、吡唑啉基、吡唑烷基、哌啶基、二烷基、嗎啉基、二噻烷基、硫代嗎啉基、哌嗪基、三噻烷基、二氫吲哚基、色烯基、1，3-亞甲二氧基苯基(相當(dāng)于苯并稠合的二氧雜環(huán)戊基(dioxolyl))、1，4-亞乙二氧基苯基(相當(dāng)于苯并稠合的二烷基(dioxanyl))、2，3-二氫苯并呋喃基等。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″苯并-稠合的雜芳基″應(yīng)是指雙環(huán)結(jié)構(gòu)，其中一個環(huán)是苯基以及另一個環(huán)是5-6元雜芳基。所述的苯并-稠合的雜芳基是雜芳基的一個子集。合適的例子包括，但不局限于，吲哚基、異吲哚基、苯并呋喃基、苯并噻吩基、吲唑基、苯并噻唑基、喹啉基、異喹啉基、噌啉基、2，3-二氮雜萘基、喹唑啉基、蝶啶基等。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″苯并-稠合的雜環(huán)烷基″應(yīng)是指雙環(huán)結(jié)構(gòu)，其中一個環(huán)是苯基以及另一個環(huán)是5-6元雜環(huán)烷基。所述的苯并-稠合的雜環(huán)烷基是雜環(huán)烷基的一個子集。合適的例子包括，但不局限于，1，3-苯并二氧雜環(huán)戊基(1，3-benzodioxolyl)(亦稱1，3-亞甲基二氧基苯基)、二氫吲哚基、1，4-苯并二氧雜環(huán)己基(1，4-benzodioxolanyl)(亦稱1，4-亞乙基二氧基苯基)、苯并二氫呋喃基、苯并四氫吡喃基、苯并二氫噻吩等。
除非另有說明，在此所使用的術(shù)語″苯并-稠合的環(huán)烷基″應(yīng)是指雙環(huán)結(jié)構(gòu)，其中一個環(huán)是苯基以及另一個環(huán)是3-8元環(huán)烷基。合適的例子包括，但不局限于，2，3-二氫化茚基、1，2，3，4-四氫萘基、6，7，8，9-四氫-5H-苯并環(huán)庚烯基、5，6，7，8，9，10-六氫-苯并環(huán)辛烯基等。
在此所使用的術(shù)語″連接基團″是指二價基團，其例如從兩個不同的原子的每一個中除去至少一個氫原子或從單個原子中除去兩個氫原子后所衍生得到，從而使所述的兩個單價基團中心或單一的二價基團中心與不同的原子形成鍵。
在此所使用的術(shù)語″烷二基″應(yīng)包括1-10個碳原子(或在此范圍內(nèi)的任何數(shù)目)的直鏈和支鏈，二價或一價烴基，所述烴基由兩個不同的碳原子中的每一個除去一個氫原子或從單個碳原子除去兩個氫原子衍生得到。例子包括甲基二基(在此也稱為亞甲基)和乙基二基(在此也稱為亞乙基)，如乙-1，1-二基和乙-1，2-二基。
在此所使用的術(shù)語″基質(zhì)(Matrix)″是指一種載體，該載體是不溶性的、官能化的聚合物，可以連接(通過連接劑)前體化合物，并且可以很容易將其從過量試劑、可溶性反應(yīng)副產(chǎn)物或溶劑中分離(通過過濾、離心等)。在此所述的基質(zhì)也用下述符號來表示 一般來說，在本文中通篇使用IUPAC命名規(guī)則。對于基團取代基的命名由第一次指定的具有連字符的連結(jié)點的官能團開始，繼之以朝著側(cè)鏈的末端部分的相鄰官能團來推導(dǎo)，如下例中-(C1-10)烷基-C(O)NH-(C1-10)烷基-苯基或，當(dāng)不使用前面的短線時，首先描述側(cè)鏈的末端部分，繼以朝向連結(jié)點的相鄰官能團，如在苯基-(C1-10)烷基酰氨基(C1-10)烷基，或苯基烷基酰氨基烷基所有這三種命名均指下式基團 當(dāng)存在兩個連接點時，例如在連接基團或環(huán)成員中，用前面的短線和最后的短線表示兩個連接點。例如，具有兩個單價基團中心的連接基團的連接點將被表示為-(CH2)2-或-O(CH2)2-等；具有一個單一二價基團中心的連接基團的連接點將被表示為-NH-或-N(C＝O烷基)-等。芳環(huán)成員的連接點將被表示為例如-N-、-S-或-CH-等。
當(dāng)使用短語″用...封端″時，末端取代基的連接點用第二個短劃線表示。例如，對于短語″由-H、甲基、乙基或芐基為端基的-C(＝O)-(CH2CH2O-)1-10″，所選擇的末端取代基的連接點是末端氧，例如，-C(＝O)-(CH2CH2OH)或-C(＝O)-(CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH3)。
當(dāng)特定的基團(例如，苯基、芳基、雜烷基、雜芳基)被″取代″時，該基團可以具有一個或多個取代基，優(yōu)選1-5個取代基，更優(yōu)選1-3個取代基，最優(yōu)選1-2個取代基，所述取代基獨立地選自取代基的列表。
對于取代基來說，術(shù)語″獨立地″是指當(dāng)可能有不止一個這樣的取代基時，這樣的取代基可以彼此相同或不同。
一個分子中在具體位置上的任何取代基或變量的定義與該分子其它位置上的定義是彼此獨立的。應(yīng)該理解，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可以選擇本發(fā)明化合物上的取代基和取代類型，以提供化學(xué)上穩(wěn)定的并且可以通過本領(lǐng)域已知的技術(shù)和本文中提出的那些方法容易地合成的化合物。
在本發(fā)明中舉例說明的化合物根據(jù)本領(lǐng)域公知的命名法進行命名，或使用Autonom 2.2版(由CambridgeSoft.com銷售的ChemDrawUltra7.0.1 Office Suite提供的命名法軟件商標(biāo))命名。
1.B式I
本發(fā)明的化合物包含式I化合物 式(I)或其光學(xué)異構(gòu)體、對映異構(gòu)體、非對映異構(gòu)體、外消旋體或藥學(xué)上可接受的鹽，其中 選自式A-1、A-2和A-3 (式A-1)，其中式A-1在式A-1的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，并且任選被一個選自式A-1-a、A-1-b和A-1-c的取代基所取代 (式A-1-a)其中式A-1-a在a1一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接； (式A-1-b)，其中式A-1-b在a2一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；和
(式A-1-c)，其中式A-1-c在a6一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；其中R8選自氫、烷基或L4； (式A-2)，其中式A-2在式A-2的b2一側(cè)與式(I)中R1-取代的環(huán)連接，并且A1、A2、A3、A4是(i)-N-；或(ii)被H或烷氧基取代的-C-，其中所述的烷氧基可以任選進一步在末端碳上被烷氧基或高達3個鹵原子取代；條件是A1、A2、A3、A4中至少一個并且至多兩個是-N-；和 (式A-3)，其中式A-3在式A-3的b3一側(cè)上與式(I)中R1-取代的環(huán)連接，并且B1、B2和B3獨立地是(i)任選被烷基、芳基、烷氧基或鹵素取代的-CH-，(ii)-S-；(iii)-O-；或(iv)-N-；條件是B1、B2或B3中至多一個是-S-或-O-，并且，條件是當(dāng)B1、B2或B3之一是-S-或-O-時，那么相鄰的環(huán)成員不是-S-或-O-；s是0-2的整數(shù)；q是0-4的整數(shù)；條件是當(dāng) 沒有被式A-1-a、A-1-b或A-1-c取代時，q和s之和是0-4的整數(shù)；并且當(dāng) 被式A-1-a、A-1-b或A-1-c之一取代時，q和s之和是0-2的整數(shù)；
R1選自氫、低級烷基、-OH、烷氧基、-氧代-NH2、-NH(烷基)和-N(烷基)2；R2選自氫、烷氧基、烷基、烯基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、羥基化的烷基氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基(halogenated thioalkyl)、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基(thio)、烷硫基(thioalkyl)、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；R3獨立地選自 -X1-A20-Y1-A21、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-(烷基)C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-N(烷基)-、-N(烷基)C(＝O)-、-N(烷基)C(＝O)NH-、-N(烷基)C(＝O)O-、-N(烷基)SO2-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)N(烷基)-、-NHC(＝O)NH、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)N(烷基)-、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-SO2N(烷基)-和-SO2NH-；A20，當(dāng)存在時，選自烷基或烯基；以及A21選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)A20或A21是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可以任選被一個或多個基團所取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫代或烷硫基；
選自芳基，環(huán)烷基，部分不飽和的碳環(huán)，雜芳基，雜環(huán)烷基，9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基和9-10元苯并-稠合的雜環(huán)烷基；其中，所述的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、苯并-稠合的環(huán)烷基或苯并-稠合的雜環(huán)烷基任選被一個或多個取代基所取代，所述的取代基獨立地選自鹵素，羥基，氨基，硫基，硝基，氰基，烷基，鹵代烷基，烷氧基，鹵代烷氧基，烷基氨基，-NHC(＝O)烷基，-N(烷基)C(＝O)烷基，或二烷基氨基，-NHC(＝O)NH2，-NHC(＝O)NH烷基，-N(烷基)C(＝O)NH烷基，-OC(＝O)NH烷基，-NHC(＝O)O烷基，-N(烷基)C(＝O)O烷基，-NHSO2烷基，-N(烷基)SO2烷基，烷硫基，鹵代烷硫基，-SO2烷基，鹵代-SO2烷基，-NHC(＝O)N(烷基)2，-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2；L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-(C＝O)O-、-NHC(＝O)-、-NH(C＝O)NH-、-NH(C＝O)O-、-O(C＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-O(C＝O)-、-O-、-NH-、-(CH2)1-3O-、-SS-或-S-；K選自
-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)CH2CH2(OCH2CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(C＝O)NHCH2CH2(OCH2CH2)n(C＝O)NHCH2(CH2)p-，-(CH2)m(C＝O)NHCH2(CH2)n(C＝O)NHCH2(CH2)p-，-(CH2)mNH(CH2)t-，-(CH2)mO(CH2)t-，-(CH2)mS(CH2)t-，-(CH2)mS(＝O)(CH2)t-，-(CH2)mSO2(CH2)t-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)t-，-(CH2)m(C＝O)NH(CH2)t-，-(CH2)mNH(C＝O)NH(CH2)t-，-(CH2)mSS(CH2)t-，-(CH2)m(SCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)CH2CH2(SCH2CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(C＝O)NHCH2CH2(SCH2CH2)n(C＝O)NHCH2(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，和-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；m是1-7；n是1-10；p是0-7；r和r2是1-5；
t是1-7；J1選自-C(＝O)NH-，-(C＝O)O-，-NHC(＝O)-，-NH(C＝O)NH-，-NH(C＝O)O-，-NH-，-O(C＝O)NH-，-OC(＝O)O-，-O(C＝O)-，-O-，-(CH2)1-3O-，-SS-，-S-，-SS-，-SCH2(CHOH)-，-CH＝NNH-， J3選自-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-NH-，-CH＝NNH-， -NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和-NH(CH2)6-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；X選自生物素(biotin)/抗生物素蛋白(avidin)、生物素/鏈霉抗生物素蛋白(streptavidin)、亞氨基生物素/抗生物素蛋白、亞氨基生物素/鏈霉抗生物素蛋白、生物素/NeutrAvidinTM或亞氨基生物素/NeutrAvidinTM；R4是取代基，其獨立地選自(a)H； 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-或C1-6烯基，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、氰基、鹵素、氨基、-(CH2)1-4烷基氨基、-(CH2)1-4二烷基氨基、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(d)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)(CH2CH2O-)1-10；(e)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)CH2O(CH2CH2O-)1-10；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基或-C(＝O)(C3-6)環(huán)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基芳基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)-C(＝O)(CH2)1-3芳基、-C(＝O)芳基、-C(＝O)(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)雜芳基，其中所述的-C(＝O)(CH2)1-3芳基、-C(＝O)芳基、-C(＝O)(CH2)1-3雜芳基和-C(＝O)雜芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基(nitrile)或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；
(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基或-C(＝O)O(C3-6)環(huán)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)-C(＝O)O(CH2)1-3芳基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)O雜芳基，其中所述的-C(＝O)O(CH2)1-3芳基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)O雜芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-20)烷基、-C(＝O)NH(C3-6)環(huán)烷基或-C(＝O)N(烷基)2，其中所述的-C(＝O)NH(C1-20)烷基、-C(＝O)NH(C3-6)環(huán)烷基和-C(＝O)N(烷基)2可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)芳基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基、-C(＝O)NH芳基、-C(＝O)NH(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)NH雜芳基，其中所述的-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基、-C(＝O)NH芳基、-C(＝O)NH(CH2)1-3雜芳基和-C(＝O)NH雜芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)芳基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(q)-C(＝S)NH烷基；(r)-C(＝S)N(烷基)2；(s)-SO2NH2；(t)-SO2NH烷基；(u)-SO2N(烷基)2；(v)-P(＝O)(OCH3)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)其中M1選自-C(＝O)-、-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)-、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4O(C＝O)NH-、-(CH2)2-4OC(＝O)-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-、-(CH2)2-4SS-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；R6選自H和
條件是如果R4是 那么R6是H；L3為不存在或選自烷基二基、羰基、-烷基二基-C(＝O)-、-C(＝O)-烷基二基-、-烷基二基C(＝O)烷基二基-或-SO2-的連接基團；B選自芳基、雜芳基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基、9-10元苯并-稠合的雜環(huán)烷基、-CH(R9)芳基和-CH(R9)雜芳基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代；以及其中R9是選自氫、烷基或環(huán)烷基的取代基，其中所述的烷基任選被烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、-SO2烷基或羥基取代；R5獨立地選自L4，烷基，烷基氨基，烷基氧基，氨基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(二烷基)、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)OH、-CH2OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、鹵代SO2-烷基、鹵代烷硫基、羥基、羥烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基，硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、-SO2NH2、硫基、烷硫基、 和-V-B10-W-B20；其中，V和W彼此獨立地為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-N(烷基)-、-N(烷基)C(＝O)-、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)-、-N(烷基)C(＝O)NH-、-N(烷基)C(＝O)O-、-N(烷基)SO2-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)N(烷基)-、-NHC(＝O)NH-、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)N(烷基)-、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-SO2N(烷基)-和-SO2NH-；B10為不存在或選自烷基或烯基；B20為不存在或選自烷基、烯基或H；其中，當(dāng)B10或B20是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可任選被一個或多個基團所取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基，鹵代烷硫基、羥基-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；以及 選自芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基和9-10元苯并-稠合的雜環(huán)烷基，其中，所述的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、苯并-稠合的環(huán)烷基或苯并-稠合的雜環(huán)烷基任選被一個或多個取代基取代，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、雜芳基、羥基、羥烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；條件是L4或L5中至少有一個并且至多有一個存在。
1.C實施方案本發(fā)明的進一步的實施方案包括式(I)的化合物(其中E、R8、R1、R2、R3、R4、L4、L5、R5、R6、L3和B分別隨下面所述變化而變化)及其所述改變的組合。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中 選自式A-1、A-2和A-3 (式A-1)，其中式A-1在式A-1的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，并且任選被一個選自式A-1-a、A-1-b和A-1-c的取代基所取代 (式A-1-a)其中式A-1-a在a1一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接； (式A-1-b)其中式A-1-b在a2一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；和 (式A-1-c)其中式A-1-c在a6一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；其中R8是氫、低級烷基或L4； (式A-2)其中式A-2在式A-2的b2一側(cè)與式(I)中R1-取代的環(huán)連接，并且A1、A2、A3、A4中的一個或兩個是-N-；其余是被H或烷氧基取代的-C-，其中所述的烷氧基可以任選進一步在末端碳上被烷氧基或高達3個鹵原子取代；以及
(式A-3)其中式A-3在式A-3的b3一側(cè)上與式(I)中R1-取代的環(huán)連接，并且B1、B2和B3獨立地是(i)任選被C1-4烷基、芳基、烷氧基或鹵素取代的-CH-，(ii)-S-；(iii)-O-；或(iv)-N-；條件是B1、B2或B3中至多一個是-S-或-O-，并且，條件是當(dāng)B1、B2或B3之一是-S-或-O-時，那么相鄰的環(huán)成員不是-S-或-O-；本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中 選自式A-1、A-2和A-3 (式A-1)其中式A-1在式A-1的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接并且任選被一個選自式A-1-a、A-1-b和A-1-c的取代基所取代 (式A-1-a)其中式A-1-a在a1一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接； (式A-1-b)其中式A-1-b在a2一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；和
(式A-1-c)其中式A-1-c在a6一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；其中R8是氫、低級烷基或L4； (式A-2)其中式A-2選自吡啶基和嘧啶基；在式A-2的b2一側(cè)與式(I)中R1-取代的環(huán)連接，并且在碳環(huán)成員上任選被H或烷氧基取代，其中所述的烷氧基可以任選進一步在末端碳上被烷氧基或高達3個鹵原子取代；以及 (式A-3)其中式A-3選自噻吩基、異唑基和呋喃基；在式A-3的b3一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，以及在碳環(huán)成員上任選被C1-4烷基、芳基、烷氧基或鹵素取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中 選自 (式A-4)
其中式A-4在式A-4的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接； (式A-5)其中式A-5在式A-5的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接；其中R8是氫、低級烷基或L4； (式A-6)其中式A-6在式A-6的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接；以及 式A-3-a；其中式A-3-a在式A-3-a的b3一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，其中R12獨立地選自H、甲基、苯基、乙氧基、氯或氟；以及其中q是0-4的整數(shù)；條件是當(dāng) 是式A-4，q和s之和是0-4的整數(shù)；并且當(dāng) 是式A-5或A-6時，q和s之和是0-2的整數(shù)。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中 選自
(式A-4)其中式A-4在式A-4的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接； (式A-5)其中式A-5在式A-5的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接；其中R8是氫、低級烷基或L4；以及 式A-3-a；其中式A-3-a在式A-3-a的b3一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，其中R12獨立地選自H、甲基、苯基、乙氧基、氯或氟；以及其中q是0-4的整數(shù)；條件是當(dāng) 是式A-4時，q和s之和是0-4的整數(shù)；并且當(dāng) 是式A-5時，q和s之和是0-2的整數(shù)。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中 是
(式A-4)，其中式A-4在式A-4的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接；以及其中q是0-4的整數(shù)；條件是當(dāng) 是式A-4時，q和s之和是0-4的整數(shù)。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R1選自氫、低級烷基、-OH、烷氧基、-NH2、-NH(烷基)和-N(烷基)2。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R1選自氫、低級烷基、-OH或烷氧基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R1選自氫或低級烷基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R1是氫。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R2選自氫、烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、羥基化的烷基氧基、鹵代烷基氧基、鹵代-SO2烷基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基，硫基，烷硫基、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R2獨立地選自烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、羥基化的烷基氧基、鹵代烷基氧基、羥基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、烷硫基和L4。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R2獨立地選自烷氧基、烷基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、羥基化的烷基氧基、羥基、-NHC(＝O)烷基和L4。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R2獨立地選自甲氧基、乙氧基、異丙氧基、甲基、氨基、氰基、N，N-二甲基-氨基、溴、氯、氟、三氟甲基、三氟甲氧基、(3-羥基)-丙-1-氧基、羥基、N-(1-氧代-乙基)-氨基和L4。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R3獨立地選自 -X1-A20-Y1-A21、-X1-A20-A21和-X1-A21、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-NH-、-O-、-SO2-和-SO2NH-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中X1和Y1各自獨立地為不存在或是-O-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中X1不存在或是-O-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中Y1不存在。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中A20不存在或是烷基；以及其中當(dāng)A20是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中A20不存在或是烷基；以及其中當(dāng)A20是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、羥基、-NHC(＝O)NH2、-NHSO2烷基、-SO2烷基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中A20不存在或者選自甲基、乙基、丙基或異丙基；其中甲基、乙基、丙基或異丙基任選被一個或多個獨立地選自烷氧基、二烷基氨基或羥基的基團所取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中A20不存在或者選自甲基、乙基、丙基或異丙基；其中甲基、乙基、丙基或異丙基任選被一個或多個獨立地選自甲氧基、二甲基-氨基或羥基的基團所取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中A21選自烷基、烯基或H；以及其中當(dāng)A21是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中A21選自烷基、烯基或H；以及其中當(dāng)A21是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、羥基、-NHC(＝O)NH2、-NHSO2烷基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中A21是H。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基，環(huán)烷基，部分不飽和的碳環(huán)，雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自鹵素，羥基，氨基，硫基，硝基，氰基，烷基，鹵代烷基，烷氧基，鹵代烷氧基，烷基氨基，-NHC(＝O)烷基，-N(烷基)C(＝O)烷基，或二烷基氨基，-NHC(＝O)NH2，-NHC(＝O)NH烷基，-N(烷基)C(＝O)NH烷基，-OC(＝O)NH烷基，-NHC(＝O)O烷基，-N(烷基)C(＝O)O烷基，-NHSO2烷基，-N(烷基)SO2烷基，烷硫基，鹵代烷硫基，-SO2烷基，鹵代-SO2烷基，-NHC(＝O)N(烷基)2，-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基，雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自鹵素，羥基，氨基，硫基，硝基，氰基，烷基，鹵代烷基，烷氧基，鹵代烷氧基，烷基氨基，-NHC(＝O)烷基，-N(烷基)C(＝O)烷基，或二烷基氨基，-NHC(＝O)NH2，-NHC(＝O)NH烷基，-N(烷基)C(＝O)NH烷基，-OC(＝O)NH烷基，-NHC(＝O)O烷基，-N(烷基)C(＝O)O烷基，-NHSO2烷基，-N(烷基)SO2烷基，烷硫基，鹵代烷硫基，-SO2烷基，鹵代-SO2烷基，-NHC(＝O)N(烷基)2，-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的苯基，咪唑基，吡咯烷基，哌啶基和嗎啉基，所述的取代基獨立地選自鹵素，羥基，氨基，硫基，硝基，氰基，烷基，鹵代烷基，烷氧基，鹵代烷氧基，烷基氨基，-NHC(＝O)烷基，-N(烷基)C(＝O)烷基，或二烷基氨基，-NHC(＝O)NH2，-NHC(＝O)NH烷基，-N(烷基)C(＝O)NH烷基，-OC(＝O)NH烷基，-NHC(＝O)O烷基，-N(烷基)C(＝O)O烷基，-NHSO2烷基，-N(烷基)SO2烷基，烷硫基，鹵代烷硫基，-SO2烷基，鹵代-SO2烷基，-NHC(＝O)N(烷基)2，-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的苯基、咪唑基、吡咯烷基、哌啶基和嗎啉基，所述的取代基獨立地選自鹵素、羥基、氨基、硝基、烷基、鹵代烷基、烷氧基、鹵代烷氧基、烷基氨基、二烷基氨基、-NHSO2烷基或-SO2烷基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的苯基、咪唑基、吡咯烷基、哌啶基和嗎啉基，所述的取代基獨立地選自氯、氟、羥基或烷基。
