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甲基丙烯酰-CoA的制造方法_2

文檔序號:9620352閱讀:來源:國知局
胞菌(Pseudomonas azotoformans)、巴利阿里假單胞菌(Pseudomonas balearica)、拜氏假 單胞菌(Pseudomonas beijerinsckii)、甜菜假單胞菌(Pseudomonas beteli)、北城假單胞 菌(Pseudomonas boreopolis)、氫碳酸假單胞菌(Pseudomonas carboxyhydrogena)、番木 瓜假單胞菌(Pseudomonas caricapapayae)、菊苣假單胞菌(Pseudomonas cichorii)、青紫 葛假單胞菌(Pseudomonas cissicola)、香茅醇假單胞菌(Pseudomonas citronellolis)、 暈斑假單胞菌(Pseudomonas coronafaciens)、皺紋假單胞菌(Pseudomonas corrugate)、 杜氏假單胞菌(Pseudomonas doudoroffii)、刺狀假單胞菌(Pseudomonas echinoids)、伸 長假單胞菌(Pseudomonas elongate)、天仙果假單胞菌(Pseudomonas ficuserectae)、 變黃假單胞菌(Pseudomonas flavescens)、彎曲假單胞菌(Pseudomonas flectens)、焚 光假單胞菌(Pseudomonas fluorescens)、莓實(shí)假單胞菌(Pseudomonas fragi)、黃褐假 單胞菌(Pseudomonas fulva)、褐鞘假單胞菌(Pseudomonas fuscovaginae)、石花菜假 單胞菌(Pseudomonas gelidicola)、彎曲假單胞菌(Pseudomonas geniculata)、格氏 假單胞菌(Pseudomonas glathei)、嗜鹽假單胞菌(Pseudomonas halophila)、棲木權(quán)假 單胞菌(Pseudomonas hibiscicola)、哈特假單胞菌(Pseudomonas huttiensis)、懶惰 假單胞菌(Pseudomonas iners)、柳葉刀形假單胞菌(Pseudomonas lancelota)、勒氏假 單胞菌(Pseudomonas lemoignei)、隆德假單胞菌(Pseudomonas lundensis)、淺黃假單 胞菌(Pseudomonas Iuteola)、邊緣假單胞菌(Pseudomonas marginalis)、苦楝假單胞 菌(Pseudomonas meliae)、門多薩假單胞菌(Pseudomonas mendocina)、霉味假單胞菌 (Pseudomonas mucidolens)、蒙氏假單胞菌(Pseudomonas monteiIli)、航海假單胞菌 (Pseudomonas nautica)、硝基還原假單胞菌(Pseudomonas nitroreducens)、食油假單胞 菌(Pseudomonas oleovorans)、棲稻假單胞菌(Pseudomonas oryzihabitans)、百日咳假單 胞菌(Pseudomonas pertucinogena)、吩嗪假單胞菌(Pseudomonas phenazinium)、皮克特 假單胞菌(Pseudomonas pictorum)、假產(chǎn)喊假單胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、 惡臭假單胞菌(Pseudomonas putida)、吡略菌素假單胞菌(Pseudomonas pyrrocinia)、食 樹脂假單胞菌(Pseudomonas resinovorans)、羅氏假單胞菌(Pseudomonas rhodesiae)、嗜 糖假單胞菌(Pseudomonas saccharophila)、薩氏假單胞菌(Pseudomonas savastanoi)、 多刺假單胞菌(Pseudomonas spinosa)、斯塔氏假單胞菌(Pseudomonas stanieri)、稻 草假單胞菌(Pseudomonas straminae)、施氏假單胞菌(Pseudomonas stutzeri)、類黃 假單胞菌(Pseudomonas synxantha)、丁香假單胞菌(Pseudomonas syringae)、蒲桃假 單胞菌(Pseudomonas syzygii)、腐臭假單胞菌(Pseudomonas taetrolens)、托拉氏假 單胞菌(Pseudomonas tolaasii)、韋龍氏假單胞菌(Pseudomonas veronii)、綠黃假 單胞菌(Pseudomonas viridiflava)、Pseudomonas vulgaris、威斯康辛綠胺假單胞菌 (Pseudomonas wisconsinensis)等。 