本發(fā)明涉及微生物分離鑒定技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法。
背景技術(shù):
植物內(nèi)生真菌(endophyticfungi)是指那些生活在地上部分且活的植物組織體內(nèi),但不引起宿主植物患病的一類有益真菌。因此,植物內(nèi)生真菌是植物體內(nèi)微生態(tài)系統(tǒng)中的天然組成成分,其長(zhǎng)期生活在植物體內(nèi)這種特殊環(huán)境中,不會(huì)導(dǎo)致植物患病,反而與宿主植物協(xié)同進(jìn)化,并在演化過(guò)程中逐漸形成互惠共生的關(guān)系。藥用植物內(nèi)生真菌的次生代謝產(chǎn)物十分豐富,具有抗菌、抗腫瘤、抗病毒、殺蟲、調(diào)節(jié)免疫及促進(jìn)植物生長(zhǎng)等生物活性,是篩選生物活性成分或先導(dǎo)化合物的有效途徑之一,在工業(yè)發(fā)酵、生物制藥、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等領(lǐng)域具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。
諾麗(morindacitrifolialinn.)是茜草科巴戟天屬的植物,在熱帶地區(qū)有著悠久的食用歷史,最早可追溯到317世紀(jì)晚期。1943年,美國(guó)政府將諾麗果認(rèn)定為可食用植物資源;2003年,歐盟委員會(huì)提名諾麗果汁為一種新資源食品;2010年5月,中國(guó)衛(wèi)生部批準(zhǔn)諾麗果漿為新資源食品?,F(xiàn)代醫(yī)學(xué)和生物學(xué)研究證明,諾麗果和果汁對(duì)某些疾病具有一定的治療和輔助治療作用,如抗腫瘤、提高免疫力、抗氧化、護(hù)肝、抗菌消炎、改善糖尿病、抗血脂、降血壓、改善痛風(fēng)等。近幾年來(lái),隨著研究的不斷深入和新功能的不斷發(fā)現(xiàn),諾麗果已經(jīng)成為世界藥用植物和保健飲料的新寵。
諾麗因其卓有特效的抗癌效果而屢遭砍伐及毀滅性利用,加上種群分布的局限性,使得該植物種質(zhì)資源并不豐富,甚至于處于瀕危滅絕的邊緣。由于內(nèi)生真菌具有產(chǎn)生和寄主植物一樣的次生代謝產(chǎn)物和活性成分,且分離純化的內(nèi)生真菌能通過(guò)發(fā)酵技術(shù)生產(chǎn)相應(yīng)的活性物質(zhì),內(nèi)生真菌的藥用價(jià)值已成為國(guó)際熱點(diǎn),需最大可能地保留內(nèi)生真菌不被殺滅。目前內(nèi)生真菌常采用組織分離法分離,其缺陷有:(1)表面過(guò)分消毒,殺死部分內(nèi)生真菌;(2)表面消毒不充分,表面菌污染;(3)生長(zhǎng)快的內(nèi)生真菌覆蓋一些生長(zhǎng)緩慢的真菌;(4)所用培養(yǎng)基不能確保所有內(nèi)生真菌都生長(zhǎng)。諾麗內(nèi)生真菌的藥用潛力并沒(méi)有實(shí)現(xiàn)較大程度的挖掘。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的在于提供一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法。本發(fā)明提供的方法能夠?qū)崿F(xiàn)諾麗內(nèi)生真菌的有效分離和鑒定,為抗癌、抗炎藥物研發(fā)提供新思路。
本發(fā)明提供了一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法,包括以下步驟:
1)對(duì)諾麗果和葉進(jìn)行表面消毒;
2)將諾麗果和葉的內(nèi)部組織置于馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基上,25±1℃黑暗條件下培養(yǎng)8~10天;
3)將步驟2)培養(yǎng)得到的菌株進(jìn)行傳代培養(yǎng),通過(guò)4~5次連續(xù)的菌絲尖端轉(zhuǎn)移進(jìn)行純化,得到諾麗內(nèi)生真菌;
4)對(duì)步驟3)得到的諾麗內(nèi)生真菌進(jìn)行its測(cè)序鑒定。
優(yōu)選的是,所述步驟1)中的諾麗果和葉為八成熟。
優(yōu)選的是,所述步驟1)的表面消毒包括次氯酸鈉溶液消毒和乙醇溶液消毒。
優(yōu)選的是,所述次氯酸鈉溶液中次氯酸鈉的質(zhì)量濃度為2.6~3.5%,所述乙醇溶液中乙醇的質(zhì)量濃度為75%。
優(yōu)選的是,次氯酸鈉溶液消毒的時(shí)間為60~300s,乙醇溶液消毒的時(shí)間為30~180s。
優(yōu)選的是,所述步驟1)的表面消毒后還包括:采用無(wú)菌水對(duì)諾麗果和葉清洗2~4次。
優(yōu)選的是,步驟2)得到的諾麗果和葉的邊緣部分采用組織印跡法進(jìn)行無(wú)菌檢測(cè)。
優(yōu)選的是,所述步驟3)得到的諾麗內(nèi)生真菌后還包括:將諾麗內(nèi)生真菌在馬鈴薯葡萄糖肉湯培養(yǎng)基中進(jìn)行培養(yǎng),所述培養(yǎng)條件為25±1℃,20rpm進(jìn)行液體暗培養(yǎng)。
優(yōu)選的是,所述步驟4)的its測(cè)序鑒定基于核糖體its區(qū)域的its1f和its4基因序列。