本發(fā)明的一種優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物，其中L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-O-、-NHC(＝O)O-、-S-或-SS-；以及其中K選自
-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；和其中J1選自-C(＝O)NH-，-(C＝O)O-，-NHC(＝O)-，-NH(C＝O)NH-，-NH(C＝O)O-，-O(C＝O)NH-，-OC(＝O)O-，-O(C＝O)-，-O-，-NH-，-(CH2)1-3O-，-SS-，-S-，-SCH2(CHOH)-，-CH＝NNH-， 和其中J3選自
-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和-NH(CH2)5-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵。
本發(fā)明的一種更優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物，其中L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-或-O-；以及其中K選自-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；以及其中J1選自-NH-，-NHC(＝O)O-，-OC(＝O)-，-C(＝O)O-，-C(＝O)NH-，或-NHC(＝O)-，-CH＝NNH-， 以及
J3選自-NH-、-NHC(＝O)O-、-OC(＝O)-、-C(＝O)O-、-C(＝O)NH-或-NHC(＝O)-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(d)用H封端的-C(＝O)(CH2CH2O-)1-10；(e)用H封端的-C(＝O)CH2O(CH2CH2O-)1-10；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基芳基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)-C(＝O)(CH2)1-3芳基或-C(＝O)芳基，其中所述的-C(＝O)芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基或-N(烷基)2封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)-C(＝O)O(CH2)1-3芳基或-C(＝O)O芳基，其中所述的-C(＝O)O芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-20)烷基或-C(＝O)N(C1-20烷基)2，其中所述的-C(＝O)NH(C1-20)烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)芳基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基或-C(＝O)NH芳基，其中所述的-C(＝O)NH芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)芳基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(q)-C(＝S)NH烷基；(r)-C(＝S)N(烷基)2；
(s)-SO2NH2；(t)-SO2NH烷基；(u)-SO2N(烷基)2；(v)-P(＝O)(OCH3)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基芳基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)-C(＝O)(CH2)1-3芳基或-C(＝O)芳基，其中所述的-C(＝O)芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基或-N(烷基)2封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)-C(＝O)O(CH2)1-3芳基或-C(＝O)O芳基，其中所述的-C(＝O)O芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-20)烷基或-C(＝O)N(C1-20烷基)2，其中所述的-C(＝O)NH(C1-20)烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)芳基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基或-C(＝O)NH芳基，其中所述的-C(＝O)NH芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)芳基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基芳基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)芳基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基或-N(烷基)2封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O芳基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH(C1-20)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)芳基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH芳基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)芳基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基苯基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)芳基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或吡咯烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基或-N(烷基)2封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O芳基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH(C1-20)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、吡咯烷基、嗎啉基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)苯基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH芳基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)苯基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-C(＝O)O烷基、-(C＝O)NH2、-C(＝O)烷基或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基-苯基或-OC(＝O)烷基；(g)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)苯基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或吡咯烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-O烷基封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；
(j)任選被一個或多個-O烷基取代的-C(＝O)O烷基；(k)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O苯基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH(C1-20)烷基，所述的基團獨立地選自-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、吡咯烷基、嗎啉基、-NHC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)苯基或-C(＝O)O烷基；以及，其中所述的-NHC(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH苯基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基和-C(＝O)苯基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素和腈基；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是
(c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-C(＝O)O烷基、-(C＝O)NH2、-C(＝O)烷基或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基-苯基或-OC(＝O)烷基；(g)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)苯基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基和-OC(＝O)烷基；(h)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或吡咯烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-O烷基封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個-O烷基取代的-C(＝O)O烷基；(k)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O苯基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基和-OC(＝O)烷基；(l)用-H封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH(C1-20)烷基，所述的基團獨立地選自-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、吡咯烷基、嗎啉基、-NHC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)苯基或-C(＝O)O烷基；以及，其中所述的-NHC(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素和腈基；(n)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH苯基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、氯、氟、腈基和-OC(＝O)烷基；(o)用-CH2CH2OH和-C(＝O)苯基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素和腈基；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；
(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-C(＝O)O烷基、-(C＝O)NH2、-C(＝O)烷基或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基-苯基或-OC(＝O)烷基；(g)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)苯基，所述的基團獨立地選自-O烷基、氯或氟；(h)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或吡咯烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-O烷基封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個-O烷基取代的-C(＝O)O烷基；(k)任選被一個或多個氯、氟取代的-C(＝O)O苯基；(l)用-H封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)NH(C1-20)烷基，所述的基團獨立地選自-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、吡咯烷基、嗎啉基、-NHC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)苯基或-C(＝O)O烷基；以及，其中所述的-NHC(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素和腈基；(n)任選被一個或多個氟取代的-C(＝O)NH苯基；(o)用-CH2CH2OH和-C(＝O)苯基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)苯基的苯基部分可以任選被一個或多個-OH取代；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R4獨立地選自H， 條件是R6不是 1-甲氧基-1-氧代-乙基，1-甲基-乙氧基-羰基，1-氧代-丁氧基-甲基，1-氧代-乙氧基-甲基，1-氧代-乙基，1-氧代-丙基，2-(1-氧代-乙氧基)-1-氧代-乙基，2-(2-甲氧基-1-氧代-乙氧基)-1-氧代-乙基，2-(2-甲基-1-氧代-丙氧基)-1-氧代-乙基，2-氨基-2-氧代-乙基，2，2-二甲基-1-氧代-丙氧基-甲基，2-乙氧基-2-氧代-乙基，2-甲氧基-2-氧代-乙基，2，6-二氟-苯甲酰基，2-[2-(2-羥基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基-羰基，2-芐氧基-1-氧代-乙基，2-芐氧基-乙氧基-羰基，2-氯-苯氧基-羰基，2-氟-苯甲酰基，2-羥基-1-氧代-乙基，2-羥基-乙基，2-羥基-丙基，2-甲氧基-1-氧代-乙基，2-甲氧基-乙氧基-羰基，2-甲基-1-氧代-丙基，2-氧代-丙基，3-(N，N-二乙氨基)-1，3-二氧代-丙基，3-1H-吡咯烷-1-基-1，3-二氧代-丙基，3-乙氧基-1，3-二氧代-丙基，3-1H-吡咯烷-1-基-1，3-二氧代-丙基，4-(1-氧代-乙氧基)-芐基，4-氨基-1，4-二氧代-正丁基，4-乙氧基-1，4-二氧代-正丁基，4-羥基-1，4-二氧代-正丁基，4-甲氧基-1，4-二氧代-正丁基，4-氯-苯甲?；?-氯-苯氧基-羰基，4-氟-苯甲?；?-氟-苯氧基-羰基，4-甲氧基-苯甲?；?，5-(N-甲基-氨基)-1，5-二氧代-戊基，5-甲氧基-1，5-二氧代-戊基，苯甲?；?，二乙氧基-氧膦基，乙氧基-羰基，甲氧基-羰基，甲氧基-甲基，甲基，N-(2-乙氧基-2-氧代-乙基)-氨基-羰基，N-(2-1H-吡咯烷-1-基-乙基)-氨基-羰基，N-(2-氨基-乙基)-氨基-羰基，N-(2-嗎啉-4-基-乙基)-氨基-羰基，N-(3-乙氧基-3-氧代-丙基)-氨基-羰基，N-(3-氟-苯基)-氨基-羰基，N-(十五烷基)-氨基-羰基，N，N-二甲基-氨基-磺酰基，N-[2-(2-次甲基-1-氧代-丙氧基)-乙基]-氨基-羰基，N-[2-(3-甲基-1-甲氧基-1-氧代)-正丁基]-氨基-羰基，N-[2-(4-甲基-1-甲氧基-1-氧代)-戊基]-氨基-羰基，N-[2-(N，N-二甲基-氨基)-乙基]-氨基-羰基，N-[2-(N-苯甲?；?氨基)-乙基]-氨基-羰基，N-[2-(N-甲基-氨基)-乙基]-氨基-羰基，N-[2-[2-(2-羥基-乙氧基)-乙氧基]-乙基]-氨基-羰基，N-[2-[N-(1-氧代-乙基)-氨基]-乙基]-氨基-羰基，N-[2-[N-(2-羥基-苯甲酰基)-氨基]-乙基]-氨基-羰基，N-[2-[N(2-羥基-乙基)-氨基]-乙基]-氨基-羰基，N-[2-[N-(2-甲基-1-氧代-丙基)-氨基]-乙基]-氨基-羰基，N-甲基-氨基-羰基，N-甲基-氨基-硫代羰基和苯氧基-羰基或L5。
本發(fā)明的一種優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物，其中L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)；其中M1選自-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵。
本發(fā)明的一種優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物，其中M1選自-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4S-或-(CH2)2-4O-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中L3不存在或是一種選自烷基二基、羰基、-烷基二基-C(＝O)-或-C(＝O)-烷基二基-的連接基團。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中L3不存在或是一種選自烷基二基或羰基的連接基團。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中L3不存在或是烷基二基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B選自芳基、雜芳基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基、-CH(R9)芳基和-CH(R9)雜芳基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代；以及其中R9是一個選自氫、C1-5烷基或環(huán)烷基的取代基；其中所述的烷基任選被烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、-SO2烷基或羥基取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中
B選自芳基、雜芳基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基、-CH(R9)芳基和-CH(R9)雜芳基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代；以及其中R9是一個選自氫或C1-5烷基的取代基；其中所述的烷基任選被烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基或羥基取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B選自芳基、雜芳基或9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B選自苯基、萘基、吡啶基、2，3-二氫化茚基或四氫萘基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B選自苯基或吡啶基，其中所述的B的芳香部分任選被R5取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中R5獨立地選自L4、烷基、烷氧基、氨基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、-SO2-烷基、鹵代烷硫基、羥基、羥基烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、-SO2NH2、硫基、烷硫基、 和-V-B10-W-B20。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R5選自L4、烷基、烷基氧基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、鹵代烷硫基、羥基、羥基烷基、硝基、-SO2烷基、-SO2NH2、烷硫基、 和-V-B10-W-B20。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中R5獨立地選自L4、甲基、乙基、異丙基、叔丁基、甲氧基、乙氧基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)O甲基、-C(＝O)O乙基、-C(＝O)OH、氰基、二甲氨基、溴、氯、氟、三氟甲基、三氟甲氧基、三氟甲硫基(thio-trifuoromethyl)、羥基、羥甲基、羥基乙基、硝基、-SO2NH2、甲硫基(thiomethyl)、 和-V-B10-W-B20。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中V和W各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH-、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中V和W各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-和-SO2-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中V為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-O-和-SO2-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中V為不存在或選自-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-O-和-SO2-。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中W不存在。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B10不存在或是烷基；以及其中當(dāng)B10是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基，烷基氨基，氨基，氰基，二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基，鹵代-SO2烷基，鹵代烷硫基，羥基-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基，硫基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B10不存在或是烷基；以及其中當(dāng)B10是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基，烷基氨基，氨基，二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基，羥基-NHC(＝O)NH2、-NHSO2烷基、-SO2烷基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B10不存在或者選自甲基或乙基，其中甲基或乙基任選被一個或多個獨立地選自二烷基氨基或羥基的基團所取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B10不存在或者選自甲基或乙基，其中甲基或乙基任選被一個或多個獨立地選自二甲氨基或羥基的基團所取代。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B20不存在或者選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)B20是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基，烷基氨基，氨基，氰基，二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基，鹵代-SO2烷基，鹵代烷硫基，羥基-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基，硫基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B20不存在或者選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)B20是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基，烷基氨基，氨基，二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基，羥基、-NHC(＝O)NH2、-NHSO2烷基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中B20不存在或是H。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、雜芳基、羥基、羥基烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的苯基、咪唑基、吡啶基、嘧啶基、吡咯烷基、嗎啉基、哌嗪基和哌啶基，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、雜芳基、羥基、羥基烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的苯基、咪唑基、吡啶基、嘧啶基、吡咯烷基、嗎啉基、哌嗪基和哌啶基，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、雜芳基、羥基、羥基烷基、-NHC(＝O)NH2、-NHSO2烷基、硝基或-SO2烷基。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物，其中 選自任選被一個或多個取代基取代的苯基、咪唑基、吡啶基、嘧啶基、吡咯烷基、嗎啉基、哌嗪基和哌啶基，所述的取代基獨立地選自甲氧基、乙氧基、甲基、乙基、溴、氯、氟、三氟甲基、吡啶基、羥基或羥甲基。
本發(fā)明的一種優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物，其中L4是-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)以及L5是-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)，以及L4和L5的長度和撓度允許前體化合物和靶標(biāo)蛋白之間結(jié)合。
在另一種優(yōu)選實施方案中，式(I)的前體化合物通過引入連接基團L4或L5的修飾沒有削弱該前體化合物的生物學(xué)活性。
本發(fā)明的一種實施方案包括式(I)的化合物其中基質(zhì)包含固體載體材料。
本發(fā)明的一種優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物其中基質(zhì)包含固體載體材料，其選自凝膠、纖維素、玻璃、塑料、珠粒和平板。
本發(fā)明的一種優(yōu)選實施方案包括式(I)的化合物，其中基質(zhì)選自Ciphergen PS10芯片；Ciphergen PS20芯片；Reacti-Gel；UltraLink；UltraLink DADPA、PharmaLink、AminoLink；CarboLink；SulfoLink；MagnaBind珠粒和UltraLink馬來酰亞胺。
在另一種優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明還涉及式(I-AA)的化合物 式(I-AA)其中R2獨立地選自烷氧基、烷基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、羥基化的烷氧基、羥基、-NHC(＝O)烷基和L4；R3獨立地選自 -X1-A20-Y1-A21、-X1-A20-A21和-X1-A21、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；
其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-；A20不存在或是烷基；A21選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)A20或A21是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基，烷基氨基，氨基，氰基，二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基，鹵代-SO2烷基，鹵代烷硫基，羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基，硫基或烷硫基； 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基、雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自鹵素，羥基，氨基，硫基，硝基，氰基，烷基、鹵代烷基、烷氧基，鹵代烷氧基，烷基氨基、-NHC(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基，二烷基氨基、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-OC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-N(烷基)SO2烷基，烷硫基，鹵代烷硫基、-SO2烷基，鹵代-SO2烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2；L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-O-、-NHC(＝O)O-、-S-或-SS-；以及其中K選自
-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；以及其中J1選自-(C＝O)NH-、-O-、-NHC(C＝O)O-、-S-、-SS-、SCH2(CHOH)-、-CN＝NNH-、 以及其中J3選自
-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和-NH(CH2)6-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，K與M以及K與J1或J3的連接不通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；X選自生物素/抗生物素蛋白、生物素/鏈霉抗生物素蛋白、亞氨基生物素/抗生物素蛋白、亞氨基生物素/鏈霉抗生物素蛋白、生物素/NeutrAvidinTM或亞氨基生物素/NeutrAvidinTM；R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基芳基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)-C(＝O)(CH2)1-3芳基或-C(＝O)芳基，其中所述的-C(＝O)芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基或-N(烷基)2封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)-C(＝O)O(CH2)1-3芳基或-C(＝O)O芳基，其中所述的-C(＝O)O芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-20)烷基或-C(＝O)N(C1-20烷基)2，其中所述的-C(＝O)NH(C1-20)烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)芳基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基或-C(＝O)NH芳基，其中所述的-C(＝O)NH芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)芳基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(u)-SO2N(烷基)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5。
