新的干擾素λ4(IFNL4)蛋白、相關核酸分子、及其用圖
【專利說明】新的干擾素入40FNL4)蛋白、相關核酸分子、及其用途 技術背景
[0001] 本發(fā)明涉及一種新的人類干擾素的鑒定，其指定為干擾素X4(IFNL4)，及使用其 mRNA、蛋白質表達或蛋白質活性而預測個體中HCV感染的臨床結局的方法。其還涉及新的 蛋白用于鑒定新的用于治療HCV感染的化合物的用途。
[0002] 發(fā)明背景
[0003] 丙型肝炎病毒（HCV)是黃病毒科（Flaviviridae)病毒家族中的一種單鏈RNA病 毒。據(jù)估計全世界約1.7億人，美國有至少4百萬人，感染了 HCV(Thomas DL，Astemborski J, Rai RM, Anania FA, Schaeffer M, Galai N, Nolt K,Nelson KE, Strathdee SA, Johnson L, Laeyendecker 0,Boitnott J,Wilson LE,Vlahov D., The Natural History of Ifepatitus C Virus Infection. JAMA 2000 ;284(4) :450-456)。在美國，死于 HCV 的人比 死于 HIV 感染的人更多（Ly，K.，Xing J，Klevens RM，Jiles RB, Ward JW，Holmberg SD. The Increasing Burden of Mortality From Viral Hepatitis in the United States Between 1999and 2007. Annals of Internal Medicine 156, 271-278 (2012)。這樣，HCV 的 感染代表了一個重大的全世界健康問題。
[0004] 在多數(shù)人中，HCV的急性感染通常導致輕微的癥狀如疲勞、食欲下降、以及流行性 感冒樣癥狀。按照慣例，急性肝炎指肝炎的臨床征候或癥狀在推測的接觸時間之后存在了 6 個月或更短的時期。然而在某些情況下，新感染的個體保持無癥狀。盡管一些個體能夠自 發(fā)清除病毒，約85 %的HCV感染者會患上慢性丙型肝炎，其定義為首次接觸后至少6個月發(fā) 生的持久的病毒血癥（Blackard JT，Shata MT, Shire NJ, Sherman KE.，Acute Hepatitus C Virus Infection:A Chronic Problem.，Hepatology 2008 ;47(1):321_331)。HCV 慢性 感染是肝癌和晚期肝病的主要原因。其也是美國肝移植最常見的原因。目前，對HCV感染 的標準治療是聚乙二醇化干擾素（IFN-a)聯(lián)合利巴韋林（ribavirin)。成功的治療解決 慢性HCV感染，由此顯著地減少了 HCV相關的發(fā)病率和死亡率，但乙二醇化干擾素/利巴韋 林療法在低于45%的患者中有效，昂貴且有許多不良反應。更新近地，包含聚乙二醇化干 擾素a (pegylated-IFN-a)、利巴韋林、和HCV蛋白酶抑制劑的三聯(lián)療法被推薦。雖然這 種新療法應該比用乙二醇化干擾素/利巴韋林的治療更有效，但相當大比例的患者可能沒 有響應，并且以這種療法治療的患者會經歷乙二醇化干擾素/利巴韋林療法所見的不良反 應。因此，鑒定對基于干擾素療法的治療不太可能響應的患者的方法是迫切需要的，以使這 些患者能免于與無效治療相關的花費及不良反應。此外，一些患者沒有響應治療表明了需 要新的對丙型肝炎感染的治療。
[0005] 越來越多的證據(jù)表明，宿主的遺傳因素對慢性HCV感染的自然病程和對治療 的響應都有影響（Lauer G M, Walker B D. Hepatitis C virus infection. N Engl J Med 2001Jul. 5 ；345(1):41-52 ；Manns M P,McHutchison J G,Gordon S C, Rustgi V K, Shiffman M, Reindollar R等? Peginterferon alfa_2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C:a randomised trial. Lancet 2001Sep. 22 ；358 (9286):958-965 ；Fried M ff, Shiffman M L, Reddy K R，Smith C，Marinos G,Goncales F L，Jr 等?Peginterferona _2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection. N Engl J Med 2002Sep. 26 ； 347(13):975-982 ；Kau A, Vermehren J, Sarrazin C. Treatment predictors of a sustained virologic response in hepatitis B and C. J Hepatol 20080ctober ； 49(4) :634-651)。例如，在相似條件下從以單株HCV污染的免疫球蛋白制備物受到 感染的兩個孕婦群體中，一半自發(fā)清除了感染而一半進展到慢性丙型肝炎（Grakoui A, Shoukry N H, Woollard D J，Han J H，Hanson H L,Ghrayeb J 等? HCV persistence and immune evasion in the absence of memory T cell help. Science 20030ct. 24 ； 302 (5645) : 659-662 ；Knapp S, Yee L J, Frodsham A J,Hennig B J,Hellier S, Zhang 等.Polymorphisms in interferon-induced genes and the outcome of hepatitis C virus infection:roles of MxA，OAS-1 and PKR. Genes Immun 2003September ； 4(6) :411-419)。在慢性感染的患者中，即使在具有相似HCV-RNA水平和相同基因 型的病例之間，對于治療的響應也是不同的（Thio C L. Host genetic factors and antiviral immune responses to hepatitis C virus. Clin Liver Dis 2008August ； 12 (3):713-26, xi. ；Yee L J.Host genetic determinants in hepatitis C virus infection. Genes Immun 2004June ;5 (4):237-245 ;Muller R. The natural history of hepatitis C:clinical experiences. J Hepatol 1996 ;24(2Suppl) :52-54)。