優(yōu)選的是,所述its測(cè)序鑒定用引物如seqidno:1和seqidno:2所示。
本發(fā)明提供了一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法,實(shí)現(xiàn)了內(nèi)生真菌的有效分離、純化和鑒定。本發(fā)明提供的植物樣品表面消毒方法既能保證充分消毒,達(dá)到有效去除表面污染菌的目的,又能避免過(guò)度的表面消毒,將部分內(nèi)生真菌殺死,克服了現(xiàn)有植物內(nèi)生真菌分離方法存在的某些菌種丟失的缺陷。通過(guò)多次試驗(yàn)發(fā)現(xiàn),25±1℃既有利于內(nèi)生真菌的生長(zhǎng)又抑制內(nèi)生細(xì)菌的萌發(fā),黑暗條件是模擬傳統(tǒng)發(fā)酵和植物自然生長(zhǎng)的條件,有利于內(nèi)生真菌的生長(zhǎng),本發(fā)明采用25±1℃黑暗條件下培養(yǎng)8~10天。核糖體itsrdna區(qū)域與rdna的其他基因區(qū)相比,具有最佳的變異度和分辨率,能將諾麗內(nèi)生真菌進(jìn)行分子識(shí)別并鑒別到種的水平。我國(guó)許多珍稀植物資源不斷減少,甚至瀕臨滅絕。本發(fā)明提供的內(nèi)生真菌分離方法,能夠有效分離植物內(nèi)生真菌,通過(guò)發(fā)酵技術(shù)生產(chǎn)相應(yīng)的活性物質(zhì),這對(duì)植物資源的保護(hù)和可持續(xù)利用具有重要的價(jià)值。
附圖說(shuō)明
圖1為本發(fā)明實(shí)施例1提供的諾麗果和葉的內(nèi)生真菌的itsrdnapcr擴(kuò)增片段的瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果圖;
圖2為本發(fā)明實(shí)施例1提供的諾麗果和葉中分離得到的內(nèi)生真菌培養(yǎng)圖片。
具體實(shí)施方式
本發(fā)明提供了一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法,包括以下步驟:
1)對(duì)諾麗果和葉進(jìn)行表面消毒;
2)將諾麗果和葉的內(nèi)部組織置于馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基上,25±1℃黑暗條件下培養(yǎng)8~10天;
3)將步驟2)培養(yǎng)得到的菌株進(jìn)行傳代培養(yǎng),通過(guò)4~5次連續(xù)的菌絲尖端轉(zhuǎn)移進(jìn)行純化,得到諾麗內(nèi)生真菌;
4)對(duì)步驟3)得到的諾麗內(nèi)生真菌進(jìn)行its測(cè)序鑒定。
本發(fā)明對(duì)諾麗果和葉進(jìn)行表面消毒。在本發(fā)明中,優(yōu)選選取健康、八成熟的諾麗果和葉。在本發(fā)明中,所述諾麗果和葉優(yōu)選在用無(wú)菌水沖洗后進(jìn)行保存?zhèn)溆?,所述保存的溫度?yōu)選為4℃。
在本發(fā)明中,所述表面消毒包括次氯酸鈉溶液消毒和乙醇溶液消毒。在本發(fā)明中,所述次氯酸鈉溶液中次氯酸鈉的質(zhì)量濃度為2.6~3.5%,所述乙醇溶液中乙醇的質(zhì)量濃度為75%。
在本發(fā)明中,次氯酸鈉溶液消毒的時(shí)間為60~300s,乙醇溶液消毒的時(shí)間為30~180s。本發(fā)明優(yōu)選采用次氯酸鈉溶液和乙醇溶液進(jìn)行消毒,所述次氯酸鈉溶液的處理時(shí)間優(yōu)選獨(dú)立地選自60s、120s、180s、240s或300s;所述乙醇溶液的處理時(shí)間優(yōu)選獨(dú)立地選自30s、60s、90s、120s、150s或180s;即本發(fā)明優(yōu)選從上述30個(gè)組合中選取任意一種組合進(jìn)行諾麗果和葉的消毒,具體組合方式如下:次氯酸鈉溶液浸泡時(shí)間+乙醇溶液消毒時(shí)間:60s+30s、60s+60s、60s+90s、60s+120s、60s+150s、60s+180s;120s+30s、120s+60s、120s+90s、120s+120s、120s+150s、120s+180s;180s+30s、180s+60s、180s+90s、180s+120s、180s+150s、180s+180s;240s+30s、240s+60s、240s+90s、240s+120s、240s+150s、240s+180s;300s+30s、300s+60s、300s+90s、300s+120s、300s+150s、300s+180s。本發(fā)明優(yōu)選選取次氯酸鈉溶液浸泡時(shí)間+乙醇溶液消毒時(shí)間120s+30s、120s+60s、180s+30s、180s+60s、240s+30s、240s+60s、300s+30s、300s+60s進(jìn)行消毒,最優(yōu)選采用次氯酸鈉溶液浸泡時(shí)間+乙醇溶液消毒時(shí)間80s+180s、240s+150s、240s+180s、300s+90s、300s+120s、300s+150s、300s+180s進(jìn)行消毒。