L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)；其中M1選自-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)-、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接不通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；以及L3為不存在或選自烷基二基、羰基、烷基二基-C(＝O)-或-C(＝O)-烷基二基-的連接基團；B選自芳基、雜芳基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基、-CH(R9)芳基和-CH(R9)雜芳基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代；以及其中R9是選自氫、C1-5烷基或環(huán)烷基的取代基；其中所述的烷基任選被烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵代烷基、鹵代烷氧基、-SO2烷基或羥基取代；R5選自L4、烷基、烷氧基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)O烷基、-C(O)OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、鹵代烷硫基、羥基、羥烷基、硝基、-SO2烷基、-SO2NH2、烷硫基、 和-V-B10-W-B20；其中V和W各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH-、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-；B10不存在或是烷基；B20不存在或者選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)B10或B20是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基； 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、雜芳基、羥基、羥烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；條件是存在至少一個并且至多一個L4或L5；或其光學(xué)異構(gòu)體、對映異構(gòu)體、非對映異構(gòu)體、外消旋體或藥學(xué)上可接受的鹽。
在另一種優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明還涉及式(I-BB)的化合物
式(I-BB)其中 選自式A-1、A-2和A-3 (式A-1)，其中式A-1在式A-1的b1一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，并且任選被一個選自式A-1-a、A-1-b和A-1-c的取代基取代 (式A-1-a)其中式A-1-a在a1一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接； (式A-1-b)其中式A-1-b在a2一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；和
(式A-1-c)，其中式A-1-c在a6一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；其中R8是氫、低級烷基或L4； (式A-2)，其中式A-2在式A-2的b2一側(cè)與式(I)中R1取代的環(huán)連接，并且A1、A2、A3、A4中的一個或兩個是-N-；其余是被H或烷氧基取代的-C-，其中所述的烷氧基可任選進一步在末端碳上被烷氧基或高達3個鹵原子取代；以及 (式A-3)，其中式A-3在式A-3的b3一側(cè)上與式(I)中R1取代的環(huán)連接，并且B1、B2和B3獨立地是(i)任選被C1-4烷基、芳基、烷氧基或鹵素取代的-CH-，(ii)-S-；(iii)-O-；或(iv)-N-；條件是B1、B2或B3中至多一個是-S-或-O-，并且，條件是當(dāng)B1、B2或B3之一是-S-或-O-時，那么相鄰的環(huán)成員不是-S-或-O-；R2獨立地選自烷氧基、烷基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、羥基化的烷氧基、羥基、-NHC(＝O)烷基和L4；R3獨立地選自
-X1-A20-Y1-A21、-X1-A20-A21和-X1-A21、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-；A20不存在或是烷基；A21選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)A20或A21是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基； 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基、雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自鹵素、羥基、氨基、硫基、硝基、氰基、烷基、鹵代烷基、烷氧基、鹵代烷氧基、烷基氨基、-NHC(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、或二烷基氨基、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-OC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-N(烷基)SO2烷基、烷硫基、鹵代烷硫基、-SO2烷基、鹵代-SO2烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2；L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-O-、-NHC(＝O)O-、-S-或-SS-；以及其中K選自
-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，或-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；和其中J1選自-(C＝O)NH-、-O-、-NHC(＝O)O-、-S-、-SS-、-SCH2(CHOH)-、-CH＝NNH-、 以及其中J3選自
-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和-NH(CH2)6-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接不通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；X選自生物素/抗生物素蛋白、生物素/鏈霉抗生物素蛋白、亞氨基生物素/抗生物素蛋白、亞氨基生物素/鏈霉抗生物素蛋白、生物素/NeutrAvidinTM或亞氨基生物素/NeutrAvidinTM；R4獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)烷基；(d)-C(＝O)烷基OH；(e)-C(＝O)(CH2)2O烷基；或(f)L5；L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)；其中
M1選自-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)-、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接不通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；L3為不存在或選自烷基二基、羰基、-(C1-4)烷基二基-C(＝O)-或-C(＝O)-(C1-4)烷基二基-的連接基團；B選自芳基、雜芳基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基、-CH(R9)芳基和-CH(R9)雜芳基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代；以及其中R9是選自氫、C1-5烷基或環(huán)烷基的取代基；其中所述的烷基任選被烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵代烷基、鹵代烷氧基、-SO2烷基或羥基取代；R5選自L4、烷基、烷氧基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)O烷基、-C(O)OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、鹵代烷硫基、羥基、羥烷基、硝基、-SO2烷基、-SO2NH2、烷硫基、 和-V-B10-W-B20；其中V和W各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH-、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-；B10不存在或是烷基；B20不存在或者選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)B10或B20是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；
選自任選被一個或多個取代基取代的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、雜芳基、羥基、羥烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；條件是存在至少一個并且至多一個L4或L5；或其光學(xué)異構(gòu)體、對映異構(gòu)體、非對映異構(gòu)體、外消旋體或藥學(xué)上可接受的鹽。
在一種優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明還涉及式(I-CC)的化合物 式(I-CC)其中R2獨立地選自烷氧基、烷基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、羥基化的烷氧基、羥基、-NHC(＝O)烷基和L4；R3獨立地選自 -X1-A20-Y1-A21、-X1-A20-A21和-X1-A21、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)NH、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-和-SO2NH-；A20不存在或是烷基；A21選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)A20或A21是烷基時，所述的烷基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基； 選自任選被一個或多個取代基取代的芳基、雜芳基和雜環(huán)烷基，所述的取代基獨立地選自鹵素、羥基、氨基、硫基、硝基、氰基、烷基、鹵代烷基、烷氧基、鹵代烷氧基、烷基氨基、-NHC(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、二烷基氨基、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-OC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-N(烷基)SO2烷基、烷硫基、鹵代烷硫基、-SO2烷基、鹵代-SO2烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2；R5選自L4、烷基、烷氧基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、鹵代烷硫基、羥基、羥烷基、硝基、-SO2烷基、-SO2NH2和烷硫基；L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-O-、-NHC(＝O)O-、-S-或-SS-；以及其中K選自
-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，或-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；以及其中J1選自-(C＝O)NH-、-(C＝O)O-、-NHC(＝O)-、-NH(C＝O)O-、-O(C＝O)NH-、-O(C＝O)-、-O-、-NH-、-(CH2)1-3O-、-SS-、-S-、-SCH2(CHOH)-、 以及其中J3選自
-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)5-NH-(C＝O)CH2-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和-NH(CH2)5-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接不通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；X選自生物素/抗生物素蛋白、生物素/鏈霉抗生物素蛋白、亞氨基生物素/抗生物素蛋白、亞氨基生物素/鏈霉抗生物素蛋白、生物素/NeutrAvidinTM或亞氨基生物素/NeutrAvidinTM；R4選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)烷基；(d)-C(＝O)烷基OH；(e)-C(＝O)(CH2)2O烷基；或(f)L5；L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)；其中M1選自-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)-、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接不通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；以及條件是存在至少一個并且至多一個L4或L5；或其光學(xué)異構(gòu)體、對映異構(gòu)體、非對映異構(gòu)體、外消旋體或藥學(xué)上可接受的鹽。
在一種優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明還涉及式(I-DD)的化合物 式(I-DD)其中R2、R3、R4、B和R5如下表中所定義。
縮寫Av-PS10＝抗生物素蛋白涂層的Ciphergen PS10芯片Av-UL＝帶抗生物素蛋白的UltraLinkNeut-UL＝帶NeutrAvidinTM的UltraLinkStrep-UL＝帶鏈霉抗生物素蛋白的UltraLinkAL＝AminoLinkCL＝CarboLinkImb＝亞氨基生物素(Iminobiotin)SL＝SulfbLinkStrep-MB＝帶鏈霉抗生物素蛋白的MagnaBind珠粒UL-DADPA＝用二氨基二丙基胺活化的UltraLinkUL-M＝UltraLink馬來酰亞胺GF-2000＝Reacti-GelPS10或PS20＝PS10或PS20蛋白芯片








1.D合成方法本發(fā)明的化合物可以通過如下所述的任何一種一般性方法進行制備，更具體地說，本發(fā)明的化合物可以通過如下面實施例中所述的方法進行制備。
在制備在此所述的本發(fā)明化合物的任何方法中，可能有必要和/或希望保護在所涉及的任何分子上的敏感或反應(yīng)性基團(例如羥基、氨基、硫基、氧代或羧基)。這可以通過常規(guī)保護基團實現(xiàn)，如在ProtectiveGroups in Organic Chemistry，ed.J.F.W.McOmie，Plenum Press，1973；和T.W.Greene & P.G.M.Wuts，Protective Groups in OrganicSynthesis，John Wiley & Sons，1991中所述的那些基團。所述保護基可以使用本領(lǐng)城已知的方法在方便的隨后步驟中除去。
方法A式(I)的化合物可以根據(jù)方法A中概述的方法進行制備。
因此，式(S1)的化合物，其中F1如2003年5月14日提交的美國專利申請序列號10/438,152和2003年5月13日提交的PCT/US/03/15193中所概括的那樣制備，通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法，例如脫甲基化、硝基-還原、氧化、與異氰酸酯反應(yīng)、氰化物取代基的水解以及羧酸酯，可以轉(zhuǎn)化為式(S2)的化合物。在催化劑如Pd-C或阮內(nèi)-鎳存在下氫化，或通過氯化錫還原，可以實現(xiàn)硝基化合物(F1＝NO2)的還原，生成胺(F2＝NH2)。在另一個實例中，甲氧基-取代的芳基化合物(F1＝OCH3)在二氯甲烷中用BBr3脫甲基化，或通過與KCN/DMSO一起加熱，得到酚化合物(F2＝OH)。二硫化物(F1＝S2)化合物用硼氫化鈉等還原，得到巰基(sulhydryl)化合物(F2＝SH)。
式(S2)的化合物可以與合適的連接試劑反應(yīng)，制得式(S3)的化合物，其中M選自-NHC(＝O)-、NH(C＝O)NH-、-NH(C＝O)O-、-C(＝O)NH、-O(C＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-O(C＝O)-、-(C＝O)O-、-O-、-NH-、-(CH2)1-3O-或-S-。該反應(yīng)可以如下列流程中所示那樣完成。一些反應(yīng)(其中化合物含有敏感官能團)可能需要本領(lǐng)域技術(shù)人員進行已知的常規(guī)保護和脫保護。
式(S2)的化合物(其中F2是羥基)可以根據(jù)已知方法轉(zhuǎn)化成中間體化合物(S3a)，并且F3是合適的官能團，被保護的或潛在的用于后面轉(zhuǎn)化的基團?；蛘?，通過與各種酸的已知偶合化學(xué)方法，醛的還原胺化，與異氰酸酯反應(yīng)，和用氨基甲酰氯?；?S2)的化合物其中F2基團是氨基可以轉(zhuǎn)化成式(S3b-e)的化合物。類似地，通過在非質(zhì)子溶劑中用堿如碳酸鈉、碳酸鉀、碳酸銫、氫化鈉或氫氧化鈉的烷基化，與親電試劑反應(yīng)或與馬來酰亞胺的邁克爾加成反應(yīng)，式(S2)的化合物其中F2是巰基可以轉(zhuǎn)化成式(S3f-g)的化合物。此外，通過與各種胺進行偶合反應(yīng)，式(S2)的化合物其中F2是羧酸可以轉(zhuǎn)化為式(S3h)的化合物。

本領(lǐng)域技術(shù)人員將會認識到，將所需的連接官能團與式(S3)的化合物結(jié)合的上述例子不是想要包括全部的，而是用來提供通過已知方法實施式(S3)的已知化學(xué)反應(yīng)的例子。式(S3)的化合物轉(zhuǎn)化為式(S4)的化合物已經(jīng)詳細描述在2003年5月14日提交的美國專利申請序列號10/438,152和2003年5月13日提交的PCT/US/03/15193，。式(S4)的化合物其中F3是被保護的或未保護的官能團可被轉(zhuǎn)化為含有F5的化合物，其中F5是羥基、氨基、巰基、異氰酸酯、羰基二咪唑(CDI)、疊氮基和鹵素基團，其可以與所選擇的基質(zhì)(marixes)(或生物素(biotin))進一步偶合。反應(yīng)的例子表示在下面的流程中。
本領(lǐng)域技術(shù)人員將會認識到，將所需的連接官能團包含在式(I)化合物中的上述例子不是想指全部的，而是用來提供通過已知方法實施式(I)已知化學(xué)反應(yīng)的例子。
方法B式(I)的化合物可以根據(jù)方法B中概括的方法進行制備。
因此，式(S6)的化合物，其可根據(jù)2003年5月14日提交的美國專利申請序列號10/438,152和2003年5月13日提交的PCT/US/03/15193中所述那樣制備，通過已知方法例如用合適的親電試劑烷基化，通過與異氰酸酯反應(yīng)形成脲，或通過與氨基甲酰氯反應(yīng)形成氨基甲酸酯，轉(zhuǎn)化為式(S7)的化合物。這種轉(zhuǎn)化在下面的流程中進行舉例說明。式(S6)化合物的反應(yīng)通常得到兩種區(qū)域異構(gòu)體，這兩種區(qū)域異構(gòu)體可以通過硅膠柱色譜或反相柱色譜進行分離。
本領(lǐng)域技術(shù)人員將會認識到，將所需的連接官能團包含在式(S6)的化合物中的上述例子不是想指全部的，而是用來提供通過已知方法實施式(S7)的已知化學(xué)反應(yīng)的例子。
按此，式(S8)的化合物可通過示范性的已知方法轉(zhuǎn)化為式(I)的化合物。本領(lǐng)域技術(shù)人員將會認識到，將所需的連接官能團(J)包含在式(I)化合物中的上述例子不是想指全部的，而是用來提供通過已知方法實施式(I)已知化學(xué)反應(yīng)的例子。
方法C式(I)的化合物可以根據(jù)方法C中概括的方法進行制備。
按此，通過所述的已知方法如脫甲基化和還原硝基，式(S6)的化合物其中F1選自硝基、氨基、氰基、烷基羧酸酯、醛、羥甲基、鹵素或羥基，可轉(zhuǎn)化成式(S10)的化合物，其中F3選自氨基、羥基、羧基醛(carboxyaldehyde)、異氰酸酯、羧酸、羥基或巰基。
方法D式(I)的化合物可以根據(jù)方法D中概括的方法進行制備。
按此，式(S5)的化合物與生物素偶合得到式(I)的化合物。制備例子表示在下面的流程中。
方法E式(I)的化合物可以根據(jù)方法E中概括的方法進行制備。
凝膠劑或載體與生物分子偶合的一般化學(xué)反應(yīng)在下面的反應(yīng)流程中給出ReactiGel偶合化學(xué)反應(yīng) AminoLink偶合化學(xué)反應(yīng) SulfoLink偶合化學(xué)反應(yīng) CarboLinkTM偶合化學(xué)反應(yīng) UltraLinkTMDADPA偶合化學(xué)反應(yīng) CarboLinkTM酰肼偶合化學(xué)反應(yīng) UltraLinkTM馬來酰胺偶合化學(xué)反應(yīng)，其如下所示合成 E.實施例通過上述方法合成的本發(fā)明代表性化合物在下面給出。具體化合物的合成例子在其后給出。
在下表中， 用來表示與基質(zhì)結(jié)合的抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白，其中 表示蛋白抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白，以及 表示如在本文中所定義的基質(zhì)。


























下列實施例是用來舉例說明本發(fā)明化合物的各種合成方法，但是并不意味著以任何方式對本發(fā)明構(gòu)成限制。
縮寫在本說明書中使用的縮寫，特別是在隨后的實施例中，如下所示aq.＝含水的DCM＝二氯甲烷DMF＝N，N-二甲基甲酰胺DMSO＝二甲亞砜EtOAc＝乙酸乙酯HPLC＝高壓液相色譜LHMDS＝六甲基二硅烷基氨基鋰(Lithium hexamethyldisilylamide)MeOH＝甲醇TFA＝三氟乙酸THF＝四氫呋喃TLC＝薄層層析Tris＝三(羥甲基)氨基甲烷具體實施例下列實施例是用來舉例說明本發(fā)明化合物的各種合成方法，但是并不意味著以任何方式對本發(fā)明構(gòu)成限制。
實施例1(6-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-7-甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-(3-氟-苯基)-胺
將5，6-二甲氧基茚滿-1-酮化合物1a(25g，0.13mol)、LiCl(20g，0.47mol)在DMF(200mL)中的混合物在160℃下攪拌60h.加入水(400mL)，混合物用EtOAc洗滌。水層用2N HCl酸化，接著用EtOAc(2×300mL)萃取。有機層用鹽水洗滌，接著在真空中除去溶劑。將粗物質(zhì)進行提純(硅膠，DCM/MeOH，97/3)。在真空中除去溶劑，得到淺黃色固體形式的化合物1b。MS m/z 179(M+H)+。
化合物1b是一種已知化合物，其通過5，6-二甲氧基茚滿-1-酮使用KCN/DMSO在100℃下的脫甲基化制得。(J.M.Saa等，J.Org.Chem.1992，57，589)。
將化合物1b(5g，0.028mol)、1，2-二(2-氯乙氧基)乙烷(15.7g，0.084mol)和碳酸鉀(15.5g，0.11mol)在DMF(100mL)中的混合物在50℃下攪拌過夜。加入水(100mL)，混合物用EtOAc進行萃取。將有機相依次用水和鹽水洗滌，然后干燥(Na2SO4)。在真空中除去溶劑。將所得粗物質(zhì)提純(硅膠，柱色譜，CH2Cl2/MeOH，98/2)，得到淺褐色固體形式的化合物1c。MS m/z 329，331(M+H)+；1H NMR(CDCl3)δ2.63(m，2H)，2.98 9m，2H)，3.57-3.62(m，2H)，3.62-3.78(m，4H)，3.82(s，3H)，3.90(m，2H)，4.20(m，2H)，6.90(s，1H)，7.15(s，1H)。
將化合物1c(0.20g，0.0006mol)和疊氮化鈉(0.1g，0.0012mol)在DMF(4mL)中的混合物在60℃下加熱3d。加入水，所得混合物用EtOAc萃取。有機相依次用水和鹽水洗滌，干燥(Na2SO4)。將混合物在真空中進行濃縮，得到化合物1d。MS m/z 336(M+H)+。
在rt和攪拌下，向化合物1d(0.230g，0.0007mol)和3-氟-苯基異硫氰酸酯(化合物1e)(0.1mL，0.00083mol)在THF(3mL)中的混合物中滴加LiHMDS(0.082mL，0.00082mol)。攪拌過夜后，將肼(0.050mL，0.00166mol)和乙酸(0.075mL，0.00125mol)加入到反應(yīng)混合物中，然后將該混合物加熱至75℃2h。向該混合物中加入水(10mL)，接著含水混合物用CH2Cl2萃取。合并有機層，接著依次用NaHCO3水溶液、水和鹽水洗滌，然后干燥(Na2SO4)，接著在真空中除去溶劑。殘余物用反相HPLC(CH3CN/H2O)提純，得到TFA鹽形式的化合物1f.MS m/z469(M+H)+；1H NMR(DMSO-d6)δ3.35(m，4H)；3.60(m，6H)，3.75(m，2H)，3.80(s，3H)，4.21(m，2H)，6.50(t，1H)，6.94(d，1H)，7.08-7.12(m，4H)，8.75(brs，1H)。
將化合物1f(0.020g)和鈀/炭(0.013g)在MeOH(2.5mL)中的混合物在1atm的H2下，在rt和攪拌下氫化0.5h。過濾除去催化劑，所得濾液在真空中進行濃縮，得到標(biāo)題化合物，化合物1g。MS m/z 443(M+H)+。
實施例1a200mM NaHCO3緩沖偶合溶液，緩沖液A的制備將NaHCO3(1.68g，0.02mol)和NaCl(1.17g，0.02mol)溶于水(100mL)中，得到200mM的NaHCO3緩沖溶液。
實施例2固定在瓊脂糖凝膠上的(6-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-7-甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-(3-氟-苯基)-胺，化合物2
將在0.2mL MeOH中的化合物1g(0.020g，0.045mmol)、CDI活化的瓊脂糖凝膠(Pierce Reacti-Gel)和緩沖液A(3mL)的混合物在4℃下攪拌過夜。然后，該混合物用在緩沖液A中的羥乙胺(3mL，0.2M)淬滅，接著攪拌2h?；旌衔镉镁彌_液A(6x)洗滌，接著用水(6x)洗滌。使用HPLC分析以及1-茚滿醇作為內(nèi)標(biāo)，測得負載量為7μmol/mL每珠。
實施例3固定在瓊脂糖凝膠-GF2000上的(6-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-7-甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-(3-氟-苯基)-胺，化合物7 將在0.4mL MeOH中的化合物2(0.086g，0.18mmol)、瓊脂糖凝膠(Pierce CDI-活化的Trisacryl GF-2000)和緩沖液A(6mL)的混合物在4℃下攪拌過夜?；旌衔镉妙~外的緩沖液A洗滌，然后用0.2M羥乙胺(6mL)處理，接著攪拌2h。該凝膠用緩沖溶液(6x)充分洗滌，接著用水(3x)充分洗滌。使用HPLC分析以及1-茚滿醇作為內(nèi)標(biāo)，測得負載量為72μmol/mL每珠。
實施例4固定在Ciphergen蛋白PS-10芯片上的(6-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-7-甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-(3-氟-苯基)-胺，化合物6 向化合物2(0.02g，0.18mmol)在DMF(2mL)中的溶液中加入緩沖液A(2mL)。將混合物放在含Ciphergen PS10芯片(化合物4a)(100μL/孔)的8×12平臺上，接著將該平臺在rt下攪動3h。將芯片用緩沖液A(3x)洗滌，用Tris溶液(0.2mM)淬滅，然后用緩沖液A(6x)和水(3x)洗滌。
實施例5(7-{3-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-丙氧基}-6-乙氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-(3-乙氧基-苯基)-胺 使用干冰/異丙醇浴將化合物1a(19g，0.094mol)在200mL二氯甲烷中的溶液冷卻至-78℃。滴加BBr3在CH2Cl2中的溶液(200mL，0.2mol)。將所得溶液在-78℃下攪拌1h，此時將溫度溫?zé)嶂?℃并再攪拌1h。然后，將混合物冷卻回-78℃并用MeOH(50mL)淬滅。溶液在減壓下濃縮至干。將所得固體溶于MeOH(50mL)中，接著在減壓下再濃縮兩次更多次。所得紅色固體，化合物5a，在沒有進一步提純的情況下用于隨后的反應(yīng)中。MS m/z 165(M+H)+。
將化合物5a(2.0g，0.00122mol)、碳酸鉀(4.2g，0.0305mol)和乙基溴(0.911mL，0.0122mol)在DMF(20mL)中的混合物在rt下攪拌12h。反應(yīng)混合物用EtOAc稀釋，用水洗滌，接著干燥(MgSO4)，過濾，然后在真空中進行濃縮。殘余物用柱色譜提純(硅膠，3/1己烷/EtOAc)，得到化合物5b(5-乙氧基-6-羥基-茚滿-1-酮)。
將化合物5b(1.5g，0.0078mol)、1，2-二-(2-氯乙氧基)乙烷(8.76g，0.047mol)和碳酸鉀(2.15g，0.0156mol)在DMF(20mL)中的混合物在50℃下攪拌3d，接著加入水。混合物用EtOAc(2x)萃取。將合并的有機萃取液濃縮，在真空中除去1，2-二(2-氯乙氧基)乙烷，得到一殘余物，化合物5c，其在隨后的反應(yīng)中使用。MS m/z 343和345(M+H)+。
將化合物5c(2.15g，0.006mol)、疊氮化鈉(4.08g，0.063mol)在DMF(15mL)中的混合物加熱至60℃3d，接著加入水。含水混合物用EtOAc萃取，分離有機相，接著依次用水和鹽水洗滌，干燥(Na2SO4)，過濾并在減壓下濃縮，得到化合物5d。MS m/z 350(M+H)+。
在rt和攪拌下，向化合物5d(2.26g，0.0065mol)、3-乙氧基-苯基異硫氰酸酯(化合物5e)(1.09g，0.0065mol)在THF(25mL)中的溶液中滴加LHMDS(7.8mL，0.0078mol)。將反應(yīng)混合物攪拌過夜，然后加入乙酸(0.5mL，0.0125mol)和肼(0.4mL，0.0125mol)。將反應(yīng)混合物在75℃加熱5h，然后倒入到NaHCO3水溶液(10mL)中，接著用EtOAc萃取。合并有機層，接著依次用NaHCO3水溶液、水和鹽水洗滌，然后干燥(Na2SO4)，接著過濾。濾液在真空中進行濃縮。殘余物用反相HPLC提純，得到標(biāo)題化合物，TFA鹽形式的化合物5f.MS m/z483(M+H)+；1H NMR(DMSO-d6)δ1.31-1.35(m，6H)，2.97-2.99(m，2H)，3.49(s，2H)，3.59-3.65(m，4H)，3.66-3.67(m，2H)，3.77-3.79(m，2H)，3.95-3.99(m，2H)，4.04-4.08(m，2H)，6.43-4.45(m，2H)，6.71-6.75雙峰和單峰；7.13-7.16(t，1H)，7.22(s，1H)，7.27(1H)，7.90(br.s，2H).