響應率與種 族有很強的關系（Conjeevaram，H. S.等.Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis C genotype 1. Ga stroenterology，131:470-7 (2006))。此前的報道掲示了干擾素刺激基因以及人類白細胞抗 原（HLA) (Sheppard，P?等? IL-28, IL_29and their class II cytokine receptor IL-28R. Nat Immunol 4,63-8(2003) ；Robek, M. D. , Boyd, B. S. &Chisari, F. V. Lambda interferon inhibits hepatitis B and C virus replication. J. Virol. 79, 3851-3854(2005))、殺傷 細胞免疫球蛋白樣受體（killer immunoglobulin-like receptors，KIRs) (Lauterbach，H 等? Mouse CD8alpha+DCs and human BDCA3+DCs are major producers of IFN-lambda in response to Poly I:C.J Exp Med 207,2703-17)、細胞因子（TO 00/08215)、趨化因 子和白細胞介素的遺傳多態(tài)性對HCV感染結局的影響（Lasfar，A.等.Characterization of the mouse IFN-lambda ligand-receptor system:IFN-lambdas exhibit antitumor activity against B16melanoma.Cancer Res 66,4468-77 (2006) ；Phillips,J. E. &Corces, V. G. CTCF: master weaver of the genome.Cell 137,1194-211 (2009) ；Shyu,A. B. , Wilkinson,M. F. &van Hoof, A. Messenger RNA regulation:to translate or to degrade. EMBO J 27,471-81(2008) ；Conjeevaram, H. S. ^.Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis C genotype 1. Gastroenterology 131,470-7(2006) ；Ghany, M. , Nelson, D. R. , Strader, D. B., Thomas, D. L. &Seeff, L. B. An update on treatment of genotype lchronic hepatitis c virus infection:201lpractice guidelines by the American association for the Study of Liver Diseases. Hepatology, Dec 12 (doi:10. 1002/hep. 25524) (2011))〇 [0006] 此前的研究已使用了基于基因在HCV感染中的潛在作用的現(xiàn)有知識的候選基因 法。然而，此前的數(shù)據(jù)不允許精確預測自發(fā)清除或對治療的響應（R〇bek，M.D.，Boyd，B. S. &Chisari, F. V. Lambda interferon inhibits hepatitis B and C virus replication. J. Virol. 79, 3851-3854(2005))。2009年，一些團體報道了來自獨立的全基因組相關性研 宄（genome-wide association studies, GWAS)的結果，其鑒定了 IFNL3(IL28B)基因區(qū)中 的單核苷酸多態(tài)性（SNPs)，所述單核苷酸多態(tài)性與患有慢性丙型肝炎的患者中聚乙二醇 化IFN-a/利巴韋林治療以及HCV感染的自發(fā)清除相關。例如，Bochud等的美國專利公 布No. 2011/0165124 (通過提述以其整體并入本文），公開了許多與基于干擾素的HCV治療 及自發(fā)清除相關的SNPs。在這些GWAS中鑒定的SNPs里，基于rsl2979860的基因型目前 被接受為自發(fā)清除和治療響應的最佳預測物（Rauch，A.等.Genetic variation in IL28B Is associated with chronic hepatitis C and treatment failure:a genome-wide association study. Gastroenterology 138, 1338-1345(2010) ；Thomas, D. L.等? Genetic variation in IL28B and spontaneous clearance of hepatitis C virus. Nature 461,798-801(2009) ;Ge，D?等 Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance.Nature 461,399-401 (2009) ；Suppiah, V. 等?IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 41, 1100-4 (2009) ；Tanaka,Y.等.Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 41, 1105-9(2009))。單核苷酸多態(tài)性（SNP) rsl2979860位于IFNL3 (IL28B)翻譯起始位點上游約3kb處?；趓sl2979860的商業(yè)性實 驗室測試目前可用于預測患者對治療響應的概率。
[0007] 與歐洲祖先的人相比，非裔美國患者慢性丙型肝炎頻率更高且對IFN- a /利巴韋 林治療的響應更差。GWAS標記物rsl2979860的頻率中的種族差異沒有完全解釋這些不一 致。對在所有群體組中具有最佳的預測值的遺傳標記物的鑒定會改善慢性丙型肝炎治療的 臨床決策模型并有助于將個體化