作為分類為紅球菌(Rhodococcus)屬的微生物,可舉出例如,紫紅紅球菌 (Rhodococcus rhodocrous)、紅串紅球菌(Rhodococcus erythropolis)、馬紅球 菌(Rhodococcus equi)、渾池紅球菌(Rhodococcus opacus)、木質(zhì)素降解紅球菌 (Rhodococcus jostii)、嗜吡啶紅球菌(Rhodococcus pyridinovorans)、棒象紅球 菌(Rhodococcus rhodnii)、珊瑚紅球菌(Rhodococcus coralIinus)、深紅紅球菌 (Rhodococcus rubropertinctus)、嗜類紅球菌(Rhodococcus coprophiIus)、圓紅球 菌(Rhodococcus globerulus)、氯酷紅球菌(Rhodococcus chlorophenolicus)、藤黃 紅球菌(Rhodococcus Iuteus)、愛知紅球菌(Rhodococcus aichiensis)、楚布紅球菌 (Rhodococcus chubuensis)、海水紅球菌(Rhodococcus maris)、成束紅球菌(Rhodococcus fascines)等。 優(yōu)選為以這些微生物作為來源的脫水酶,特別優(yōu)選為從3-羥基異丁酰-CoA向甲基丙 烯酰-CoA的轉(zhuǎn)變率為50%以上的酶轉(zhuǎn)變率更優(yōu)選為55%以上,進(jìn)一步優(yōu)選為60%以上。 這里,所謂轉(zhuǎn)變率為50%以上,是指原料3-羥基異丁酰-CoA的半量以上向甲基丙烯 酰-CoA轉(zhuǎn)變,是指處于反應(yīng)結(jié)束時的甲基丙烯酰-CoA的生成量超過原料的3-羥基異丁 酰-CoA的殘存量的狀態(tài)。 本發(fā)明中的轉(zhuǎn)變率通過以下式子來求出。
[甲基丙烯酰-CoA生成量]/[3-羥基異丁酰-CoA殘存量+甲基丙烯酰-CoA生成 量]XlOO 在本發(fā)明中,特別有用的脫水酶為選自由以下的(a)~(f)所組成的組中的任一蛋白 質(zhì)。 (a) 包含序列號1或3所示的氨基酸序列的蛋白質(zhì)。 (b) 包含在序列號1或3所示的氨基酸序列中缺失、置換、附加和/或插入了 1個或幾 個氨基酸的氨基酸序列,并且具有脫水酶活性的蛋白質(zhì)。 (c) 與包含序列號1或3所示的氨基酸序列的蛋白質(zhì)顯示90%以上的同一性,并且具 有脫水酶活性的蛋白質(zhì)。 (d) 由包含序列號2或4所示的堿基序列的DNA編碼的蛋白質(zhì)。 (e) 由與包含序列號2或4所示的堿基序列的DNA在嚴(yán)格的條件下雜交的DNA編碼,并 且具有脫水酶活性的蛋白質(zhì)。 (f) 由與包含序列號2或4所示的堿基序列的DNA顯示90%以上的同一性的DNA編碼, 并且具有脫水酶活性的蛋白質(zhì)。 在本發(fā)明中,脫水酶具有序列號1或3所示的氨基酸序列。 在本發(fā)明中,脫水酶不限于具有上述序列的脫水酶,包含與序列號1或3記載的氨基酸 序列具有約50%以上,優(yōu)選為約60%以上,更優(yōu)選為約70%以上,進(jìn)一步優(yōu)選為約80%以 上,特別優(yōu)選為約90%以上,進(jìn)一步特別優(yōu)選為約95%以上,最優(yōu)選為約98%以上的相同 性或同一性的氨基酸序列,并且具有脫水酶活性的蛋白質(zhì)也包括在本發(fā)明的脫水酶中。 上述的相同性的數(shù)值使用作為序列解析軟件的DNASIS (日立Software Engineering),例如通過執(zhí)行最大匹配法的指令來求出。此時的參數(shù)為默認(rèn)的設(shè)定(初始 設(shè)定)。此外,在本發(fā)明中在脫水酶中,也包括包含在序列號1或3記載的氨基酸序列中缺 失、置換、附加和/或插入了 1個或幾個氨基酸的氨基酸序列,并且具有脫水酶活性的蛋白 質(zhì)。 可舉出⑴在序列號1或3記載的氨基酸序列中缺失了 1~20個(例如1~10個, 優(yōu)選為1~5個,進(jìn)一步優(yōu)選為1~2個)氨基酸的氨基酸序列,(ii)序列號1或3記載 的氨基酸序列的1~20個(例如1~10個,優(yōu)選為1~5個,進(jìn)一步優(yōu)選為1~2個)氨 基酸被置換成其它氨基酸的氨基酸序列,(iii)對序列號1或3記載的氨基酸序列附加了 1~20個(例如1~10個,優(yōu)選為1~5個,進(jìn)一步優(yōu)選為1~2個)氨基酸的氨基酸序 列,(iv)對序列號1或3記載的氨基酸序列插入了 1~20個(例如1~10個,優(yōu)選為1~ 5個,進(jìn)一步優(yōu)選為1~2個)氨基酸的氨基酸序列,(V)將上述(i)~(iv)組合而得的氨 基酸序列。 在氨基酸序列的1個或幾個氨基酸置換的情況下,優(yōu)選為類似的氨基酸殘基間的保留 型置換。例如氨基酸基于其側(cè)鏈的性質(zhì)分類成疏水性氨基酸(A、I、L、M、F、P、W、Y、V)、親水 性氨基酸(R、D、N、C、E、Q、G、H、K、S、T)、具有脂肪族側(cè)鏈的氨基酸(G、A、V、L、I、P)、具有 含有羥基的側(cè)鏈的氨基酸(S、T、Y)、具有含有硫原子的側(cè)鏈的氨基酸(C、M)、具有含有羧酸 和酰胺的側(cè)鏈的氨基酸(D、N、E、Q)、具有含有堿的側(cè)鏈的氨基酸(R、K、H)、具有含有芳香族 的側(cè)鏈的氨基酸(H、F、Y、W)。已知分類到各組的氨基酸在相互置換時,維持其多肽活性的 可能性高,優(yōu)選為那樣的氨基酸相互的置換??梢耘e出例如,甘氨酸與脯氨酸、甘氨酸與丙 氨酸或纈氨酸、亮氨酸與異亮氨酸、谷氨酸與谷氨酰胺、天冬氨酸與天冬酰胺、半胱氨酸與 蘇氨酸、蘇氨酸與絲氨酸或丙氨酸、賴氨酸與精氨酸間的置換。 在本發(fā)明中,編碼脫水酶的基因包含例如:包含序列號2或4所記載的堿基序列的 DNA0 在本發(fā)明中,編碼脫水酶的基因不限定于上述序列,具有與序列號2或4記載的堿
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