實施例6固定在Ciphergen蛋白PS-10芯片上的(7-{3-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-丙氧基}-6-乙氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-(3-乙氧基-苯基)-胺，化合物3
將化合物5f(0.0022g，0.0037mmol)、DMF(0.3mL)和緩沖液A(0.3mL)的混合物加入到含Ciphergen PS10芯片(35μL/孔)的8×12平臺上，接著將該平臺在rt下攪動4h。該芯片條用緩沖液A(3x)洗滌，然后用50μL羥乙胺(80μL)在NaHCO3緩沖溶液(0.8mL)中的溶液淬滅1h，然后用緩沖液A(3x)和水(5x)洗滌。
實施例7(3-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-苯基)-(6，7-二甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-胺
將3-硝基酚(化合物7a)(1.51g，0.011mol)、1，2-二(2-氯乙氧基)乙烷(7.26g，0.039mol)和碳酸鉀(3.60g，0.026mol)在DMF(100mL)中的混合物在50℃下攪拌過夜。將反應(yīng)混合物倒入到水(100mL)中，然后用EtOAc萃取，依次用水(3x)和鹽水洗滌，接著干燥(Na2SO4)并過濾。濾液在真空中進行濃縮。蒸餾除去過量1，2-二(2-氯乙氧基)乙烷(在0.1mmHg下槽溫至多95℃)，得到化合物7b。1H NMR(CDCl3)δ3.6-3.8(m，8H)，3.78-3.8(m，2H)，4.2(m，2H)，7.25(m，1H)，7.4(m，1H)，7.78(m，1H)，7.9(d，1H)。
將化合物7b(2g，0.0069mol)和阮內(nèi)鎳(1g)在MeOH(20mL)中的混合物在65℃加熱，接著在10分鐘內(nèi)滴加肼(0.2mL)。再繼續(xù)加熱10分鐘。濾出催化劑，溶液在真空中進行濃縮，得到化合物7c。MS m/z260和262(M+H)+；1H NMR(CDCl3)δ3.6-3.8(m，10H)，4.02-4.1(m，2H)，6.2-6.32(m，3H)，7-7.07(t，1H)。
硫光氣(0.65g，0.0056mol)和水(5mL)的混合物在0℃下攪拌，接著滴加化合物7c(0.5g，0.0019mol)在氯仿(5mL)中的溶液。將所得混合物攪拌1h，分離有機層，接著用水和鹽水洗滌。將有機相干燥，在真空中進行濃縮，得到化合物7d。MS m/z 302(M+H)+。
在rt和攪拌下，向化合物1a(0.7g，0.0036mol)和化合物7d(1.30g，0.004mol)在THF(5mL)中的溶液中滴加在THF中的LHMDS(1M)(3.75mL，0.00375mol)。將反應(yīng)混合物攪拌過夜，然后向該反應(yīng)混合物中加入肼(0.12mL，0.00375mol)和乙酸(o.264mL，0.0044mol)。然后，將反應(yīng)混合物在75℃加熱2h。首先向所得混合物中加入水(10mL)，接著用CH2Cl2萃取。合并有機層，接著依次用NaHCO3水溶液、水和鹽水洗滌。然后，有機相干燥(Na2SO4)，過濾，并在真空中進行濃縮。殘余物用反相HPLC提純，得到灰白色粉末形式的化合物7e。MSm/z 474，466(M+H)+。
將化合物7e(0.90g，0.0019mol)和疊氮化鈉(1.23g，0.019mol)在DMF(10mL)中的混合物在55℃下加熱3d。將反應(yīng)混合物倒入水中，然后用EtOAc萃取。有機萃取液用水和鹽水洗滌，干燥(Na2SO4)，過濾并在真空中進行濃縮，得到化合物7f。MS m/z 481(M+H)+。
將化合物7f(0.042g，0.09mmol)和鈀/炭(0.010g)在MeOH(5mL)中的混合物在1atm的H2下，在rt和攪拌下氫化2h。過濾除去催化劑，將濾液濃縮，得到標(biāo)題化合物，化合物7g。MS m/z 455(M+H)+。
實施例8固定在Ciphergen蛋白PS-10芯片上的(3-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-苯基)-(6，7-二甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基)-胺，化合物5 將在DMF(0.3mL)中的化合物7f(0.042g，0.09mmol)和緩沖液A(0.3mL)的混合物加入到含Ciphergen PS10芯片(35μL/孔)的8×12平臺上，接著將該芯片平臺在rt下攪動4h。該芯片條用緩沖溶液(3x)洗滌，然后用50μL乙醇胺溶液(80μL在0.8mL緩沖液A中的溶液)淬滅1h。帶化合物5的芯片用緩沖溶液(3x)和水(5x)洗滌。
實施例9(1-{2-[2-氨基-乙氧基)乙氧基]-乙基}-6，7-二甲氧基-1，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑)-(3-氟-苯基)-胺和(2-{2-[2-氨基-乙氧基)乙氧基]-乙基}-6，7-二甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑)-(3-氟-苯基)-胺
在rt和攪拌下，將在THF(3mL)中的化合物1a(3.0g，0.0154mol)和化合物1e(2.4g，0.0157mol)滴加到LHMDS(15.4mL，0.0154mol)中。將混合物攪拌12h，此時加入肼(0.75mL，0.0154mol)和乙酸(0.96mL)。將混合物在回流下加熱24h，然后加入到水(30mL)中并用CH2Cl2萃取。合并有機層，接著依次用NaHCO3水溶液、水，鹽水洗滌，然后干燥(Na2SO4)，過濾并在真空中進行濃縮。將殘余物溶于熱CH3CN中，加入一當(dāng)量的HCl醚合物，得到一沉淀。將該沉淀溶于CH3CN中，用活性炭脫色，重結(jié)晶，收集并在真空中在rt下干燥，得到灰白色固體形式的化合物9a。MS m/z 326(M+H)+；1H NMR(DMSO-d6)δ3.44(s，2H)，3.80(s，3H)，3.81(s，3H)，6.58(t，1H)，6.85(d，1H)，7.1(d，1H)，7.21(s，1H)，7.23(s，1H)，7.3(m，1H)，9.2(brs，1H).
將化合物9a(1.4g，0.0038mol)、1，2-二(2-氯乙氧基)乙烷(8.8g，0.047mol)和碳酸銫(6g，0.018mol)在DMF(30mL)中的混合物在rt下攪拌2d.加入水(100mL)，水相用EtOAc萃取.將有機相用水洗滌，干燥(Na2SO4)，過濾并在真空中進行濃縮。殘余物用Gilson HPLC反相色譜(CH3CN/含TFA(0.1％)的H2O)純化，得到兩種異構(gòu)體(化合物9b和9c)的混合物。進行小規(guī)模提純以分離用于鑒定的化合物9b和9c。MSm/z 475(M+H)+；化合物9b1H NMR(DMSO-d6)δ3.41-3.58(m，10H)，3.8(s，3H)，3.97(s，3H)，3.90(m，2H)，6.5(t，1H)，7.02(d，1H)，7.15(d of d，1H)，7.16(s，1H)，7.3(s，1H)，7.35(d，1H)；化合物9c1H NMR(DMSO-d6)δ3.3(s，2H)，3.45(m，4H)，3.6(m，4H)，3.75-3.8(two s，6H和m，2H)，4.15(t，2H)，6.5(m，1H)，6.55(m，1H)，6.65(m，1H)，7.1(s，1H)，7.15(s，1H)，7.2(m，1H)，8.2(s，NH)。該結(jié)構(gòu)由異多鍵相關(guān)性(HMBC)實驗確定。化合物9b和9c的混合物用于隨后的反應(yīng)。
將化合物9b和9c(0.32g，0.68mmol)和疊氮化鈉(0.045g，6.8mmol)在DMF(25mL)中的混合物在60℃下加熱2d。向混合物中加入水，然后混合物用EtOAc萃取。合并的有機萃取液用水和鹽水洗滌。將有機相干燥(Na2SO4)，過濾，接著在真空中進行濃縮，得到化合物9d和9e，是兩種異構(gòu)體的混合物。MS m/z 483(M+H)+。
將化合物9d和9e(0.04g，0.002mmol)和鈀/炭(0.012g)在MeOH(5mL)中的混合物在H2大氣壓(1atm)下，在rt和攪拌下氫化2h。除去催化劑，濾液濃縮，得到化合物9f和9g。MS m/z 457(M+H)+。
實施例10固定在Ciphergen PS 10上的(1-{2-[2-氨基-乙氧基)乙氧基]-乙基}-6，7-二甲氧基-1，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑)-(3-氟-苯基)-胺和(2-{2-[2-氨基-乙氧基)乙氧基]-乙基}-6，7-二甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑)-(3-氟-苯基)-胺，化合物4 化合物4(異構(gòu)體的混合物)將在DMF(0.3mL)中的化合物9f和化合物9g(0.040g，0.09mmol)和緩沖溶液(0.3mL)的混合物加入到含Ciphergen PS10芯片(35μL/孔)的8×12平臺上，接著將該芯片平臺在rt下攪動4h。該芯片條用緩沖溶液(3x)洗滌，然后用50μL羥乙胺溶液(80μL在0.8mLNaHCO3緩沖溶液)中的溶液淬滅1h，然后用緩沖溶液(3x)和水(5x)洗滌，得到化合物4。
實施例113-(6，7-二甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-3-基氨基)-N-{-2-[2-(-{2-[5-(2-氧代-二氫-噻吩并[3，4-d]咪唑-4-基)-戊?；鵠-乙氧基}-乙氧基)-羥乙基]-乙基}-苯甲酰胺，化合物1 在氬氣下，向燒瓶中加入化合物1a(0.30g，1.51mmol)、異硫氰酸酯化合物11a(0.30g，1.54mmol)、1.5mL THF和1.54mL(1.54mmol，1.0M)LHMDS。將反應(yīng)混合物攪拌5分鐘，然后加入冰乙酸(0.095mL，1.665mmol)和水合肼(0.079mL，1.54mmol)。將反應(yīng)混合物在70℃加熱16h，然后加入1mL水，溶液通過Varian Cartridge Elut1003過濾。柱體用8.5mL二氯甲烷洗滌，接著將洗脫液蒸發(fā)。殘余物用反相色譜提純，得到0.10g以TFA鹽形式存在的化合物11b。
在氬氣下，向燒瓶中加入0.16g(0.33mmol)化合物11b、THF(4.5mL)、1mL H2O和0.043g(1.0mmol)氫氧化鋰一水合物。將反應(yīng)混合物在rt下攪拌2d。蒸除溶劑，加入水和1/2滴TFA，樣品用反相色譜提純，得到0.06g TFA鹽形式的化合物11c。
化合物11c(20mg，0.043mmol)、化合物11d(34mg，0.09mmol)(生物素-PEO-LC-胺(5-(2-氧代-六氫-噻吩并[3，4-d]咪唑-4-基)-戊酸(2-{2-[2-(2-氨基-乙氧基)-乙氧基]-乙氧基}-乙基)-酰胺，來自Pierce)、EDC(15.5mg，0.09mmol)、HOBt(11mg，0.09mmol)和DIEA(0.016mL，0.09mmol)在最小體積的DMF中一起攪拌。將反應(yīng)在rt下攪拌過夜，然后用水淬滅并用EtOAc萃取。將有機相分離，干燥(Na2SO4)，過濾并在真空中進行濃縮。殘余物用反相HPLC提純，得到化合物1。MS m/z 752(M+H)+；1H NMR(CDCl3)在60℃下δ1.5(m，2H)，1.72(m，4H)，2.11(t，2H)，2.85(dd，2H)，3.10(q，1H)，3.30(m，2H)，3.67(m，16H)，3.91(s，3H)，3.93(s，3H)，4.30(m，1H)，4.55(m，1H)，7.07(s，1H)，7.30(m，2H)，7.52(t，1H)，7.69(m，2H)，9.44(s，1H)。
實施例12固定在鏈霉抗生物素蛋白涂敷的Ciphergen PS20芯片上的N-[2-(2-{2-[3-(3-氟-苯基氨基)-7-甲氧基-2，4-二氫-茚并[1，2-c]吡唑-6-基氧基]-乙氧基}-乙氧基)-乙基]-N′-{3-[2-(2-{3-[5-(2-氧代-六氫-噻吩并[3，4-d]咪唑-6-基)-戊?；被鵠-丙氧基}-乙氧基)-乙氧基]-丙基}-琥珀酰胺，化合物124
化合物1g(0.051g，0.109mmol)和130mg TFP-PEO生物素(從Pierce獲得)在1mL DMF和0.1mL DIEA中的混合物在室溫下攪拌過夜。然后，混合物用CH3CN和H2O(1∶1)稀釋，接著將其冷凍干燥。得到的粗品用Gilson C-18反相柱色譜提純，使用含0.1％TFA的CH3CN-H2O進行洗脫。收集所需級分，冷凍干燥，得到TFA鹽形式的無色固體。MS m/z 972(M+H)+。
將獲得的化合物溶于DMF中并與Ciphergen PS20-鏈霉抗生物素蛋白芯片一起在室溫下進行培養(yǎng)。該芯片用DMF和蒸餾水洗滌，然后風(fēng)干，得到化合物124。
2.生物學(xué)應(yīng)用2.A生物學(xué)相關(guān)靶標(biāo)的識別在此所使用的″式1化合物的核心結(jié)構(gòu)″(也稱為″式1化合物的核心結(jié)構(gòu)化合物″)是指式1化合物中負責(zé)與生物分子相互作用的部分。在此所使用的″式1化合物的前體化合物″(也稱為″前體化合物″)是指這樣的化合物，它除了不含基質(zhì)并因此不被固定外，其它方面與式1化合物相同。通過本領(lǐng)域已知的方法，包括在美國專利申請序列號10/438,152和PCT/US/03/15193中公開的方法，本領(lǐng)域技術(shù)人員將能夠合成式1化合物的前體化合物或核心結(jié)構(gòu)。
本發(fā)明進一步包括對式1化合物生物學(xué)相關(guān)的靶標(biāo)進行識別的方法。一方面，本發(fā)明提供一種識別與式1化合物結(jié)合的生物分子的方法，包括步驟(1)將試樣與式1化合物在試樣內(nèi)的生物分子可以與所述化合物結(jié)合的條件下接觸，其中所述的生物分子通過與所述化合物結(jié)合而固定于基質(zhì)；(2)從所述的基質(zhì)中釋放出結(jié)合的生物分子；以及(3)表征該釋放的生物分子。
另一方面，本發(fā)明提供識別與式1化合物的前體化合物結(jié)合的生物分子的方法，包括步驟(1)將試樣與式1的前體化合物在試樣內(nèi)的生物分子可以與所述前體化合物結(jié)合的條件下接觸；(2)將該前體化合物被固定于基質(zhì)以形成式1化合物，其中所述的生物分子通過與該化合物結(jié)合而被固定于基質(zhì)；(3)從所述的基質(zhì)中釋放出結(jié)合的生物分子；以及(4)表征該釋放的生物分子。
在此所使用的術(shù)語″生物分子″是指可在活體(如細胞)中發(fā)現(xiàn)的任何大分子?！迳锓肿印宓睦影?，但不局限于，脂質(zhì)、碳水化合物、多肽和多聚核苷酸。
脂質(zhì)主要是烴結(jié)構(gòu)。它們在水中的溶解度很差，并且在細胞中用作各種膜結(jié)構(gòu)的主要組分。脂質(zhì)還以適宜、緊密的方式儲存化學(xué)能。脂質(zhì)的例子包括，但不局限于，飽和或不飽和脂肪酸、甾體、前列腺素、萜烷、蠟類、三酰甘油酯和磷脂。
碳水化合物同樣主要是烴結(jié)構(gòu)，但是它們還含有許多極性羥基(-OH)，因此它們可溶于水。最常見的碳水化合物是簡單的六碳(己糖)和五碳(戊糖)糖。碳水化合物也包括多糖和由許多小的、環(huán)狀糖單體通過糖苷鍵以線性或支鏈排列形式相互連接組成的大碳水化合物分子。多糖的例子包括，但不局限于，糖原、纖維素或淀粉。在細胞中，多糖經(jīng)常形成貯藏粒，這些貯藏?？梢院苋菀椎胤纸鉃樗鼈兊慕M分糖。多糖也作為細胞壁的主要組分。
多肽是至少兩種氨基酸通過肽鍵結(jié)合在一起的線性聚合物。多肽的例子包括短鏈肽，在本領(lǐng)域中其通常也稱為，例如，肽、寡肽和寡聚物，和長鏈肽，在本領(lǐng)域中其通常稱為蛋白，其中存在許多類型。多肽的例子還包括修飾多肽。修飾可以在多肽的任何地方發(fā)生，包括肽骨架、氨基酸側(cè)鏈和氨基或羧基末端。若干常見的對多肽的修飾，例如糖基化、脂質(zhì)連接、硫酸鹽化、谷氨酸殘基的γ-羧化、羥基化和ADP-核糖基化，描述在許多基礎(chǔ)課本中，包括PROTEINS--STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES，2nd Ed.，T.E.Creighton，W.H.Freeman and Company，New York(1993).在這個課題上的許多詳盡綜述也是可得到的，例如由Wold，F(xiàn).，PosttranslationalProtein ModificationsPerspectiyes and Prospects，第1-12頁在POSTTRANSLATIONAL COVALENT MODIFICATION OFPROTEINS中，B.C.Johnson，Ed.，Academic Press，New York(1983)；Seifter等(1990)，Meth.Enzymol.182，626-646；以及Rattan等，″ProteinSynthesisPosttranslational Modifications and Aging″，(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.663，48-62所提供的那些。
蛋白質(zhì)是細胞中最復(fù)雜的大分子。許多蛋白質(zhì)由兩種或多種通過非共價力結(jié)合在一起的多肽組成。一些蛋白質(zhì)具有結(jié)構(gòu)性作用，例如在膜結(jié)構(gòu)中與脂質(zhì)相互作用或成為細胞骨架的一部分，該細胞骨架使細胞產(chǎn)生其形狀。其它蛋白質(zhì)是肌肉或結(jié)締組織的主要組分。還有，一種主要類型的蛋白質(zhì)被稱為酶，其起催化劑的作用，指導(dǎo)和促進生化反應(yīng)。細胞經(jīng)常含有上千種不同類型的酶。
多聚核苷酸是一種含有至少2個通過磷酸二酯鍵(5′-3′)連接的核苷酸的鏈結(jié)構(gòu)，并且可以包含核糖核苷酸和/或脫氧核糖核苷酸。多聚核苷酸的例子包括脫氧核糖核酸(DNA)分子和核糖核酸(RNA)分子，所述的核糖核酸(RNA)分子包括但不限于，信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)和轉(zhuǎn)移RNA(tRNA)。多聚核苷酸的例子還包括短鏈低聚核苷酸，例如小干擾RNA(SiRNA)。DNA含有遺傳信息。不同類型的RNA分子起不同的作用。例如，在蛋白質(zhì)合成期間，mRNA將遺傳信息從DNA傳遞到蛋白質(zhì)，rRNA在發(fā)生蛋白質(zhì)合成的核糖體中發(fā)現(xiàn)，以及tRNA將特異性氨基酸轉(zhuǎn)運到核糖體，在那里它們連接成多肽。低聚核苷酸也可以在細胞中起重要作用。例如，SiRNA與RNA誘導(dǎo)的沉默絡(luò)合物(RISC)結(jié)合，可導(dǎo)致同源性mRNA序列裂解，由此特異性地抑制蛋白質(zhì)合成。
在此所使用的″試樣″是指含有或由一種或多種未知的或目的是結(jié)合式1化合物或其衍生物的生物分子組成的樣品。測試樣品可以是一種分析、監(jiān)測或觀察目標(biāo)的測試生物樣品。這種樣品可以是從受試對象中分離得到的細胞或生物液體。所述的受試對象可以是真核生物，如動物、植物、蠕蟲或酵母細胞。優(yōu)選地，所述的受試對象是哺乳動物，如大鼠、小鼠、猴或人，它們是治療、觀察或?qū)嶒灥膶ο?。測試生物樣品的實例包括，例如，唾液、血液、血細胞(例如，白血球)、羊水、血漿、精液、骨髓、組織或細針活組織檢查樣品、尿、腹膜液、胸膜液和細胞培養(yǎng)物。測試生物樣品還可以包括部分組織如作為組織學(xué)研究的冷凍部分。在優(yōu)選實施方案中，所述的測試樣品是″臨床樣品″，它是一種來源于人類患者的樣品。