在本發(fā)明中,所述表面消毒后,優(yōu)選采用無(wú)菌水對(duì)諾麗果和葉清洗2~4次,更優(yōu)選為3次。本發(fā)明在清洗后,優(yōu)選吸干水分,本發(fā)明對(duì)所述吸干的方法沒(méi)有特殊的限定,采用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的常規(guī)水分吸干方法即可,如采用無(wú)菌濾紙吸干水分。
得到表面消毒后的諾麗果和葉,本發(fā)明將諾麗果和葉的內(nèi)部組織置于馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基上,25±1℃黑暗條件下培養(yǎng)8~10天。本發(fā)明優(yōu)選通過(guò)去除諾麗果和葉的邊緣部分以獲得諾麗果和葉的內(nèi)部組織,本發(fā)明對(duì)所述去除的方法沒(méi)有特殊的限定,具體的,本發(fā)明優(yōu)選采用滅菌手術(shù)刀去除諾麗果和葉的邊緣部分0.5~0.8cm。本發(fā)明得到諾麗果和葉的邊緣部分后,優(yōu)選對(duì)邊緣部分進(jìn)行無(wú)菌檢測(cè)。在本發(fā)明中,所述無(wú)菌檢測(cè)的方法優(yōu)選采用組織印跡法:將諾麗果和葉的邊緣部分置于馬鈴薯葡萄糖瓊脂(pda)固體培養(yǎng)基平板上,輕輕滾動(dòng)或緊貼培養(yǎng)基放置2min,接著移去諾麗果和葉的邊緣部分,在25±1℃、黑暗條件下恒溫培養(yǎng)8~10天,無(wú)雜菌長(zhǎng)出即說(shuō)明消毒后的果塊或葉塊表面無(wú)菌,驗(yàn)證表面無(wú)菌后,本發(fā)明將無(wú)菌的內(nèi)部組織進(jìn)行后續(xù)的處理。本發(fā)明采用組織塊印記法作對(duì)照,確保分離鑒定的是諾麗果和葉的內(nèi)生真菌,具有操作簡(jiǎn)單快捷、成本較低的優(yōu)勢(shì)。
本發(fā)明得到諾麗果和葉的內(nèi)部組織后,優(yōu)選將果內(nèi)部或中心部分切分成1cm×1cm大小的組織塊,葉內(nèi)部或中心部分切分成0.5cm×0.5cm大小的組織塊,本發(fā)明將組織塊置于馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基上25℃黑暗條件下培養(yǎng)8~10天。本發(fā)明對(duì)所述pda培養(yǎng)基的制備方法沒(méi)有特殊的限定,采用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的pda培養(yǎng)基即可,具體的,所述馬鈴薯葡萄糖瓊脂(pda)固體培養(yǎng)基的成分為:馬鈴薯浸粉3g、葡萄糖20g、瓊脂粉15g、氯霉素0.1g,每1000ml蒸餾水中加pda38g;使用前pda固體培養(yǎng)基在121℃、0.1mpa下滅菌20min。
本發(fā)明將上述培養(yǎng)得到的菌株分別傳代培養(yǎng),通過(guò)4~5次連續(xù)的菌絲尖端轉(zhuǎn)移進(jìn)行純化,得到諾麗內(nèi)生真菌。在本發(fā)明中,所述諾麗內(nèi)生真菌在馬鈴薯葡萄糖肉湯培養(yǎng)基(pdb)中進(jìn)行傳代培養(yǎng),所述傳代培養(yǎng)條件為25±1℃,20rpm進(jìn)行液體暗培養(yǎng)。本發(fā)明對(duì)所述pdb培養(yǎng)基的制備方法沒(méi)有特殊的限定,采用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的pdb培養(yǎng)基即可,具體的,所述馬鈴薯葡萄糖肉湯(pdb)液體培養(yǎng)基的成分為:馬鈴薯浸粉5g、葡萄糖15g、蛋白胨10g、氯化鈉5g,每1000ml蒸餾水中加pdb35g;使用前pdb液體培養(yǎng)基在121℃、0.1mpa下滅菌20min。
得到諾麗內(nèi)生真菌后,本發(fā)明對(duì)諾麗內(nèi)生真菌進(jìn)行its測(cè)序鑒定。本發(fā)明的測(cè)序鑒定為對(duì)諾麗內(nèi)生真菌進(jìn)行進(jìn)一步分類。在本發(fā)明中,所述its測(cè)序鑒定基于核糖體its區(qū)域的its1f和its4基因序列。在本發(fā)明中,所述its測(cè)序鑒定用引物如seqidno:1和seqidno:2所示。所述引物的具體序列為its4:5’-tcctccgcttattgatatgc-3’(seqidno:1);its1f:5’-cttggtcatttagaggaagtaa-3’(seqidno:2)。本發(fā)明所述引物擴(kuò)增得到的序列片段大小分別為700bp和500~700bp,條帶需單一明亮。本發(fā)明引物擴(kuò)增出的序列經(jīng)測(cè)序后語(yǔ)ncbi數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行blast比對(duì),進(jìn)行菌種的鑒定。本發(fā)明對(duì)所述pcr的擴(kuò)增條件沒(méi)有特殊的限定,采用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的基因擴(kuò)增方法條件即可。本發(fā)明優(yōu)選選取諾麗內(nèi)生真菌的基因組dna為模板進(jìn)行擴(kuò)增,本發(fā)明對(duì)所述基因組的提取方法沒(méi)有特殊的限定,采用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的市售真菌基因組dna提取試劑盒進(jìn)行提取即可。