測試樣品可以是合成或天然生物分子庫。例如，它可以是總的細胞或組織勻漿或溶胞產(chǎn)物、由隨機化低聚核苷酸表達產(chǎn)生的重組蛋白質(zhì)產(chǎn)物、合成肽庫或它們的組合。所述的測試樣品可以是來自肽或cDNA噬菌體庫的噬菌體顆粒。對于某些類型的生物分子，可以對該測試樣品進行富集，如蛋白的免疫沉淀。該測試樣品還可以含有分離或提純的生物分子。
如在此所使用的，在″與化合物結(jié)合的生物分子″中使用的″結(jié)合″是指在生物分子和化合物間形成緊密的分子間相互作用，從而使它們形成絡(luò)合物。這種相互作用可以是共價的，即，在所述的生物分子和所述化合物之間形成了共價鍵。所述的相互作用還可以是非共價的，即，所述的生物分子和所述化合物可以通過一種或多種非共價相互作用形成絡(luò)合物，例如范德瓦爾斯力、離子相互作用或氫鍵合。
生物分子可以與式1化合物的核心結(jié)構(gòu)相結(jié)合，不管該化合物是否已經(jīng)固定。例如，生物分子可以與式1的固定化合物以及不固定的式1化合物的前體化合物結(jié)合。
在一種實施方案中，通過將測試樣品與固定的式1化合物接觸以便使該固定的化合物與生物分子發(fā)生相互作用，與式1化合物結(jié)合的生物分子可以被從測試樣品中分離出來。所述的生物分子通過與所述的化合物相結(jié)合而被固定。然后，通過與用于固定的基質(zhì)的性能相一致的方法，可以將其從所述的測試樣品中分離出來。
在另一種實施方案中，通過首先將該測試樣品與式1化合物的前體化合物相接觸，使所述的生物分子與所述的前體化合物相結(jié)合；然后該前體化合物在有或者沒有結(jié)合的生物分子的情況下固定到基質(zhì)上，與式1化合物結(jié)合的生物分子可以被從測試樣品中分離出來。然后，通過與用于固定的基質(zhì)的性能相一致的方法，所述的生物分子可以被從所述的測試樣品中分離出來。
在此所使用的術(shù)語″基質(zhì)″是指載體，該載體是不溶性的、官能化的聚合材料，該聚合材料可以與式1化合物的前體化合物附著以形成式1的化合物，使得式1的化合物很容易地從過量試劑、可溶性反應(yīng)副產(chǎn)品或溶劑中分離出來。在本發(fā)明中適合于作為基質(zhì)的材料包括凝膠(例如糊精或瓊脂糖)、纖維素、玻璃、塑料(例如聚乙烯、聚丙烯、聚苯乙烯、聚酰胺、聚酯等)、珠(例如磁性的、塑料的、凝膠)和板材(金屬、塑料、蛋白芯片)。
在本發(fā)明中可以使用市場上可買到的基質(zhì)。例如，可以使用PierceBiotechnology，Inc.的AminoLink偶合凝膠和SulfoLink偶合凝膠。這些是交聯(lián)的珠粒瓊脂糖載體，它們分別對伯胺和巰基是活性的。還可以使用Pierce Biotechnology，Inc.的UltraLinkTM基質(zhì)。它們是珠粒的含有二-丙烯胺/二氫唑酮共聚物的生物載體，其中在所述的珠粒上可以存在各種官能團。這樣的基質(zhì)的實例包括UltraLinkTMDADPA(二氨基二丙基胺)；UltraLinkTM碘乙?；d體(用優(yōu)先與巰基反應(yīng)的末端碘乙酰基活化的載體)；以及CarboLinkTM偶合凝膠和UltraLinkTM酰肼凝膠(珠粒瓊脂糖衍生化以獲得末端酰肼基團)。還可以使用PierceBiotechnology，Inc.的其它類型的基質(zhì)，例如PharmaLinkTM凝膠，以及Reacti-GelCDI載體(來自Pierce Biotechnology，Inc.)、對含有氨基官能團的靶分子有活性的交聯(lián)珠粒瓊脂糖載體(在下文中稱為″GF2000″)。此外，在本發(fā)明中，Ciphergen Biosystems，Inc.的ProteinChip排列也可被用作基質(zhì)。該蛋白芯片包括PS10和PS20，在此稱為″PS10或PS20″。它們是點排列的，其具有可與式1化合物或其前體的J1共價連接的官能團如CDI(羰基二咪唑，PS10)或環(huán)氧基(PS20)活化的表面。
本領(lǐng)域技術(shù)人員將會知道，通過選擇具有所需官能度的基質(zhì)載體，可以使用各種化學(xué)方法通過J1或-X-J3將基質(zhì)與K與式1化合物的前體化合物連接，以形成式1化合物，其中J1或J3如上文所定義，以及X是特異性結(jié)合對。前體化合物的固定必須存在于不會阻礙該核心結(jié)構(gòu)的生物學(xué)重要功能的連結(jié)點處。
連接所述的基質(zhì)以形成式1化合物的優(yōu)選方法，式中L4是-M-K-J1-基質(zhì)或L5是-M1-K-J1-基質(zhì)，是在K和所述的基質(zhì)之間生成共價鍵。連接基團的J1部分是官能化的基質(zhì)與K末端上存在的官能團的反應(yīng)產(chǎn)物，其中M、K或J1如上文所定義。
連接所述的基質(zhì)以形成式1化合物的另一種優(yōu)選方法，式中L4是-M-K-J3-X-基質(zhì)或L5是-M1-K-J3-X-基質(zhì)，是在X成員之間形成非共價相互作用，其中M、M1、K或J3如上文所定義，以及X是特異性結(jié)合對。
″特異性結(jié)合對″在此定義為彼此具有高親和性的分子對，其導(dǎo)致發(fā)生幾乎不可逆的結(jié)合。例如，所述的特異性結(jié)合對(X)可以由生物素(或生物素的化學(xué)衍生物，例如亞氨基生物素)及其互補蛋白如抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白(Streptomyces avidinii))組成。抗生物素蛋白是蛋白衍生出的對于生物素具有非常高的親和性(親合性常數(shù)＞1015M- 1)的糖蛋白。鏈霉抗生物素蛋白和NeutrAvidinTM具有與抗生物素蛋白類似的性能，但具有較低的生物素親和性。雖然鏈霉抗生物素蛋白和NeutrAvidinTM比抗生物素蛋白不穩(wěn)定，但在大多數(shù)應(yīng)用中，鏈霉抗生物素蛋白、NeutrAvidinTM和抗生物素蛋白是可互換的。
連接基團的J3部分如上所述被化學(xué)衍生為J1。其它步驟包括生物素等與J3使用生物素化試劑如EZ-LinkTM(來自Pierce Biotechnology，Inc.)進行共價連接。與基質(zhì)共價結(jié)合的互補結(jié)合部分、抗生物素蛋白、鏈霉抗生物素蛋白或NeutrAvidinTM可以市購(例如PierceBiotechnology，Inc.的ImmunoPure固定的抗生物素蛋白凝膠，ImmunoPure固定的鏈霉抗生物素蛋白凝膠或MagnaBindTM珠)。
固定前體化合物的其它方法包括疏水性相互作用、磁性相互作用或極性相互作用。例如，磁性珠粒(例如能夠被磁化的珠粒如鐵磁性珠粒)可以被吸引到磁性載體上，并且可以通過除去磁場而從載體上釋放?；蛘?，所述的珠?？梢匝b備有可分別與載體上的離子或疏水性部分結(jié)合的離子或疏水性部分。
使人感興趣的生物分子通過與式1化合物結(jié)合固定到基質(zhì)上后，本發(fā)明的方法包括將該基質(zhì)用合適的緩沖液洗滌以除去測試樣品中存在的非特異性結(jié)合的后生物的步驟。適合于除去非特異性結(jié)合后生物而不是除去使人感興趣的生物分子的緩沖液可以通過常規(guī)實驗進行選擇，例如通過改變該緩沖液的pH值或離子強度。
與固定的式1化合物結(jié)合的生物分子可以通過生物學(xué)分離和檢測的各種方法進行識別，這些方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。例如，該結(jié)合的生物分子首先可以從基質(zhì)中釋放出來，然后進行分離和表征。
許多方法可以用于將結(jié)合的生物分子從基質(zhì)中釋放出來。在一種實施方案中，通過將連接前體化合物與基質(zhì)的二硫鍵斷開(下文的實施例1)，結(jié)合的生物分子與式1化合物的前體化合物就一起可以從基質(zhì)中洗脫出來。在另一種實施方案中，通過使用過量式1的核心結(jié)構(gòu)化合物，非共價結(jié)合生物分子可以從固定的式1化合物中被置換(下文的實施例2)。在還有另一種實施方案中，當(dāng)式1的前體化合物通過生物素及其互補蛋白的特異性結(jié)合對被固定到基質(zhì)上時，通過使用過量的生物素，結(jié)合的生物分子與式1化合物的前體化合物就一起可以從基質(zhì)中被置換(下文的實施例3)。在一個特別的實施方案中，當(dāng)Ciphergen蛋白芯片被用作基質(zhì)時，通過加入一種能量吸收分子(EAM)到該芯片的表面，接著用氮激光激發(fā)，可以從該芯片中釋放出所述的生物分子。
通過生物分子分離和識別領(lǐng)域中已知的方法，可以對釋放出的生物分子進行進一步的提純和表征。例如，首先，它可以用合適的濃縮設(shè)備如膜基濃縮器進行濃縮。所述的生物分子可以進行其它分析例如聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)，參見Laemmli，UK，Nature，227，680(1970)，基質(zhì)輔助激光解吸/電離-飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF)或色譜分離，參見Ion exchange chromatography，Protein Purification，Principles，High resolution methods and applications，Ryden，L.(Eds)VCH，Publishers Inc.New York.(1989)。
分離后，可以進一步識別該使人感興趣的生物分子。例如，多肽生物分子可以用胰蛋白酶或另一種蛋白水解酶如胞內(nèi)蛋白酶Lys-C或裂解方式已知的S.aureus V8蛋白酶進行消化。然后，經(jīng)消化的蛋白用質(zhì)譜(MS)進行分析，以獲得胰蛋白酶(或其它酶)的肽的質(zhì)量。這些質(zhì)量可以與消化蛋白的已知肽質(zhì)量相比，使用蛋白識別數(shù)據(jù)庫，例如，ProFound、Matrix Science Mascot、ProteinProspector和MOWSE。對于任何這些數(shù)據(jù)庫，所述的肽質(zhì)量與檢索的限制一起進入，包括被用來消化的酶、物種、蛋白大小和測量誤差。結(jié)果將以可能與基于已知蛋白消化的蛋白同一性相匹配的形式給出。每一識別還將給出概率得分，這樣使用者可以確定它是否是有效的識別或是隨機的匹配。Z分數(shù)小于2被認為是隨機的，而Z分數(shù)大于2.6時準(zhǔn)確的概率大于95％。
由于通過蛋白識別數(shù)據(jù)庫獲得的識別是基于肽片段與已知蛋白的碎裂模式的概率匹配，因此優(yōu)選進行證實。為達到這一目的，由酶消化生成的若干肽可以用串聯(lián)質(zhì)譜進行進一步分析。使用此項技術(shù)，所述的肽同惰性氣體相撞以產(chǎn)生隨機的氨基酸片段，從其中可以測得氨基酸質(zhì)量。這些質(zhì)量可以與數(shù)據(jù)庫相比以得到基于每一肽的氨基酸序列的識別。Matrix Science Mascot是用于此種分析的數(shù)據(jù)庫的一個實例。如果超過2種分析肽產(chǎn)生與相同蛋白匹配的序列，那么該識別即被證實。通過這種方法進行的證實需要更先進的設(shè)備以及額外的時間和金錢，因此它不可能在每種情況下都做。
或者，分離后的多肽可以進行N-末端測序。該測序數(shù)據(jù)可以與數(shù)據(jù)庫中的蛋白使用標(biāo)準(zhǔn)方法如Blast檢索相比，以識別所述的多肽。類似地，當(dāng)所述的生物分子是DNA時，可以進行序列分析。通過測序數(shù)據(jù)與DNA數(shù)據(jù)庫進行比較，可以研究DNA分子的同一性。
在一個特別的實施方案中，噬菌體顯示技術(shù)可用于識別那些與式1化合物結(jié)合的多肽。固定的式1化合物被用來從肽噬菌體庫中吸附噬菌體顆粒。所述方法包括本領(lǐng)域技術(shù)人員可以進行的若干步驟。例如參見，Rodi等，″Identifying of small molecule binding sites withinproteins using phage display technology，″Combinatorial Chemistry andHigh Throughput Screening(2001)，4(7)，553-572。
所述的噬菌體庫如此構(gòu)成，使得通過將哺乳動物的cDNAs插入到噬菌體表面蛋白基因的編碼區(qū)中，個別的噬菌體顆粒即顯示出哺乳動物編碼多肽的碎片。當(dāng)從基質(zhì)中釋放時，與固定的式1化合物結(jié)合的噬菌體顆粒被分離出來。隨后，將它們用于感染大腸桿菌細胞以生成更多的噬菌體顆粒，其用于下一輪分析。經(jīng)過若干輪的淘選和噬菌體擴增后，富集與式1化合物結(jié)合的具有高度親和性的噬菌體顆粒。將這些噬菌體進行DNA序列分析以測定哺乳動物cDNA的序列，其編碼相應(yīng)與式1化合物結(jié)合的多肽。將此序列與DNA序列數(shù)據(jù)庫進行比較以識別與化合物相互作用的蛋白。例如，Rodi，D.J.等，″Screening of alibrary of phage-displayed peptides identifies human bcl-2 as a taxol-binding protein，″JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 1999，285(1)，197-203披露了利用生物素化的紫杉醇，通過噬菌體顯示技術(shù)以發(fā)現(xiàn)新的結(jié)合蛋白。一些噬菌體顯示庫和系統(tǒng)可以市購。例如，一種如上所述的系統(tǒng)購自Novagen并被稱為T7選擇系統(tǒng)(編號70018)。此外，許多噬菌體顯示庫還可以從Novagen處獲得，例如人類結(jié)腸腫瘤噬菌體顯示T7選擇庫，編號70645。
一旦使人感興趣的化合物的潛在生物學(xué)靶標(biāo)被識別，通過使用功能性分析測試該化合物與生物學(xué)靶標(biāo)間的相互作用，可以研究該化合物的生物學(xué)相關(guān)的功能。所述的分析優(yōu)選包括在存在或不存在式1化合物、或其前體或核心化合物的情況下比較生物分子的生物學(xué)活性。
選擇合適的分析將取決于所識別蛋白的主旨生物學(xué)功能。該分析的實例是，但不局限于，激酶分析，如果識別蛋白的主旨功能是進行底物蛋白的磷酸化反應(yīng)。
另一實例是，但不局限于，在提純蛋白的存在下、在ELISA分析中前體化合物的體外試驗，以研究所述的前體化合物是否對結(jié)合產(chǎn)生影響，或者研究識別蛋白與其主旨相互作用的生物分子之間的任何其它類型的相互作用。如果所述的識別蛋白起受體的作用，在該化合物存在下以此方式可以研究它與已知配體的結(jié)合。
或者，或此外，使用剔除技術(shù)(反義RNA、siRNA、干細胞剔除)，可以進一步評價前體化合物發(fā)現(xiàn)靶標(biāo)的生物學(xué)相關(guān)性，以構(gòu)建沒有化合物靶標(biāo)的細胞體系。在這些體系中，所述的化合物不應(yīng)該引起生物學(xué)效應(yīng)。這種研究進一步提供了所述的前體化合物在指定生物系統(tǒng)中的生物學(xué)功能的有效性。這種研究對于所述的識別蛋白是否是一種新的生物分子或具有先前未表征的功能也是有價值的。這種類型的研究還進一步確定所述的識別蛋白是否是一種潛在的新分子和治療靶標(biāo)。
化合物推定的生物學(xué)靶標(biāo)將需要能充分解釋由所述化合物引起的觀察到的生物學(xué)活性。例如，如果一種具體化合物在特定細胞周期階段(例如G2/M)中阻滯腫瘤細胞，那么支持這種細胞周期阻滯活性的潛在靶標(biāo)將需要具有誘導(dǎo)G2/M細胞周期停滯的這種功能。
2.B實施例在隨后的實施例中，式1化合物、其前體或其核心結(jié)構(gòu)化合物都基于在美國專利申請序列號10/438,152和PCT/US/03/15193中公開的化合物，并且以所公開的方法合成。所述的化合物已知可用于治療細胞增殖性疾病，與PDGF受體有關(guān)的疾病如腫瘤、再狹窄、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、糖尿病性視網(wǎng)膜病等。
式1化合物及其前體化合物可以用作調(diào)查性研究工具，用于除靶標(biāo)，PDGF-RTK以外的生物分子/細胞靶標(biāo)的識別。本發(fā)明的方法可以對其它蛋白激酶、酶、細胞蛋白或其它相關(guān)生物分子的選擇性進行描述，用于毒性預(yù)測、化合物優(yōu)化以及生物系統(tǒng)中其它與治療相關(guān)的生物分子靶標(biāo)的探索。在另一種實施方案中，本發(fā)明的方法可用于識別其它分子靶標(biāo)，所述的其它分子靶標(biāo)構(gòu)成在美國專利申請序列號10/438,152和PCT/US/03/15193中公開的前體化合物所發(fā)現(xiàn)的抗增殖活性的基礎(chǔ)。在還有另一種實施方案中，本發(fā)明可以識別前體化合物的繼發(fā)作用以及識別前體化合物的潛在副作用和/或其它治療益處和適應(yīng)癥。
下列實施例舉例說明與式1的核心結(jié)構(gòu)相結(jié)合的蛋白的識別方法。其后所述的方法包括本領(lǐng)域技術(shù)人員可以進行的若干步驟。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員還可以識別除與式1化合物結(jié)合的蛋白以外的生物分子，使用經(jīng)修飾的類似方法，進行適合于識別特定類型的靶分子如核酸，脂質(zhì)或碳水化合物的識別。下列實施例是用來舉例說明本發(fā)明的各個方面，但是并不意味著以任何方式對本發(fā)明構(gòu)成限制。
實施例1與含生物素取代基的式1化合物有共價或非共價相互作用的蛋白的識別圖1描述了一種本發(fā)明發(fā)現(xiàn)蛋白的方法，該蛋白與式1的前體化合物共價結(jié)合或與式1的前體化合物形成高親和性的非共價相互作用。特別地，圖1中所述的方法首先涉及通過二硫鍵共價連接于連接基的含生物素取代基的式1的特定前體化合物。該示范性方法同樣適用于含有通過二硫鍵鍵合引入的含生物素取代基的式1的任何前體化合物。
在″俘獲″步驟期間，在0℃-37℃的溫度下，式I的前體化合物與細胞或組織勻漿在培養(yǎng)混合物中培養(yǎng)10min-24h。除所述的前體化合物和細胞或組織勻漿外，該培養(yǎng)混合物還包含優(yōu)化培養(yǎng)基(其包含蛋白酶抑制劑和標(biāo)準(zhǔn)緩沖液如PBS(磷酸鹽緩沖鹽水)和RIPA(放射免疫沉淀緩沖液))。
當(dāng)″俘獲″步驟結(jié)束時，一些或所有的式1前體化合物可能與細胞或組織勻漿中的一種或多種類型的蛋白通過活性氨基酸側(cè)鏈，例如半胱氨酸的硫醇基團(如圖1中的實施例所示)，賴氨酸或N-末端氨基酸的氨基、精氨酸的胍基、絲氨酸或蘇氨酸的羥基、或天冬氨酸、谷氨酸或C-末端氨基酸的羧酸酯的羧酸酯基團，或通過基本上不可逆的、高親和性的非共價相互作用，形成了共價鍵或非共價鍵。
在″捕捉″步驟期間，將所述的培養(yǎng)混合物暴露于被固定于基質(zhì)的生物素互補蛋白中。在捕捉步驟期間，可以使用任何類型的固定的生物素互補蛋白，例如固定的抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白。例如參見，Avidin-biotin immobilization systems.Wilchek，Meir；Bayer，Edward A.；Editor(s)Cass，Tony；Ligler，F(xiàn)rances S.ImmobilizedBiomolecules in Analysis(1998)，15-34.PublisherOxford UniversityPress，Oxford，UK).該固定的生物素互補蛋白與前體化合物上的生物素取代基形成特異性結(jié)合對，其又將前體化合物固定于基質(zhì)以形成式1的化合物。因為一些或所有的固定的式1前體化合物與細胞或組織勻漿中的一種或多種類型的蛋白已形成共價或非共價鍵，與該化合物有相互作用的蛋白(一種或多種)也被固定，由此與在細胞或組織勻漿中的其它組分相分離。通過用合適的緩沖液洗滌該基質(zhì)，可以除去在培養(yǎng)混合物中發(fā)現(xiàn)的非特異性結(jié)合后生物。