下面結(jié)合具體實(shí)施例對(duì)本發(fā)明所述的一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法做進(jìn)一步詳細(xì)的介紹,本發(fā)明的技術(shù)方案包括但不限于以下實(shí)施例。
實(shí)施例1
本發(fā)明在2016年3月至2016年12月從中國(guó)海南省??谑?北緯20°03′35",東經(jīng)110°19′44",海拔9m)、萬(wàn)寧市(北緯18°45′24",東經(jīng)110°72′06",海拔33m)、瓊海市(北緯19°16′56",東經(jīng)110°37′46",海拔10m)、三亞市(北緯18°20′38",東經(jīng)109°34′41",海拔35m)、臨高市(北緯19°54′58",東經(jīng)109°38′46",海拔76m)、儋州市(北緯19°30′38",東經(jīng)109°34′21",海拔158m)六個(gè)市縣獲得。
本發(fā)明諾麗(morindacitrifolialinn.)內(nèi)生真菌的具體分離純化操作步驟如下:
(1)諾麗果和葉的準(zhǔn)備:采集諾麗健康、八成熟的果和葉,無(wú)菌水沖洗后,即得待分離內(nèi)生真菌的植物樣品,將其存放無(wú)菌袋中于4℃保存。
(2)植物樣品的表面消毒與無(wú)菌檢測(cè):將所述植物樣品用純凈水洗凈,分別依次以2.6%-3.5%次氯酸鈉+75%酒精按照不同的消毒時(shí)間做30個(gè)組合進(jìn)行表面消毒,具體方案如下:次氯酸鈉浸泡時(shí)間+酒精消毒時(shí)間60s+30s、60s+60s、60s+90s、60s+120s、60s+150s、60s+180s;120s+30s、120s+60s、120s+90s、120s+120s、120s+150s、120s+180s;180s+30s、180s+60s、180s+90s、180s+120s、180s+150s、180s+180s;240s+30s、240s+60s、240s+90s、240s+120s、240s+150s、240s+180s;300s+30s、300s+60s、300s+90s、300s+120s、300s+150s、300s+180s。然后無(wú)菌水洗滌3次,無(wú)菌濾紙吸干水分。用滅過(guò)菌的手術(shù)刀將果和葉邊緣部分去除,果內(nèi)部或中心部分切分成1cm×1cm大小的組織塊,葉內(nèi)部或中心部分切分成0.5cm×0.5cm大小的組織塊。部分果塊或葉塊放在滅過(guò)菌的馬鈴薯葡萄糖瓊脂(pda)固體培養(yǎng)基平板上,25±1℃、黑暗條件下恒溫培養(yǎng)8~10天。
將另一部分果塊和葉塊進(jìn)行無(wú)菌檢測(cè):采用組織印跡法,將果塊或葉塊置于馬鈴薯葡萄糖瓊脂(pda)固體培養(yǎng)基平板上,輕輕滾動(dòng)或緊貼培養(yǎng)基放置2min,接著移去果塊或葉塊,在25±1℃、黑暗條件下恒溫培養(yǎng)8-10天,無(wú)雜菌長(zhǎng)出即說(shuō)明消毒后的果塊或葉塊表面無(wú)菌。
所述馬鈴薯葡萄糖瓊脂(pda)固體培養(yǎng)基的成分為:馬鈴薯浸粉3g、葡萄糖20g、瓊脂粉15g、氯霉素0.1g,每1000ml蒸餾水中加pda38g;使用前pda固體培養(yǎng)基在121℃、0.1mpa下滅菌20min。
(3)內(nèi)生真菌的分離純化培養(yǎng):當(dāng)步驟(2)的馬鈴薯葡萄糖瓊脂(pda)固體培養(yǎng)基平板上的諾麗果塊或葉塊周圍長(zhǎng)出菌絲時(shí),采用尖端菌絲挑取法,把培養(yǎng)得到的菌絲尖端部分,移至新的pda平板培養(yǎng)基上,25±1℃黑暗條件下培養(yǎng)8-10天長(zhǎng)出完整菌落;重復(fù)上述步驟4-5次直至得到純菌落,即得植物內(nèi)生真菌,挑取純菌落內(nèi)生真菌的尖端部分移至pda斜面培養(yǎng)基上,25±1℃、黑暗條件下培養(yǎng)8-10天,于4℃保存;
真菌基因組dna提?。簩⒈4娴闹Z麗果和葉內(nèi)生真菌活化培養(yǎng)后,接種到馬鈴薯葡萄糖肉湯(pdb)液體培養(yǎng)基中,放入恒溫?fù)u床在25±1℃、50rpm/min、黑暗條件下液體培養(yǎng)5天。根據(jù)其形態(tài)特征將其初步分為酵母菌和霉菌,采用真菌基因組dna提取試劑盒的使用方法,提取內(nèi)生真菌的dna。
具體步驟如下:1.對(duì)于酵母菌,取1~2ml培養(yǎng)好的菌液,離心收集,棄上液。加入200μl溶液a,加入20μlrnasea,再加入100mg玻璃珠,在高速振蕩器上振蕩,約5-10min。
1.霉菌(孢子也可相同處理):取1-2ml培養(yǎng)好的菌液,離心收集,棄上液加200μl溶液a,用玻璃研磨器適當(dāng)研磨分散菌絲,加入200μl溶液a,再加入100mg玻璃珠,在高速振蕩器上振蕩約30min。
2.加入20μl的蛋白酶k(10mg/ml),充分混勻,55℃水浴消化30min,消化期間可顛倒離心管混勻數(shù)次。12000rpm離心2min。將上清液轉(zhuǎn)移到一個(gè)新的離心管中。如有沉淀,可再次離心。
3.在上清液中加入200μl溶液b,充分混勻。如出現(xiàn)白色沉淀,可放55℃水浴5min,沉淀即會(huì)消失,不影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)。如溶液未變清亮,說(shuō)明樣品消化不徹底,可能導(dǎo)致提取的dna量少及不純,還可能導(dǎo)致上柱后堵塞柱子,增加消化時(shí)間。
4.再加入200μl無(wú)水乙醇,充分混勻,此時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)絮狀沉淀,不影響dna的提取,將溶液和絮狀沉淀都加入吸附柱,放置2min。
5.12000rpm離心1min,棄廢液,將吸附柱放入收集管中。
6.向吸附柱中加入600μl漂洗液(使用前請(qǐng)先檢查是否已加入無(wú)水乙醇),12000rpm離心1min,棄廢液,將吸附柱放入收集管中,重復(fù)一次。
7.12000rpm離心2min,將吸附柱置于室溫或50℃恒溫箱放置數(shù)分鐘,目的是將吸附柱中殘余的漂洗液去除,否則漂洗液中的乙醇會(huì)影響后續(xù)的實(shí)驗(yàn),如酶切、pcr擴(kuò)增等。
8.將吸附柱放入一個(gè)干凈的離心管中,向吸附膜中央懸空滴加50-200μl經(jīng)65℃水浴預(yù)熱的洗脫液,室溫放置5min,12000rpm離心1min。
9.離心所得的洗脫液再加入吸附柱中,室溫放置2min,12000rpm離心2min,即可得到高質(zhì)量的基因組dna。
以上真菌基因組dna的提取步驟均在室溫下進(jìn)行。
所述馬鈴薯葡萄糖肉湯(pdb)液體培養(yǎng)基的成分為:馬鈴薯浸粉5g、葡萄糖15g、蛋白胨10g、氯化鈉5g,每1000ml蒸餾水中加pdb35g,使用前pdb液體培養(yǎng)基在121℃、0.1mpa下滅菌20min。
對(duì)上述提取的基因組dna,采用通用引物對(duì)its4和its1f進(jìn)行pcr擴(kuò)增。
pcr擴(kuò)增體系:無(wú)菌水9.5μl、2·pcrmix12.5μl、引物ⅰ(its4)1.0μl,引物ⅱ(its1f)1.0μl,dna模板1.0μl,共25μl。(its4:5’-tcctccgcttattgatatgc-3’;its1f;5’-cttggtcatttagaggaagtaa-3’)。
pcr反應(yīng)程序:94℃預(yù)變形5min,94℃變性40s,55℃退火40s,72℃延伸55s,共35個(gè)循環(huán),最后72℃延伸10min,4℃保存,引物序列由海南光威科技有限公司合成。
對(duì)pcr產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè):擴(kuò)增產(chǎn)物在1.2%瓊脂糖凝膠上電泳,并拍照保存。
序列測(cè)定:將pcr擴(kuò)增產(chǎn)物送至北京六合華大基因科技有限公司廣州分公司進(jìn)行測(cè)序,并將序列在ncbi數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行blast比對(duì)。
本發(fā)明在2016年3月-2016年12月采集海南省六個(gè)市(縣)的諾麗果和葉,在時(shí)間和地理位置上均豐富了內(nèi)生真菌的種類。
本發(fā)明對(duì)諾麗果和葉采用不同的表面消毒處理,既能確保充分消毒,達(dá)到有效去除表面污染菌的目的,又能避免過(guò)度的表面消毒,將部分內(nèi)生真菌殺死,克服了現(xiàn)有植物內(nèi)生真菌分離方法存在的某些菌種丟失的缺陷。試驗(yàn)結(jié)果表明:1、2.6%次氯酸鈉+75%酒精在以下8組合消毒時(shí)間處理中除菌效果良好(120s+30s、120s+60s、180s+30s、180s+60s、240s+30s、240s+60s、300s+30s、300s+60s);2、2.6%次氯酸鈉+75%酒精在以下7組合消毒時(shí)間中沒(méi)有菌落長(zhǎng)出(80s+180s、240s+150s、240s+180s、300s+90s、300s+120s、300s+150s、300s+180s)。
本發(fā)明所描述的分離得到諾麗內(nèi)生真菌共有41株,經(jīng)分子生物學(xué)its基因序列分析。pcr擴(kuò)增得到itsrdna的序列片段條帶大小分別為700bp和500-700bp,條帶均單一明亮(圖1)。登錄ncbi數(shù)據(jù)庫(kù)將諾麗內(nèi)生真菌已擴(kuò)增的dna序列用blast進(jìn)行序列比對(duì),分別屬于擔(dān)子菌門(basidiomycota)、子囊菌門(ascomycota)兩個(gè)類群,包括刺盤孢屬(colletotrichum)、間座殼屬(diaporthe)、炭團(tuán)菌屬(hypoxylon)、枝孢屬(cladosporium)、鐮刀菌屬(fusarium)、葉點(diǎn)霉屬(phyllosticta)、赤霉屬(gibberella)、金擔(dān)子菌屬(aureobasidium)、薔薇色酵母屬(rhodotorula)、隱球菌屬(cryptococcus)、曲霉屬(aspergillus)11個(gè)屬,26種(如表1所示)。上述26種諾麗內(nèi)生真菌itsrrna測(cè)序結(jié)果序列如seqidno.3~seqidno.28所示。