在″釋放″步驟期間，生物素與式(I)化合物相結(jié)合的二硫鍵裂解形成兩種硫醇-末端的物種。硫醇-末端的物種之一是與由生物素和生物素互補蛋白組成的特異性結(jié)合對相結(jié)合的基質(zhì)，例如固定的抗生物素蛋白/生物素特異性結(jié)合對。另一種硫醇-末端物種是式1化合物的前體化合物，其是沒有任何結(jié)合的蛋白或是已用培養(yǎng)物中發(fā)現(xiàn)的一種蛋白或數(shù)種蛋白進行共價或非共價改性的蛋白。與在″俘獲″步驟中的那些相比，該前體化合物不再有生物素取代基。
二硫鍵的裂解可以使用本領(lǐng)域已知的將二硫鍵還原成硫醇基的任何溫和化學(xué)方法，例如，通過使用化合物如硼氫化鈉、三乙酰氧基硼氫化鈉、氰基硼氫化鈉、三異丙氧基硼氫化鉀或二硫蘇糖醇在水、含水酒精、含水THF、含水二甲亞砜、含水二甲基甲酰胺或含水二甲基乙酰胺溶液中，在0℃-37℃的溫度下暴露1min-24h或以上。參見Brown，H.C.等，J.OFg.Chem.，1984，885。
二硫鍵裂解后，通過與固定基質(zhì)相一致的方法分離兩種硫醇-末端的物種。這些方法包括，但不局限于，物理除去已經(jīng)固定在芯片上的抗生物素蛋白，從色譜柱上洗脫已經(jīng)固定在色譜載體如瓊脂糖、交聯(lián)葡聚糖凝膠或瓊脂糖凝膠上的抗生物素蛋白，或通過使用磁鐵除去已經(jīng)固定在磁納米顆粒上的抗生物素蛋白。參見Applications of magneticnanoparticles in biomedicine.Pankhurst，Q.A.；Connolly，J.；Jones，S.K.；Dobson，J；Journal of Physics DApplied Physics(2003)，36(13)，R167-R181.
通過任何典型的分離方法，已經(jīng)用培養(yǎng)混合物中發(fā)現(xiàn)的一種蛋白或數(shù)種蛋白共價或非共價改性的式1前體化合物可以進一步與沒有任何結(jié)合蛋白的前體化合物分離，分離利用蛋白電荷或蛋白分子量。這些方法包括，但不局限于尺寸排阻色譜、凝膠電泳、蛋白印跡法或高效液相色譜。使用類似的方法，所述一種或多種與式1前體化合物結(jié)合的蛋白可以進一步分離成均質(zhì)。然后，該均質(zhì)蛋白可以用蛋白識別領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何典型方法進行表征和確認，例如，但不局限于，基質(zhì)輔助激光解吸/電離-飛行時間(MALDI-TOF)或表面增強激光解吸/電離-飛行時間(SELDI-TOF)質(zhì)譜，微量測序，毛細管或凝膠電泳，蛋白印跡法，或N-末端測序。
實施例2與式1化合物形成可逆、非共價絡(luò)合物的蛋白的識別圖2描述了一種本發(fā)明的發(fā)現(xiàn)蛋白的方法，該蛋白與式1化合物形成可逆、非共價絡(luò)合物。特別地，該方法最初涉及附著于基質(zhì)上的具體的式1化合物。然而，本發(fā)明的方法在此是示范性的，其同樣適用于任何式1化合物。
在″俘獲″步驟期間，在0℃-37℃的溫度下，式I化合物與細胞或組織勻漿一起在培養(yǎng)混合物中培養(yǎng)10min-24h。除所述的化合物和細胞或組織勻漿外，該培養(yǎng)混合物還包含優(yōu)化培養(yǎng)基，其包含蛋白酶抑制劑和標(biāo)準(zhǔn)緩沖液如PBS(磷酸鹽緩沖鹽水)和RIPA(放射免疫沉淀緩沖液)。
當(dāng)′俘獲′步驟結(jié)束時，通過與式1的核心結(jié)構(gòu)部分的可逆、非共價相互作用，一些或所有的式1化合物與細胞或組織勻漿中的一種或多種類型的蛋白可能已形成可逆的、非共價絡(luò)合物。該相互作用是足夠親和性的，其可以將一種或多種類型的蛋白固定到式1化合物的基質(zhì)上，由此將此類蛋白(一種或多種)從細胞或組織勻漿的其它組分中分離出來。通過用合適的緩沖液洗滌該基質(zhì)，可以除去在培養(yǎng)混合物中發(fā)現(xiàn)的非特異性結(jié)合后生物。
在″RELEASE″步驟期間，加入過量式1核心結(jié)構(gòu)部分的簡單類似物以置換與式1化合物通過可逆非共價相互作用結(jié)合的蛋白(一種或多種)。然后，將該類置換蛋白通過與固定基質(zhì)相一致的方法從固定的抗生物素蛋白/生物素特異性結(jié)合對中分離出來。這樣的方法包括，但不局限于，物理除去已經(jīng)固定在芯片上的抗生物素蛋白，從色譜柱上洗脫已經(jīng)固定在色譜載體如瓊脂糖、交聯(lián)葡聚糖凝膠或瓊脂糖凝膠上的抗生物素蛋白，或通過使用磁鐵除去已經(jīng)固定在磁納米顆粒上的抗生物素蛋白。參見Applications of magnetic nanoparticles inbiomedicine.Pankhurst，Q.A.；Connolly，J.；Jones，S.K.；Dobson，J；Journal of Physics DApplied Physics(2003)，36(13)，R167-R181。
然后，通過利用蛋白電荷或蛋白分子量的若干方法中的任何一種，所述的一種或多種與式1化合物通過可逆非共價相互作用結(jié)合的蛋白可以進一步提純得到均質(zhì)。這些方法包括，但不局限于，尺寸排阻色譜、凝膠電泳、蛋白印跡法或高效液相色譜。然后，該均質(zhì)蛋白可以用蛋白識別領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何典型方法進行表征和確認，例如，但不局限于，基質(zhì)輔助激光解吸/電離-飛行時間(MALDI-TOF)或表面增強激光解吸/電離-飛行時間(SELDI-TOF)質(zhì)譜，微量測序，毛細管或凝膠電泳，蛋白印跡法，或N-末端測序。
實施例3與含生物素取代基的式1化合物形成可逆的、非共價絡(luò)合物的蛋白的識別圖3描述了一種本發(fā)明發(fā)現(xiàn)蛋白的方法，該蛋白與式1化合物形成可逆的、非共價絡(luò)合物。特別地，該方法最初涉及具體的含生物素取代基的式1前體化合物，在不通過二硫鍵的情況下所述的生物素取代基與該化合物相連。該示范性方法同樣適用于含生物素取代基的任何式1前體化合物。
在″俘獲″步驟期間，在0℃-37℃的溫度下，式I的前體化合物與細胞或組織勻漿一起在培養(yǎng)混合物中培養(yǎng)10min-24h。除所述的前體化合物和細胞或組織勻漿外，該培養(yǎng)混合物還包含優(yōu)化培養(yǎng)基，其包含蛋白酶抑制劑和標(biāo)準(zhǔn)緩沖液如PBS(磷酸鹽緩沖鹽水)和RIPA(放射免疫沉淀緩沖液)。
當(dāng)′俘獲′步驟結(jié)束時，通過與式1的核心結(jié)構(gòu)部分可逆的非共價相互作用，一些或全部的式1前體化合物可能與細胞或組織勻漿中的一種或多種類型的蛋白已形成可逆的非共價絡(luò)合物。相互作用是足夠親和性的。
在″捕捉″步驟期間，將所述的培養(yǎng)混合物暴露于被固定于基質(zhì)的生物素互補蛋白中。在捕捉步驟期間，可以使用任何類型的固定生物素互補蛋白，例如固定的抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白。例如參見，Avidin-biotin immobilization systems.Wilchek，Meir；Bayer，Edward A.；Editor(s)Cass，Tony；Ligler，F(xiàn)rances S.ImmobilizedBiomolecules in Analysis(1998)，15-34.PublisherOxford UniversityPress，Oxford，UK)。該固定的生物素互補蛋白與前體化合物上的生物素取代基形成特異性結(jié)合對，其又將前體化合物固定于基質(zhì)以形成式1化合物。因為一些或全部式1固定的前體化合物與細胞或組織勻漿中的一種或多種類型的蛋白已形成可逆的、非共價相互作用，與該化合物有相互作用的蛋白也被固定，由此被與細胞或組織勻漿中的其它組分相分離。通過用合適的緩沖液洗滌該基質(zhì)，可以除去在培養(yǎng)混合物中發(fā)現(xiàn)的非特異性結(jié)合后生物。
在″RELEASE″步驟期間，加入過量式1核心結(jié)構(gòu)部分的簡單類似物以置換通過可逆的非共價相互作用與式1化合物結(jié)合的蛋白(一種或多種)?；蛘?，過量游離生物素也可以用來置換該可逆的非共價結(jié)合的蛋白(一種或多種)。然后，已被置換的蛋白(一種或多種)通過與固定基質(zhì)相一致的方法從固定的抗生物素蛋白/生物素特異性結(jié)合對中分離出來。這樣的方法包括，但不局限于，物理除去已經(jīng)固定在芯片上的抗生物素蛋白，從色譜柱上洗脫已經(jīng)固定在色譜載體如瓊脂糖、交聯(lián)葡聚糖凝膠或瓊脂糖凝膠上的抗生物素蛋白，或通過使用磁鐵除去已經(jīng)固定在磁納米顆粒上的抗生物素蛋白。參見Applications ofmagneticnanoparticles in biomedicine.Pankhurst，Q.A.；Connolly，J.；Jones，S.K.；Dobson，J；Journal of Physics DApplied Physics(2003)，36(13)，R167-R181。
然后，通過利用蛋白電荷或蛋白分子量的若干方法中的任何一種，所述的一種或多種與式1化合物通過可逆的非共價相互作用結(jié)合一起的蛋白可以進一步提純成均質(zhì)。這些方法包括，但不局限于，尺寸排阻色譜、凝膠電泳、蛋白印跡法或高效液相色譜。然后，該均質(zhì)蛋白可以用蛋白識別領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何典型方法進行表征和確認，例如，但不局限于，基質(zhì)輔助激光解吸/電離-飛行時間(MALDI-TOF)或表面增強激光解吸/電離-飛行時間(SELDI-TOF)質(zhì)譜，微量測序，毛細管或凝膠電泳，蛋白印跡法，或N-末端測序。
實施例4與結(jié)合芯片系統(tǒng)的式1化合物形成可逆的、非共價絡(luò)合物的蛋白的識別圖4描述了一種本發(fā)明發(fā)現(xiàn)蛋白的方法，該蛋白與結(jié)合CiphergenPS10或PS20蛋白芯片的式1化合物相互作用。然而，本發(fā)明的方法在此是示范性的，其同樣適用于固定于蛋白芯片系統(tǒng)的任何式1化合物。
Ciphergen蛋白芯片系統(tǒng)是一種可以通過RetentateChromotographyTM(Ciphergen Biosystems，Inc.)研究蛋白的工具。在此系統(tǒng)中，與芯片表面結(jié)合的蛋白以離子化形式通過氮激光器被釋放，接著通過飛行時間(TOF)質(zhì)譜測定它們的分子量。該技術(shù)被稱為表面增強激光解吸/電離-飛行時間(SELDI-TOF)質(zhì)譜。此方法相對于蛋白色譜的其它形式的優(yōu)點包括色譜條件的快速優(yōu)化以及檢測前蛋白損失的最小化。參見Chapman K.，″The ProteinChip Biomarker System fromCiphergen Biosystemsa novel proteomics platform for rapid biomarkerdiscovery and validation，″Biochem Soc Trans.2002 Apr；30(2)82-7。
對于基于特征如電荷或疏水性(Ciphergen，Dumbarton，CA)的蛋白的結(jié)合，許多基于化學(xué)處理的表面是市場上可買到的。作為蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用或核酸-蛋白質(zhì)相互作用的誘餌，為生物分子結(jié)合設(shè)計的化學(xué)反應(yīng)性表面也是可得到的，例如，Ciphergen的分別涂有羰基二咪唑和環(huán)氧基的PS10和PS20蛋白芯片。這些涂層基團可以使得蛋白或核酸通過共價鍵直接連結(jié)于芯片上。參見Hinshelwood等，″Identification of the C3b Binding Site in a Recombinant VWF-ADomain of Complement Factor B by Surface-enhanced LaserDesorption-Ionisation Affinity Mass Spectrometry and HomologyModelingImplications for the Activity of Factor B，″Journal ofMolecular Biology，294(2)1999，587-599；Forde，C.E等，″Characterization of transcription factors by mass spectrometry andthe role of SELDI-MS，″Mass Spectrom.Rev.(2002 Nov-Dec)，21(6)，419-39。
所述的與芯片表面結(jié)合的蛋白或核酸可以用作誘餌以俘獲與結(jié)合的生物分子有特定相互作用的蛋白。本發(fā)明使用這些為大生物分子固定設(shè)計的反應(yīng)性表面以便以一種獨特方式改變PS10和PS20芯片表面。所述芯片與式1化合物的前體化合物反應(yīng)以形成式1化合物。式1化合物的連接基優(yōu)選適合使化合物的移動在三維空間中遠離該芯片表面。這在理論上將允許更多結(jié)合，因為該結(jié)合蛋白可以更容易地進入核心結(jié)構(gòu)(參見Improving protein-ligand interactions.Wandless，Thomas J.Department of Chemistry，Stanford University，Stanford，CA，USA.Book of Abstracts，219th ACS National Meeting，San Francisco，CA，March 26-30，2000(2000))。在大多數(shù)情況下，短鏈連接基團，例如由四個碳組成，沒有足夠的空間進行蛋白結(jié)合。優(yōu)選的連接基團包含至少八個原子或是等同長度的。
在圖4的′俘獲′步驟之前，式1化合物的前體化合物；連接于PS10或PS20蛋白芯片以形成式1化合物，其中所述的基質(zhì)是PS10或PS20蛋白芯片。通常，將所述的芯片放置在8×12平臺反應(yīng)塊上并與例如在DMF、THF、二氯甲烷等中的溶液中的化合物一起在0-150℃的溫度范圍內(nèi)培養(yǎng)數(shù)小時。然后，洗滌芯片表面，用結(jié)合緩沖液(PBS，0.1％Triton-X-100)平衡3次，每次約10分鐘。
在″俘獲″步驟期間，基于等電點(pl)，使用M-Per、Mamalian蛋白萃取試劑(Pierce，Rockford，IL)制得的LoVo細胞(ATCC CCL-229)的蛋白溶胞產(chǎn)物分成6個級分。所述的分級使用強陰離子交換柱。柱子裝載溶胞產(chǎn)物后，用pH 9.0(50mM Tris)、pH 7.0(0.1M NaPO4)、pH5.0(0.1M乙酸鈉)、pH 4.0(0.1M乙酸鈉)和pH 3.0緩沖液(0.05M檸檬酸鈉)洗滌，每種緩沖液含有0.1正辛基β-D-吡喃葡萄糖苷(OGP)，接著進行有機物洗滌(33.3％異丙醇/16.7％乙腈/0.1％三氟乙酸)。然后，將所述級分用100μl結(jié)合緩沖液稀釋成0.5mg/ml并在化合物-連接的芯片表面上在37℃培養(yǎng)4h。可以與化合物一起培養(yǎng)的蛋白的其它可能來源是血清、血漿、尿、細胞或組織勻漿，培養(yǎng)時間為10min-24h，培養(yǎng)溫度為0-37℃，在含有蛋白酶抑制劑和普通緩沖液如PBS或RIPA的優(yōu)化培養(yǎng)基中進行。
當(dāng)′俘獲′步驟結(jié)束時，通過與式1的核心結(jié)構(gòu)部分形成的可逆的非共價相互作用，一些或全部的式1化合物可能與細胞或組織勻漿中的一種或多種類型的蛋白已形成可逆的非共價絡(luò)合物。所述的相互作用是足夠親和性的，其可以使得一種或多種類型的蛋白固定于所述的蛋白芯片，由此將該蛋白(一種或多種)從細胞或組織勻漿的其它組分中分離出來。通過用合適的緩沖液洗滌該芯片，可以除去在培養(yǎng)混合物中發(fā)現(xiàn)的非特異性結(jié)合后生物。在這種情況下，所述的芯片用結(jié)合緩沖液在室溫下洗滌3次，每次約15分鐘，以除去任何非特異性結(jié)合的后生物。
在″RELEASE″步驟期間，使用表面增強激光/解吸電離飛行時間(SELDI-TOF)技術(shù)，所述的蛋白(一種或多種)從蛋白芯片表面釋放出來。使用Ciphergen蛋白芯片讀數(shù)器(PBS IIc)，其包括向芯片中加入能量吸收分子(EAM)，接著用氮激光激發(fā)。
為了證實與所述核心結(jié)構(gòu)的特異性結(jié)合，由涂有式1化合物的芯片所產(chǎn)生的光譜峰與涂有對照化合物(即，脂肪族連接基團)的芯片所產(chǎn)生的光譜峰進行比較。當(dāng)本發(fā)明的化合物6用來俘獲相關(guān)蛋白時，pH9.0級分的獨特峰的例子表示在圖6中。
芯片研究結(jié)果與使用ATP親和柱的研究進行比較。LoVo癌細胞溶胞產(chǎn)物首先通過ATP親和柱，使得溶胞產(chǎn)物中的ATP-結(jié)合蛋白與柱子結(jié)合。將相當(dāng)于式1化合物核心結(jié)構(gòu)的未粘連類似物的溶液加入到ATP柱中，洗脫同樣與式1化合物結(jié)合的蛋白(一種或多種)，其中ATP和被洗脫蛋白(一種或多種)間的相互作用是可逆的并且是非共價的。如圖7(上圖)所示，一些蛋白峰從ATP柱中用相當(dāng)于本發(fā)明化合物6的核心結(jié)構(gòu)的未粘連類似物的溶液洗脫出來。在它們當(dāng)中，主要蛋白峰與使用化合物6俘獲的唯一蛋白峰相同，所述的化合物6附著于PS10蛋白芯片(圖7的下圖)。ATP柱研究的結(jié)果獨立地證明了本發(fā)明方法的有效性。該數(shù)據(jù)表明，式1化合物，其中所述的基質(zhì)是芯片表面，可以用于俘獲與式1的核心結(jié)構(gòu)形成實質(zhì)的分子間結(jié)合相互作用的蛋白。
該數(shù)據(jù)還表明，粘連位置在測定蛋白與所述核心結(jié)構(gòu)特異性結(jié)合的能力中是關(guān)鍵性的。在核心結(jié)構(gòu)上的不同位置處具有連接基的式1化合物用于芯片研究。取決于粘連的位置，這些化合物中的中每一種得到不同的結(jié)果。因此，為了徹底描述核心結(jié)構(gòu)與已知的以及還沒有發(fā)現(xiàn)的蛋白靶標(biāo)的相互作用的潛能，優(yōu)選用核心結(jié)構(gòu)的一些類似物重該復(fù)本發(fā)明的方法，其中所述的粘連在核心結(jié)構(gòu)上的不同位置處被取代。
然后，該分離靶蛋白或一些靶蛋白可以通過若干利用蛋白電荷或蛋白分子量的方法中的任何一種提純至均質(zhì)，所述的方法例如，但不局限于，尺寸排阻色譜、凝膠電泳、蛋白印跡法或高效液相色譜。然后，該均質(zhì)蛋白通過蛋白識別領(lǐng)域技術(shù)人員已知的典型方法中的任何一種進行表征和確認，所述的方法例如是，但不局限于，MALDI-TOF或SELDI-TOF質(zhì)譜，微量測序，毛細管或凝膠電泳，酶活性，蛋白印跡法或N-末端測序。
實施例5使用蛋白芯片系統(tǒng)識別與含生物素取代基的式1化合物形成可逆的、非共價絡(luò)合物的蛋白圖5A和5B描述了使用蛋白芯片系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)蛋白的方法，該蛋白與含有生物素取代基的式1前體化合物有相互作用。然而，本發(fā)明的方法在此是示范性的，其同樣適用于使用蛋白芯片系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)含有生物素取代基的任何式1衍生物。