本發(fā)明從諾麗(morindacitrifolialinn.)果和葉中分離得到的內(nèi)生真菌特征如下:
m22.菌體黑色,質(zhì)地濕潤(rùn),有色素產(chǎn)生,滲透到培養(yǎng)基中,表面有突起,邊緣不整齊。
m30.菌體黑色,質(zhì)地濕潤(rùn),表面平整,邊緣整齊。
m45.淡褐色菌絲,質(zhì)地濕潤(rùn),產(chǎn)生褐色色素,表面平整,邊緣整齊。
m53.白色菌絲,質(zhì)地濕潤(rùn),表面有液體生成,產(chǎn)生黑色色素,滲透到培養(yǎng)基中,邊緣呈羽毛狀。
m44.白色菌絲,質(zhì)地干燥,表面平整,邊緣不整齊。
m18.棕色孢子,質(zhì)地干燥,白色菌絲,表面平整,邊緣整齊。
m49.菌體褐色,質(zhì)地濕潤(rùn),有色素產(chǎn)生,滲透到培養(yǎng)基中,表面有突起,邊緣不整齊。
m52.白色菌絲,質(zhì)地濕潤(rùn),表面有液體生成,產(chǎn)生黑色色素,滲透到培養(yǎng)基中,邊緣不整齊。
m48.菌體黑色,質(zhì)地干燥,有色素產(chǎn)生,滲透到培養(yǎng)基中,表面有突起,邊緣不整齊。
m51.白色菌絲,質(zhì)地濕潤(rùn),菌絲呈放射狀,滲透到培養(yǎng)基中,表面平整,邊緣不整齊。
m1.白色菌絲,質(zhì)地干燥,呈蓬松狀,表面有黑色孢子,表面凸起,邊緣不整齊。
m2.褐色孢子,質(zhì)地干燥,白色菌絲,背面有褶皺,表面凸起,邊緣不整齊。
m4.白色菌絲,質(zhì)地干燥,呈蓬松狀,表面有褐色孢子,表面凸起,邊緣不整齊。
m8.白色菌絲,質(zhì)地干燥,呈蓬松狀,表面有黑色孢子,背面有褶皺,邊緣不整齊。
m17.白色菌絲上,黑色孢子,質(zhì)地干燥,表面凸起,邊緣不整齊。
m12.褐色孢子,白色菌絲,質(zhì)地干燥,表面凸起,邊緣不整齊。
m15.棕色孢子,白色菌絲,質(zhì)地干燥,表面平整,邊緣整齊。
m16.黑色孢子,白色菌絲,質(zhì)地干燥,表面平整,邊緣不整齊,干燥。
m40.黑色孢子,菌絲淡黃色,質(zhì)地干燥,表面平整,邊緣整齊。
m37.桿狀褐色孢子,白色菌絲,質(zhì)地干燥,背面有褶皺,邊緣不整齊。
j24.菌體透明色,質(zhì)地濕潤(rùn),表面平整,邊緣整齊。
j22.菌體乳白色,質(zhì)地粘稠,不透明,表面凸起,邊緣不整齊。
j12.菌體紅色,質(zhì)地粘稠,不透明,表面凸起,邊緣整齊。
j13.菌體粉紅色,質(zhì)地粘稠,不透明,表面平整,邊緣整齊。
j26.菌體粉紅色,質(zhì)地粘稠,不透明,表面凸起,邊緣整齊。
j32.菌體淡黃色,質(zhì)地濕潤(rùn),不透明,表面平整,邊緣整齊。
表1:諾麗(morindacitrifolialinn.)果和葉中分離得到的內(nèi)生真菌
以上所述僅是本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式,應(yīng)當(dāng)指出,對(duì)于本技術(shù)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員來(lái)說(shuō),在不脫離本發(fā)明原理的前提下,還可以做出若干改進(jìn)和潤(rùn)飾,這些改進(jìn)和潤(rùn)飾也應(yīng)視為本發(fā)明的保護(hù)范圍。
sequencelisting
<110>2017
海南大學(xué)
<120>一種諾麗內(nèi)生真菌的分離鑒定方法
<130>2017
<160>28
<170>patentinversion3.3
<210>1
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<400>1
tcctccgcttattgatatgc20
<210>2
<211>22
<212>dna
<213>人工序列
<400>2
cttggtcatttagaggaagtaa22
<210>3
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<212>dna
<213>人工序列
<400>3
gggggtttcgagtaccgctcttataccctttgtgacataccccaaacgttgcctcggcgg60
gcagccggagcccagctccgtcgcccggagccgccgtctcggcgcgccccacccgccggc120
ggaccaccaaactctatttaaacgacgtctcttctgagtggcacaagcaaataatcaaaa180
cttttaacaacggatctcttggttctggcatcgatgaagaacgcagcgaaatgcgataag240
taatgtgaattgcagaattcagtgaatcatcgaatctttgaacgcacattgcgcccgcca300
gcattctggcgggcatgcctgttcgagcgtcatttcaaccctcaagcaccgcttggcgtt360
ggggccctacggcttccgtaggccccgaaatacagtggcggaccctcccggagcctcctt420
tgcgtagtaacataccacctcgcactgggatccggagggactcctgccgtaaaacccccc480
aattttccaaaggttgacctcggatcaggtaggaatacccgctgaacttaagcatatcaa540
taagcggaggaa552
<210>4
<211>595
<212>dna
<213>人工序列
<400>4
ttattaattgggtaccgctccttataaccctttgtgacataccccaaacgttgcctcggc60
gggcagccggagcccagctccgtcgcccggagccgccgtctcggcgcgccccacccgccg120
gcggaccaccaaactctatttaaacgacgtctcttctgagtggcacaagcaaataatcaa180
aacttttaacaacggatctcttggttctggcatcgatgaagaacgcagcgaaatgcgata240
agtaatgtgaattgcagaattcagtgaatcatcgaatctttgaacgcacattgcgcccgc300
cagcattctggcgggcatgcctgttcgagcgtcatttcaaccctcaagcaccgcttggcg360
ttggggccctacggcttccgtaggccccgaaattcagtggcggaccctcccggatcctcc420
tttgcgtagaaacatagcacctcgcactgggatccggatggactcctgccgtaaaaccct480
ccaattgggcaaaggaagaactcgtatcaggtagcaatacccgttgaacttagccttacc540
tcggaaccggaagaaaaacccggttaaattttttctttcttttaagtggaggaag595
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<212>dna
<213>人工序列
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gaattggcatctacctgatccgaggtcaattttcagaagttgggggtttaacggcagggc60
accgccagggccttccagaacgagatataactactacgctcggggtcctagcgagctcgc120
cactagatttcagggcctgccctcgctagaaggcagtgccccatcaccaagccaggcttg180
agggttgaaatgacgctcgaacaggcatgccctccggaataccagagggcgcaatgtgcg240
ttcaaagattcgatgattcactgaattctgcaattcacattacttatcgcatttcgctgc300
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ttttactccaagattcactaaagaaacgagatgttaattggccactggcttcctgctccc420
tgtttcccggaaatctttgggccagatcgctaggacgccgagagtaaaaataatatctcg480
atctggaaggcggtgtcggggccctgccgataaacctccaacttctgaaactttgaccgc540
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<210>6
<211>604
<212>dna
<213>人工序列
<400>6
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gaacgcgcttcggcgcacccagaaaccctttgtgaacttatacctattgttgcctcggcg120
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aaactcttgtttctatagtgaatctctgagtaaaaaaacataaatgaatcaaaactttca240
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gaattgcagaattcagtgaatcatcgaatctttgaacgcacattgcgccctctggtattc360
cggagggcatgcctgttcgagcgtcatttcaaccctcaagcctggcttggtgatggggca420
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gaaaatttgacctcggatcaggtaggaatacccgctgaacttaagcatatcaataagcgg600
agga604
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<212>dna
<213>人工序列
<400>7
tgaccggcatgctacctaatccgaggtcaccattaaaatagggggtgttttatggctagc60
aactataaccactacaagaagcgagagagagttactacgcttagagtgtgctataactcc120
gccactaactttaaggaactacgctataataggtcgtagagtcccaacgctaaacaaccg180
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atgtgcgttcaaagattcgatgattcactgaattctgcaattcacattacttatcgcatt300