在芯片表面上使用共價結(jié)合的鏈霉抗生物素蛋白(SA)，含生物素取代基的化合物可以間接地連接于芯片表面(Bane TK，LeBlanc JF，Lee TD，Riggs AD.DNA affinity capture and protein profiling bySELDI-TOF mass spectrometryeffect of DNA methylation.NucleicAcids Res.2002 Jul 15；30(14)e69)。因此，含生物素取代基的式1前體化合物可以被固定到涂有生物素互補蛋白如鏈霉抗生物素蛋白或抗生物素蛋白的Ciphergen PS10或PS20蛋白芯片上。這種固定或″捕捉″步驟可以在″俘獲″步驟前(圖5B)或后(圖5A)進行，其中所述的前體化合物與生物樣品如細胞或組織勻漿一起進行培養(yǎng)。
在圖5A中，在′俘獲′步驟期間，含生物素取代基的式I前體化合物與血清、血漿、尿、細胞溶解產(chǎn)物或組織勻漿一起在0-37℃的溫度范圍內(nèi)在含蛋白酶抑制劑和緩沖液如PBS、RIPA等的優(yōu)化培養(yǎng)基中培養(yǎng)10min-24h。當(dāng)′俘獲′步驟結(jié)束時，一些或全部的式1前體化合物的核心結(jié)構(gòu)可以與具有足夠親和性、可用于分離的組織勻漿中的一種或若干種蛋白形成可逆的、非共價絡(luò)合物。然后，在′捕捉′步驟中，從培養(yǎng)混合物中分離出與式1前體化合物相結(jié)合的蛋白(一種或多種)，在此期間，將所述的培養(yǎng)混合物加入到涂有對生物素具有高親和性的同源蛋白如抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白的蛋白芯片中。進行合適的洗滌步驟以除去培養(yǎng)混合物中的非特異性結(jié)合部分。在″RELEASE″步驟期間，通過加入能量吸收分子(EAM)接著用氮激光激發(fā)，結(jié)合蛋白(一種或多種)和前體化合物從蛋白芯片表面釋放到飛行時間質(zhì)譜儀中。
圖5B列出了圖5A方法的一種變種。它在俘獲步驟之前使用捕捉步驟，因此在將該化合物與生物樣品進行培養(yǎng)之前，在芯片上形成固定的式1化合物。
然后，該分離的靶蛋白或一些靶蛋白可以通過若干利用蛋白電荷或蛋白分子量的方法中的任何一種提純至均質(zhì)，所述的方法例如，但不局限于，尺寸排阻色譜、凝膠電泳、蛋白印跡法或高效液相色譜。然后，該均質(zhì)蛋白通過蛋白識別領(lǐng)域技術(shù)人員已知的典型方法中的任何一種進行表征和確認，所述的方法例如是，但不局限于，MALDI-TOF或SELDI-TOF質(zhì)譜，微量測序，毛細管或凝膠電泳，酶活性，蛋白印跡法或N-末端測序。
實施例6本發(fā)明的化合物124與聚合微管蛋白形式可逆的、非共價絡(luò)合物使用圖5B中所述的方法，被證明與化合物124有關(guān)的蛋白被確定為微管蛋白。為了證實該結(jié)果，在類似于圖5B的方法中，在″俘獲″步驟期間使用提純的微管蛋白，以證明微管蛋白確實與化合物124相結(jié)合。
Ciphergen PS20芯片用2μL 0.5mg/mL的鏈霉抗生物素蛋白(SA)涂布。然后，將該SA涂布芯片暴露于10μM化合物124的前體化合物中，形成式1的化合物124，其具有作為基質(zhì)的Ciphergen PS20芯片。將該SA涂布芯片表面單獨暴露于10μM生物素，形成對照化合物，其具有與PS20芯片結(jié)合的生物素，但不具有化合物124的核心結(jié)構(gòu)。通過用PBS洗滌芯片表面3次，每次10min，除去過量的前體化合物或生物素。
在′俘獲′步驟期間，化合物124與10mg/mL提純過的微管蛋白一起在存在或不存在1mM GTP的情況下培養(yǎng)1h，其為聚合作準(zhǔn)備。在′俘獲′步驟的第三種條件中，相同數(shù)量的微管蛋白首先在1mM GTP存在下在試管中聚合30min，然后在化合物124的芯片表面上培養(yǎng)1h。所述的芯片用PBS、0.1％triton洗滌3次以除去未結(jié)合的蛋白。
在″RELEASE″步驟期間，通過加入能量吸收分子(EAM)接著用氮激光激發(fā)，結(jié)合蛋白(一種或多種)和前體化合物從蛋白芯片表面釋放到飛行時間質(zhì)譜儀中。通過化合物124產(chǎn)生的飛行時間質(zhì)譜與生物素涂布的芯片產(chǎn)生的飛行時間質(zhì)譜之間的比較，測定與化合物124的特異性結(jié)合。
如圖8所示，聚合微管蛋白與化合物124結(jié)合。將聚合微管蛋白對化合物124的結(jié)合與對照化合物的結(jié)合相比，聚合微管蛋白與化合物124的結(jié)合要大于10倍。此外，圖8表明，當(dāng)微管蛋白處于聚合狀態(tài)時，即，當(dāng)微管蛋白與化合物124在GTP存在下一起培養(yǎng)時，明顯更多的微管蛋白與化合物124結(jié)合。所述的化合物用非聚合微管蛋白(在″俘獲″步驟期間沒有GTP)或預(yù)聚合微管蛋白(在″俘獲″步驟之前聚合)沒有檢測到有明顯的結(jié)合。
發(fā)現(xiàn)一系列N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物中的化合物與聚合微管蛋白結(jié)合是使人感興趣的。通過破壞有絲分裂紡錘體(一種涉及細胞運動性和轉(zhuǎn)輸?shù)募毎羌艿闹饕煞?的功能，與微管蛋白結(jié)合的試劑已經(jīng)表現(xiàn)出抗有絲分裂作用。這樣的試劑在各種癌癥的治療中已經(jīng)證明是有效的。
兩類主要的抗微管蛋白藥物是紫杉烷類和長春花生物堿。所述的紫杉烷包括紫杉醇和紫杉萜。紫杉醇主要用于治療卵巢癌、肺癌和乳腺癌，并且其正研究用作治療小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、晚期頭頸癌和上胃腸道的腺癌的單一藥劑。紫杉萜主要用于在化療失敗后治療局部性晚期或轉(zhuǎn)移性乳房癌和肺癌。長春花生物堿包括長春新堿、長春堿和長春瑞濱。長春新堿和長春堿最通常在聯(lián)合治療方案中使用。例如，長春堿已被用于治療何杰金氏病、一些淋巴瘤和成神經(jīng)細胞瘤。
兩類更新的微管蛋白結(jié)合藥物是埃博霉素和多拉司他汀(dolastintins)。埃博霉素(A和B)是從土壤細菌纖維多囊菌中分離得到的天然存在的大環(huán)內(nèi)酯。它們與紫杉烷具有類似的作用方式并正在臨床上進行研究。多拉司他汀源自于截尾海兔(Dolabella auricularia)。它們與長春花具有類似的作用方式并且目前正在進行研究。
發(fā)現(xiàn)N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物系列中的化合物與聚合微管蛋白結(jié)合提供了一種識別與微管蛋白結(jié)合的化合物的方法，包括步驟(a)合成模擬式1化合物核心結(jié)構(gòu)的化合物；以及b)測定該模擬式1化合物核心結(jié)構(gòu)的化合物結(jié)合聚合微管蛋白的能力。
發(fā)現(xiàn)N-取代的三環(huán)3-氨基吡唑化合物系列的化合物與聚合微管蛋白結(jié)合進一步提供了一種調(diào)節(jié)聚合微管蛋白活性的方法，包括步驟將該聚合微管蛋白與式1化合物、式1化合物的前體化合物或式1化合物的核心結(jié)構(gòu)接觸。
該發(fā)現(xiàn)進一步提供了一種破壞細胞中有絲分裂紡錘體功能的方法，包括將所述細胞與式1化合物、式1化合物的前體化合物或式1化合物的核心結(jié)構(gòu)相接觸的步驟。
權(quán)利要求
1.式I的化合物 式(I)或其光學(xué)異構(gòu)體、對映異構(gòu)體、非對映異構(gòu)體、外消旋體或藥學(xué)上可接受的鹽，其中 選自式A-1、A-2和A-3 (式A-1)，其中式A-1在式A-1的b1一側(cè)與式(I)的R1取代的環(huán)連接并且任選被一個選自式A-1-a、A-1-b和A-1-c的取代基所取代 (式A-1-a)其中式A-1-a在a1一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接； (式A-1-b)，其中式A-1-b在a2一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；和 (式A-1-c)，其中式A-1-c在a6一側(cè)與式A-1的d1或d2一側(cè)上的相鄰碳原子連接；其中R8選自氫、烷基或L4； (式A-2)，其中式A-2在式A-2的b2一側(cè)與式(I)的R1-取代的環(huán)連接，并且A1、A2、A3、A4是(i)-N-；或(ii)被H或烷氧基取代的-C-，其中所述的烷氧基可以任選進一步在末端碳上被烷氧基或高達3個鹵原子取代；條件是A1、A2、A3、A4中至少一個并且至多兩個是-N-；和 (式A-3)，其中式A-3在式A-3的b3一側(cè)上與式(I)的R1-取代的環(huán)連接，并且B1、B2和B3獨立地為(i)任選被烷基、芳基、烷氧基或鹵素取代的-CH-，(ii)-S-；(iii)-O-；或(iv)-N-；條件是B1、B2或B3中至多一個是-S-或-O-，并且，條件是當(dāng)B1、B2或B3之一是-S-或-O-時，那么相鄰的環(huán)成員不是-S-或-O-；s是0-2的整數(shù)；q是0-4的整數(shù)；條件是當(dāng) 沒有被式A-1-a、A-1-b或A-1-c取代時，q和s之和是0-4的整數(shù)；并且當(dāng) 被式A-1-a、A-1-b或A-1-c之一取代時，q和s之和是0-2的整數(shù)；R1選自氫、低級烷基、-OH、烷氧基、-氧代-NH2、-NH(烷基)和-N(烷基)2；R2選自氫、烷氧基、烷基、烯基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、羥基化的烷基氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基、烷硫基、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；R3獨立地選自 -X1-A20-Y1-A21、-CO2H、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(烷基)2和L4；其中X1和Y1各自獨立地為不存在或選自-(烷基)C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-N(烷基)-、-N(烷基)C(＝O)-、-N(烷基)C(＝O)NH-、-N(烷基)C(＝O)O-、-N(烷基)SO2-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)N(烷基)-、-NHC(＝O)NH、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)N(烷基)-、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-SO2N(烷基)-和-SO2NH-；A20，當(dāng)存在時，選自烷基或烯基；以及A21選自烷基、烯基或H；其中當(dāng)A20或A21是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可以任選被一個或多個基團所取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、羥基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基； 選自芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基和9-10元苯并-稠合的雜環(huán)烷基；其中，所述的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、苯并-稠合的環(huán)烷基或苯并-稠合的雜環(huán)烷基任選被一個或多個取代基所取代，所述的取代基獨立地選自鹵素、羥基、氨基、硫基、硝基、氰基、烷基、鹵代烷基、烷氧基、鹵代烷氧基、烷基氨基、-NHC(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、或二烷基氨基、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-OC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-N(烷基)SO2烷基、烷硫基、鹵代烷硫基、-SO2烷基、鹵代-SO2烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2或-OC(＝O)N(烷基)2；L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-(C＝O)O-、-NHC(＝O)-、-NH(C＝O)NH-、-NH(C＝O)O-、-O(C＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-O(C＝O)-、-O-、-NH-、-(CH2)1-3O-、-SS-或-S-；K選自-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)CH2CH2(OCH2CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(C＝O)NHCH2CH2(OCH2CH2)n(C＝O)NHCH2(CH2)p-，-(CH2)m(C＝O)NHCH2(CH2)n(C＝O)NHCH2(CH2)p-，-(CH2)mNH(CH2)t-，-(CH2)mO(CH2)t-，-(CH2)mS(CH2)t-，-(CH2)mS(＝O)(CH2)t-，-(CH2)mSO2(CH2)t-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)t-，-(CH2)m(C＝O)NH(CH2)t-，-(CH2)mNH(C＝O)NH(CH2)t-，-(CH2)mSS(CH2)t-，-(CH2)m(SCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)CH2CH2(SCH2CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(C＝O)NHCH2CH2(SCH2CH2)n(C＝O)NHCH2(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，和-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；m是1-7；n是1-10；p是0-7；r和r2是1-5；t是1-7；J1選自-C(＝O)NH-，-(C＝O)O-，-NHC(＝O)-，-NH(C＝O)NH-，-NH(C＝O)O-，-NH-，-O(C＝O)NH-，-OC(＝O)O-，-O(C＝O)-，-O-，-(CH2)1-3O-，-SS-，-S-，-SS-，-SCH2(CHOH)-，-CH＝NNH-， J3選自-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)8-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-NH-，-CH＝NNH-， -NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和-NH(CH2)3-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；X選自生物素/抗生物素蛋白、生物素/鏈霉抗生物素蛋白、亞氨基生物素/抗生物素蛋白、亞氨基生物素/鏈霉抗生物素蛋白、生物素/NeutrAvidinTM或亞氨基生物素/NeutrAvidinTM；R4是取代基，其獨立地選自(a)H；(b) 條件是R6不是 (c)被一個基團取代的-CH2-或C1-6烯基，所述的基團選自-H、-甲基、-O烷基、-CH2OH、-CH(CH3)OH、氰基、鹵素、氨基、-(CH2)1-4烷基氨基、-(CH2)1-4二烷基氨基、-O(C＝O)烷基、-(C＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O雜芳基、-(C＝O)NH2、-(C＝O)NH烷基、-(C＝O)N(烷基)2、-C(＝O)烷基、-苯基-OCH3或-苯基-OC(＝O)烷基；(d)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)(CH2CH2O-)1-10；(e)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)CH2O(CH2CH2O-)1-10；(f)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)烷基或-C(＝O)(C3-6)環(huán)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-O烷基芳基、-NH2、NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基或-OC(＝O)烷基；(g)-C(＝O)(CH2)1-3芳基、-C(＝O)芳基、-C(＝O)(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)雜芳基，其中所述的-C(＝O)(CH2)1-3芳基、-C(＝O)芳基、-C(＝O)(CH2)1-3雜芳基和-C(＝O)雜芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(h)用甲基、乙基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)(CH2)1-6C(＝O)-；(hh)用-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2或雜環(huán)烷基封端的-C(＝O)烷基OC(＝O)烷基-；(i)用H、甲基、乙基或芐基封端的-C(＝O)O(CH2CH2O-)1-10；(j)任選被一個或多個基團取代的-C(＝O)O烷基或-C(＝O)O(C3-6)環(huán)烷基，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；(k)-C(＝O)O(CH2)1-3芳基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)O雜芳基，其中所述的-C(＝O)O(CH2)1-3芳基、-C(＝O)O芳基、-C(＝O)O(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)O雜芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(l)用-H、甲基、乙基、芐基、-CH2CH2NH2、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基或-C(＝O)烷基封端的-C(＝O)NH(CH2CH2O-)1-10；(m)-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(C1-20)烷基、-C(＝O)NH(C3-6)環(huán)烷基或-C(＝O)N(烷基)2，其中所述的-C(＝O)NH(C1-20)烷基、-C(＝O)NH(C3-6)環(huán)烷基和-C(＝O)N(烷基)2可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)烯基、-NHC(＝O)芳基、-C(＝O)OH、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH烷基或-C(＝O)N(烷基)2；以及，其中所述的-NHC(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(n)-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基、-C(＝O)NH芳基、-C(＝O)NH(CH2)1-3雜芳基或-C(＝O)NH雜芳基，其中所述的-C(＝O)NH(CH2)1-3芳基、-C(＝O)NH芳基、-C(＝O)NH(CH2)1-3雜芳基和-C(＝O)NH雜芳基可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、雜環(huán)烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHSO2烷基、鹵素、腈基或-OC(＝O)烷基；(o)用H、甲基、乙基、-CH2CH2NH烷基、-CH2CH2N(烷基)2、-CH2CH2-1-吡咯烷基、-CH2CH2-1-哌啶基、-CH2CH2-4-嗎啉基、-CH2CH2-1-哌嗪基、-CH2CH2-1-(4-CH3)-哌嗪基、-CH2CH2OH、-CH2CH2OCH3、-CH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2OC(＝O)烷基或-C(＝O)芳基封端的-C(＝O)NHCH2CH2NH(CH2CH2NH-)0-3；其中所述的-C(＝O)芳基的芳基部分可以任選被一個或多個基團取代，所述的基團獨立地選自烷基、-OH、-O烷基、-NH2、-NH烷基、-N(烷基)2、鹵素或腈基；(p)-C(＝S)NH2；(q)-C(＝S)NH烷基；(r)-C(＝S)N(烷基)2；(s)-SO2NH2；(t)-SO2NH烷基；(u)-SO2N(烷基)2；(v)-P(＝O)(OCH3)2；(w)-P(＝O)(OCH2CH3)2；或(x)L5L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)其中M1選自-C(＝O)-、-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)-、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4O(C＝O)NH-、-(CH2)2-4O(C＝O)-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-、-(CH2)2-4SS-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵；R6選自H和 條件是如果R4是 那么R6是H；L3為不存在或選自烷基二基、羰基、-烷基二基-C(＝O)-、-C(＝O)-烷基二基-、-烷基二基C(＝O)烷基二基-或-SO2-的連接基團；B選自芳基、雜芳基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基、9-10元苯并-稠合的雜環(huán)烷基、-CH(R9)芳基和-CH(R9)雜芳基；其中所述的B的芳香部分任選被R5取代；以及其中R9是選自氫、烷基或環(huán)烷基的取代基，其中所述的烷基任選被烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵代烷基、鹵代烷基氧基、-SO2烷基或羥基取代；R5獨立地選自L4，烷基，烷基氨基，烷基氧基，氨基、-C(＝O)NH2、-C(＝O)NH(烷基)、-C(＝O)N(二烷基)、-C(＝O)O烷基、-C(＝O)OH、-CH2OH、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷基、鹵代烷氧基、鹵代SO2-烷基、鹵代烷硫基、羥基、羥烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基，硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、-SO2NH2、硫基、烷硫基、 和-V-B10-W-B20；其中，V和W彼此獨立地為不存在或選自-C(＝O)、-C(＝O)N(烷基)-、-C(＝O)NH-、-C(＝O)O-、-N(烷基)-、-N(烷基)C(＝O)-、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)-、-N(烷基)C(＝O)NH-、-N(烷基)C(＝O)O-、-N(烷基)SO2-、-NH-、-NHC(＝O)-、-NHC(＝O)N(烷基)-、-NHC(＝O)NH-、-NHC(＝O)O-、-NHSO2-、-O-、-OC(＝O)、-OC(＝O)N(烷基)-、-OC(＝O)NH-、-OC(＝O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-SO2N(烷基)-和-SO2NH-；B10為不存在或選自烷基或烯基；B20為不存在或選自烷基、烯基或H；其中，當(dāng)B10或B20是烷基或烯基時，所述的烷基或烯基可任選被一個或多個基團所取代，所述的基團獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代-SO2烷基，鹵代烷硫基、羥基-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、-OC(＝O)烷基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-OC(＝O)O烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；以及 選自芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、9-10元苯并-稠合的環(huán)烷基和9-10元苯并-稠合的雜環(huán)烷基，其中，所述的芳基、環(huán)烷基、部分不飽和的碳環(huán)、雜芳基、雜環(huán)烷基、苯并-稠合的環(huán)烷基或苯并-稠合的雜環(huán)烷基任選被一個或多個取代基取代，所述的取代基獨立地選自烷氧基、烷基氨基、氨基、氰基、二烷基氨基、鹵素、鹵代烷氧基、鹵代烷基、鹵代-SO2烷基、鹵代烷硫基、雜芳基、羥基、羥烷基、-N(烷基)C(＝O)烷基、-N(烷基)C(＝O)N(烷基)2、-N(烷基)C(＝O)NH烷基、-N(烷基)C(＝O)O烷基、-N(烷基)SO2烷基、-NHC(＝O)烷基、-NHC(＝O)N(烷基)2、-NHC(＝O)NH2、-NHC(＝O)NH烷基、-NHC(＝O)O烷基、-NHSO2烷基、硝基、-OC(＝O)N(烷基)2、-OC(＝O)NH烷基、-SO2烷基、硫基或烷硫基；條件是至少有一個并且至多有一個L4或L5存在。
2.權(quán)利要求1的化合物，其中 是 (式A-4)，其中式A-4在式A-4的b1一側(cè)與式(I)的R1取代的環(huán)連接；以及其中q是0-4的整數(shù)；條件是當(dāng) 是式A-4時，q和s之和是0-4的整數(shù)。
3.權(quán)利要求1和2的化合物，其中L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-、-O-、-NHC(＝O)O-、-S-或-SS-；以及其中K選自-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m[NH(C＝O)(CH2)r]n(CH2)p-，-(CH2)m[(C＝O)NH(CH2)r2]n(CH2)p-，-(CH2)mNH(C＝O)(CH2)nNH(C＝O)(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNH(CH2)p-，-(CH2)mC(＝O)NH(CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)mS(CH2)nO(CH2)p--(CH2CH2SCH2CH2O)n(CH2)p--(CH2)mS(CH2)C(＝O)NH(CH2)n--(CH2)mSS(CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mNHC(＝O)(CH2)nSS(CH2)p--(CH2)mNH(C＝O)CH2OCH2C(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)pCH2)--(CH2)m(OCH2CH2)nC(＝O)NH(CH2)p--(CH2)mC(＝O)NH(CH2)n(OCH2CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；和J1選自-C(＝O)NH-，-(C＝O)O-，-NHC(＝O)-，-NH(C＝O)NH-，-NH(C＝O)O-，-O(C＝O)NH-，-OC(＝O)O-，-O(C＝O)-，-O-，-NH-，-(CH2)1-3O-，-SS-，-S-，-SCH2(CHOH)-，-CH＝NNH-， 以及J3選自-NH-，-O-，-NHNH-，-NHNH＝CH-，-NHNH-(C＝O)-，-NHNH-(C＝O)O-，-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-S-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2O-，-NH-(CH2)6-NH-(C＝O)CH2-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-(C＝O)NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-O-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHN＝CH-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)O，-NH-(CH2)5(C＝O)-NHNH(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS(CH2)2(C＝O)NH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHN＝CH-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)O-，-NH-(CH2)2-SS-(CH2)2(C＝O)NHNH(C＝O)NH-，和I-NH(CH2)6-NH(C＝O)CH2CH2SS-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵。
4.權(quán)利要求1和2的化合物，其中L4選自-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)；其中M選自-C(＝O)NH-或-O-；以及其中K選自-(CH2)m(CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)n(OCH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nNHC(＝O)(CH2)p-，-(CH2)m(OCH2CH2)nSS(CH2)p-；其中J1選自-NH-、-NHC(＝O)O-、-OC(＝O)-、-C(＝O)O-、-C(＝O)NH-、-NHC(＝O)-、-CH＝NNH-、 以及J3選自-NH-、-NHC(＝O)O-、-OC(＝O)-、-C(＝O)O-、-C(＝O)NH-或-NHC(＝O)-；條件是在L4中，M與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵。
5.權(quán)利要求1、2、3和4的化合物，其中L5選自-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)；其中M1選自-C(＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)-、-(CH2)2-4NH(C＝O)NH-、-(CH2)2-4(C＝O)NH-、-(CH2)2-4NHC(＝O)O-、-(CH2)2-4(C＝O)O-、-(CH2)2-4S-或-(CH2)2-4O-；條件是在L5中，M1與K與J1或J3的連接沒有通過N-O或O-N鍵、N-S或S-N鍵、O-S或S-O鍵、或O-O鍵。
6.權(quán)利要求1-5的化合物，其中L4是-M-K-J1-基質(zhì)或-M-K-J3-X-基質(zhì)，L5是-M1-K-J1-基質(zhì)或-M1-K-J3-X-基質(zhì)，以及L4和L5的長度和柔性程度可以使前體化合物和靶蛋白之間結(jié)合。
7.權(quán)利要求1-6的化合物，其中所述的基質(zhì)包括固體載體材料。
8.權(quán)利要求7的化合物，其中所述的載體材料選自凝膠、纖維素、玻璃、塑料、珠粒和平板。
9.權(quán)利要求1-6的化合物，其中基質(zhì)選自Ciphergen PS10芯片；Ciphergen PS20芯片；Reacti-Gel；UltraLink；UltraLink DADPA，PharmaLink，AminoLink；CarboLink；SulfoLink；MagnaBind珠粒；和UltraLink馬來酰亞胺。
10.一種識別與權(quán)利要求1-6的化合物結(jié)合的生物分子的方法，包括步驟(1)在允許試樣內(nèi)的生物分子與所述化合物結(jié)合的條件下，將試樣與權(quán)利要求1-6的化合物接觸，其中所述的生物分子通過與所述化合物結(jié)合被固定在基質(zhì)上；(2)從所述基質(zhì)中釋放所述結(jié)合的生物分子；以及(3)對所釋放的生物分子進行表征。
11.權(quán)利要求10的方法，還包括用合適的緩沖液洗滌所述基質(zhì)的步驟，以在接觸步驟后除去非特異性結(jié)合的后生物。
12.權(quán)利要求10的方法，其中與權(quán)利要求1-6的化合物結(jié)合的生物分子包括多肽、多聚核苷酸、碳水化合物或脂質(zhì)。
13.權(quán)利要求12的方法，其中與權(quán)利要求1-6的化合物結(jié)合的生物分子包括多肽。
14.權(quán)利要求10的方法，其中所述的生物分子與權(quán)利要求1-6的化合物是共價結(jié)合。
15.權(quán)利要求10的方法，其中所述的生物分子與權(quán)利要求1-6的化合物是非共價結(jié)合。
16.權(quán)利要求10的方法，其中所述的釋放步驟包括將所述的基質(zhì)與過量權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)接觸的步驟。
17.權(quán)利要求10的方法，其中所述的釋放步驟包括將包含在權(quán)利要求1-6的化合物內(nèi)的二硫鍵鍵合破壞的步驟。
18.權(quán)利要求10的方法，其中所述的釋放步驟包括當(dāng)權(quán)利要求1-6的化合物含有生物素及其互補蛋白的特異性結(jié)合對時，所述的基質(zhì)與過量的生物素接觸的步驟。
19.權(quán)利要求10的方法，其中所述的基質(zhì)包括蛋白芯片。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述的釋放步驟包括步驟(1)將能量吸收分子加入到蛋白芯片的表面上；以及(2)將所述的蛋白芯片表面暴露于氮激光中。
21.權(quán)利要求10的方法，進一步包括在存在和不存在權(quán)利要求1-6的化合物、權(quán)利要求1-6的化合物的前體化合物或權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)的情況下比較生物分子的生物學(xué)活性的步驟。
22.一種識別與權(quán)利要求1-6的化合物的前體化合物相結(jié)合的生物分子的方法，包括步驟(1)在試驗樣品內(nèi)的生物分子與所述的前體化合物能夠相互結(jié)合的條件下，將試驗樣品與所述的前體化合物相接觸；(2)所述的前體化合物固定于基質(zhì)以形成權(quán)利要求1-6的化合物，其中通過與權(quán)利要求1-6的化合物結(jié)合所述的生物分子被固定于基質(zhì)；(3)從基質(zhì)中釋放結(jié)合的生物分子；以及(4)對釋放出的生物分子表征。
23.權(quán)利要求22的方法，進一步包括用合適的緩沖液洗滌基質(zhì)的步驟，以在接觸步驟后除去非特異性結(jié)合的后生物。
24.權(quán)利要求22的方法，其中與權(quán)利要求1-6的化合物結(jié)合的生物分子包括多肽、多聚核苷酸、碳水化合物或脂質(zhì)。
25.權(quán)利要求24的方法，其中與權(quán)利要求1-6的化合物結(jié)合的生物分子包括多肽。
26.權(quán)利要求22的方法，其中生物分子與權(quán)利要求1-6的化合物是共價結(jié)合。
27.權(quán)利要求22的方法，其中生物分子與權(quán)利要求1-6的化合物是非共價結(jié)合。
28.權(quán)利要求22的方法，其中所述的釋放步驟包括將基質(zhì)與過量的權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)相接觸的步驟。
29.權(quán)利要求22的方法，其中所述的釋放步驟包括將包含在權(quán)利要求1-6的化合物內(nèi)的二硫鍵鍵合破壞的步驟。
30.權(quán)利要求22的方法，其中所述的釋放步驟包括當(dāng)權(quán)利要求1-6的化合物含有生物素及其互補蛋白的特異性結(jié)合對時，將所述的基質(zhì)與過量的生物素接觸的步驟。
31.權(quán)利要求22的方法，其中所述的基質(zhì)包括蛋白-芯片。
32.權(quán)利要求31的方法，其中所述的釋放步驟包括步驟(1)將能量吸收分子加入到蛋白-芯片的表面上；以及(2)將所述的蛋白-芯片表面暴露于氮激光中。
33.權(quán)利要求22的方法，進一步包括在存在和不存在權(quán)利要求1-6的化合物、權(quán)利要求1-6的化合物的前體化合物或權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)的情況下比較生物分子的生物學(xué)活性的步驟。
34.一種識別與微管蛋白相結(jié)合的化合物方法，包括步驟(a)合成模擬權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)的化合物；以及(b)測定模擬權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)的化合物結(jié)合聚合微管蛋白的能力。
35.權(quán)利要求34的方法，其中在合成步驟中，權(quán)利要求1-6的化合物是 抗生物素蛋白芯片。
36.一種調(diào)節(jié)聚合微管蛋白活性的方法，包括聚合微管蛋白與權(quán)利要求1-6的化合物、權(quán)利要求1-6的化合物的前體化合物、權(quán)利要求1-6的化合物的核心結(jié)構(gòu)化合物相接觸的步驟。
37.權(quán)利要求36的方法，包括聚合微管蛋白與 抗生物素蛋白芯片，其前體化合物或核心結(jié)構(gòu)化合物相接觸的步驟。
38.一種破壞細胞中有絲分裂紡錘體功能的方法，包括將所述細胞與式1化合物、式1化合物的前體化合物或式1化合物的核心結(jié)構(gòu)相接觸的步驟。
39.權(quán)利要求38的方法，包括所述細胞與 抗生物素蛋白芯片，其前體化合物或核心結(jié)構(gòu)化合物相接觸的步驟。
全文摘要
本發(fā)明涉及固定的式1N－取代的三環(huán)3－氨基吡唑化合物在有治療意義的細胞中作為識別生物分子靶標(biāo)的工具，描述了化合物的選擇性、預(yù)測了可能的相關(guān)毒性、以及研究了在生物體系中與化合物有關(guān)的治療指標(biāo)的作用機理。這些試劑可用于識別生物分子，其具有與固定試劑發(fā)生相互作用的潛能。然后，經(jīng)識別后的生物分子可用作治療試劑、藥物作用的標(biāo)記、或描述固定試劑的一種不利的或有毒的潛在性。
文檔編號A61K31/4162GK1914179SQ200480040417
公開日2007年2月14日 申請日期2004年11月10日 優(yōu)先權(quán)日2003年11月13日
發(fā)明者何智勇, R·A·小加勒莫, D·L·約翰遜, 梅建明, S·M·貝爾科夫斯基, R·W·康諾爾斯 申請人:詹森藥業(yè)有限公司