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ttagttataaagttcagagatacagtataaaacagagttggtaggtcctctggcgagctt420
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agtggtaagttcacaaagggttgggagttttggataactcagtaatgatccctccgctgg540
ttcaccaacggagaccttgttacgacttttacttcctctaaatgaccaaga591
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<212>dna
<213>人工序列
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agtcagcgacccgtagtgaccggtttcaccgggatgttctaaccctttgttgtccgactc60
tgttgcctccggggcgaccctgccttcgggcgggggctccgggtggacacttcaaactct120
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tcttggttctggcatcgatgaagaacgcagcgaaatgcgataagtaatgtgaattgcaga240
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gcctgttcgagcgtcatttcaccactcaagcctcgcttggtattgggcaacgcggtccgc360
cgcgtgcctcaaatcgaccggctgggtcttctgtcccctaagcgttgtggaaactattcg420
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<213>人工序列
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tcccgagcaccctttagcgaatagtttccacaacgcttaggggacagaagacccagccgg120
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<213>人工序列
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gctgcgttcttcatcaatgccagaaccaaaagatccgttgttgaaaggtttaatttattt360
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cgtcgccgaggtcttcaaggcacgtccggcagcggacgttgcccaataccaagcagagct180
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ctacggaaaccttgttacgacttttacttcctcaa635
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aatgcgataactaatgtgaattgcagaattcagtgaatcatcgagtctttgaacgcacat300
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ggcttgtgtgttgggtcgccgtccccctctccggggggacgggcccgaaaggcagcggcg420
gcaccgcgtccgatcctcgagcgtatggggctttgtcacatgctctgtaagattggccgg480
cgcctgccgacgttttccaaccattttttccaggttgacctcggatcaggtagggatacc540
cgctgaacttaagcatatcaataagcggaggaatc575
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<211>590
<212>dna
<213>人工序列
<400>14
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gctgggtccttcggggcccaacctcccacccgtgcttaccgtaccctgttgcttcggcgg120
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gagtgcgggtcctttgggcccaacctcccatccgtgtctattataccctgttgcttcggc120
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gagaccccaacacgaacactgtctgaaagcgtgcagtctgagttgattgaatgcaatcag240
ttaaaactttcaacaatggatctcttggttccggcatcgatgaagaacgcagcgaaatgc300
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